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Chth_00240 : CDS information

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Organism
StrainDSM 40725
Entry nameChlorothricin
Contig
Start / Stop / Direction29,477 / 28,263 / - [in whole cluster]
29,477 / 28,263 / - [in contig]
Locationcomplement(28263..29477) [in whole cluster]
complement(28263..29477) [in contig]
TypeCDS
Length1,215 bp (404 aa)
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Category2.3 modification addition of sugar moiety
Productputative glycosyltransferase
Product (GenBank)ChlC6
Gene
Gene (GenBank)chlC6
EC number
Keyword
Note
Note (GenBank)
  • glycosyltransferase
Reference
ACC
PmId
[16793515] Genetic characterization of the chlorothricin gene cluster as a model for spirotetronate antibiotic biosynthesis. (Chem Biol. , 2006)
comment
chlorothricin(CHL) gene clusterに関する文献。

chlC6(404 aa): glycosyltransferase

chlC6自体の機能実験は行われていないが、相同性よりglycosyl transferase であるとし、deoxysugar moietyをCHL aglyconeに転移させるとしている。

--
CHLには2つのD-olivoseが含まれ、chl clusterにはglycosyltransferase候補ORFも2つある(chlC6, chlC7)。
Related Reference
ACC
Q70J70
NITE
Chro_00280
PmId
[16391039] Deoxysugar transfer during chromomycin A3 biosynthesis in Streptomyces griseus subsp. griseus: new derivatives with antitumor activity. (Appl Environ Microbiol. , 2006)
comment
Blast 4th, id40%, 3e-59
Streptomyces griseus subsp. griseus_cmmGIII
Glycosyltransferase

chromomycin gene clusterにある4つのglycosyltransferase genes (cmmGI, cmmGII, cmmGIII, and cmmGIV)の不活化mutant作製、産物解析。

cmmGIV mutantはpremithramycinone産生。
cmmGIII mutantはpremithramycin A1(premithramycinoneのposition 12aにD-olivose1つあり)産生。

よって、生合成中間体premithramycinoneの12a positionへCmmGIVが1つめ、CmmGIII が2つめのD-olivosyl基を取り込む。

---
CmmGIV (id37%), CmmGI (id38%)とも相同性あり。
どちらも上記の同じ論文で実験的に機能確認されている。
ACC
Q194P9
NITE
Mith_00260
PmId
[10660060] Characterization of two glycosyltransferases involved in early glycosylation steps during biosynthesis of the antitumor polyketide mithramycin by Streptomyces argillaceus. (Mol Gen Genet. , 2000)
comment
21st, 35%, 2e-44
Streptomyces argillaceus_mtmGIII
Glycosyltransferase

mtmGII の上流約2kbにある2580bp領域のシークエンスからmtmGIV, mtmGIIIを同定。
これらの産物はglycosyltransferasesに似ていて、motif保存もある。

mtmGIII mutantは、糖を含まないpremithramycinoneと、C-12a-OにひとつだけD-olivoseの付着したpremithramycin A1を蓄積。
mtmGIV mutantは、premithramycinoneと4-demethyl-premithramycinoneを蓄積。
それぞれの遺伝子発現で相補されたが、交差相補はできなかった。

4つのglycosyltransferase genes(mtmGI-GIV)と2つのmethyltransferase genes(mtmMI and mtmMII)を欠いたmutantは4-demethyl-premithramycinoneを蓄積。このmutant株でのmtmGIV or mtmGIII どちらかのみの発現は、4-demethyl-premithramycinoneをglycosylationしなかった。
mtmMI and mtmMII と一緒にmtmGIII and mtmGIV が発現されたとき、糖鎖付加派生体 premithramycins A1, A2 and A3(それぞれtrisaccharideの糖を1つ、2つ、3つ含む)が産生された。
4-demethyl-premithramycinoneが糖鎖付加された化合物は生成されず、mtmMI がこの構築物からなくなるとglycosylationは起こらなかったので、4-demethyl-premithramycinoneのC-4 O-methylationは、trisaccharide鎖の1つめの糖の導入に必須であると示唆される。

これら実験結果と過去の実験的証拠から、mithramycin生合成におけるglycosylation stepsの順序を提唱。MtmGIII はC-12a-Oでのtrisaccharide鎖2つめの糖(D-oliose)の付着に関与する。

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selected fasta
>putative glycosyltransferase [ChlC6]
MLFIPLAVASHYYPMVPLAWALRTAGHEVCVAAQPGVADAVVRSGMPVCTVGASFDLFAG
LGRAQEVMREETGRSLAGFGEMSAIPEDVRRRYVAARNAAHTGAAVAMADELIAFARSWR
PDVIVCDVVALVGPLVAEVLGVPLVYQAWGPQLPAMVRFPGHGAPVDSWPAELRALYERF
GATPRAVGGVLTVDPCPPSLHVHELPNQLVTRFVPYNGSTVVPDWLRTPPERPRVGVSWS
VSNFAHLSGQKPPLAVVVEALEGLGADVVVTAAAQDRAALGPVPPGVRVEEGLPLNLVAA
TCSVAVNHAGAGTMLTVAAAGVPQVMLPQEPGQLRNAETVAAVGAGTLIRGPQTDPVRIR
AAVQALLAERHWAEAARKLRDENAAQTTPAEAARVIAELVAARE
selected fasta
>putative glycosyltransferase [ChlC6]
GTGCTGTTCATTCCCCTGGCCGTGGCCAGCCACTACTACCCGATGGTGCCGCTGGCGTGG
GCCCTGCGGACCGCGGGACACGAGGTGTGCGTCGCGGCCCAGCCCGGCGTCGCCGACGCC
GTGGTCCGATCCGGCATGCCGGTCTGCACGGTGGGCGCCTCCTTCGACCTGTTCGCCGGG
CTCGGCAGGGCCCAGGAGGTGATGCGCGAGGAGACCGGCCGCAGCCTCGCCGGATTCGGC
GAGATGAGCGCGATCCCCGAAGACGTGCGCCGGCGCTATGTGGCCGCGCGCAACGCCGCC
CACACCGGCGCCGCCGTCGCGATGGCCGACGAACTGATCGCGTTCGCCCGGTCCTGGCGC
CCCGATGTGATCGTCTGCGATGTGGTGGCCCTGGTGGGCCCGCTGGTCGCCGAGGTGCTG
GGCGTCCCCCTCGTCTACCAGGCCTGGGGGCCGCAGCTCCCGGCCATGGTCCGCTTCCCG
GGGCACGGCGCGCCGGTGGACTCCTGGCCCGCGGAACTGCGAGCGCTGTACGAGCGGTTC
GGCGCCACGCCGCGCGCCGTCGGCGGGGTCCTCACGGTCGACCCGTGTCCGCCGAGCCTG
CATGTGCACGAGCTGCCCAACCAGTTGGTCACCCGGTTCGTGCCGTACAACGGCTCCACG
GTGGTCCCCGACTGGCTGCGTACACCACCGGAGCGGCCGCGCGTCGGGGTGTCGTGGAGC
GTGTCCAACTTCGCGCACCTGTCCGGCCAGAAGCCGCCGCTCGCCGTGGTGGTGGAGGCC
CTGGAGGGGCTGGGCGCCGACGTGGTCGTCACCGCGGCGGCCCAGGACCGCGCGGCGCTC
GGCCCCGTCCCGCCCGGCGTACGGGTGGAGGAGGGGCTGCCGCTCAATCTGGTCGCCGCG
ACCTGCTCGGTCGCCGTCAACCACGCGGGCGCCGGCACCATGCTGACCGTCGCGGCCGCC
GGCGTGCCCCAGGTGATGCTGCCCCAGGAGCCGGGCCAGCTGCGCAACGCCGAGACCGTG
GCCGCCGTCGGGGCGGGCACCCTGATCCGCGGCCCGCAGACCGACCCGGTGCGGATTCGC
GCGGCCGTCCAGGCCCTGCTCGCCGAACGGCACTGGGCGGAGGCCGCCCGGAAGCTGCGC
GACGAGAACGCGGCCCAGACCACCCCCGCCGAGGCCGCCCGGGTGATCGCGGAGCTGGTC
GCCGCACGGGAGTGA

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BLASTP
Database:UniProtKB:2011_09 		show BLAST table
InterPro
Database:interpro:38.0
IPR004276 Glycosyl transferase, family 28 (Domain)
[9-154] 3.5e-13 PF03033
PF03033   Glyco_transf_28
IPR007235 Glycosyl transferase, family 28, C-terminal (Domain)
[300-374] 6e-08 PF04101
PF04101   Glyco_tran_28_C
IPR010610 Domain of unknown function DUF1205 (Domain)
[193-288] 1.69999999999999e-26 PF06722
PF06722   DUF1205
SignalP
[1-21] 0.723 Signal
Eukaryota   
TMHMM No significant hit
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