Chro_00320 : CDS information

Location

Organism	Streptomyces griseus
Strain	ATCC 13273 (=NBRC 3746)
Entry name	Chromomycin
Contig	AJ578458
Start / Stop / Direction	36,097 / 36,726 / + [in whole cluster] 36,097 / 36,726 / + [in contig]
Location	36097..36726 [in whole cluster] 36097..36726 [in contig]
Type	CDS
Length	630 bp (209 aa)

Annotation

Category	2.3 modification addition of sugar moiety
Product	putative NDP-hexose epimerase
Product (GenBank)	NDP-5-epimerase
Gene
Gene (GenBank)	cmmF
EC number	5.1.3.-
Keyword	L-chromose
Note
Note (GenBank)
Reference	ACC Q70J66 PmId [15112992] Biosynthesis of the antitumor chromomycin A3 in Streptomyces griseus: analysis of the gene cluster and rational design of novel chromomycin analogs. (Chem Biol. , 2004) comment aureolic acid type antitumor drug chromomycin A3の生合成gene clusterの同定論文。 CmmF: NDP-5-epimerase 配列解析から機能推定。 NDP-sugar isomeraseに保存されるdomain(Pfam00908)を含む5- or 3,5-epimeraseに似ている。よって4-O-acetyl-L-chromose部分の生合成でD/L体変換のために必要なepimeraseでありうる。
Related Reference	ACC O06330 PmId [16472764] rmlB and rmlC genes are essential for growth of mycobacteria. (Biochem Biophys Res Commun. , 2006) comment Blast 30th, id53%, 2e-47 Mycobacterium tuberculosis_rmlC(strM, Rv3465, MT3571) dTDP-4-dehydrorhamnose 3,5-epimerase(EC 5.1.3.13) UniProt Function: dTDP-6-deoxy-D-xylo-4-hexuloseのC3' and C5'positionsの異性化を触媒して、dTDP-6-deoxy-L-lyxo-4-hexuloseを形成。dTDP-L-rhamnoseの生合成に関連する。(Ref.3 = [PMID: 16472764])
	ACC Q93EK2 PmId [11544225] Rhamnose biosynthesis pathway supplies precursors for primary and secondary metabolism in Saccharopolyspora spinosa. (J Bacteriol. , 2001) comment Blast 41st, id53%, 9e-47 Saccharopolyspora spinosa_epi Putative TDP-4-keto-6-deoxyglucose 3,5 epimerase Epiなどが、spinosad生合成と細胞壁合成に必要なrhamnoseの生合成に関与することを確認している。 Epi単独での機能解析はされていない。
	ACC Q9L9E5 PmId [16514445] Characterisation of Streptomyces spheroides NovW and revision of its functional assignment to a dTDP-6-deoxy-D-xylo-4-hexulose 3-epimerase. (Chem Commun (Camb). , 2006) comment Blast 25th, id51%, 4e-48 Streptomyces spheroides_novW NovW abstract: vitroでのrecombinant Streptomyces spheroides NovWの特徴づけから、3,5-epimeraseではなく有意に3-epimerase活性のみを持つことが示唆される。
	ACC Q331R1 PmId [15049360] Cloning, expression, and biological function of a dTDP-deoxyglucose epimerase (gerF) gene from Streptomyces sp. GERI-155. (Biotechnol Lett. , 2004) [17053005] Biosynthesis of dTDP-6-deoxy-beta-D-allose, biochemical characterization of dTDP-4-keto-6-deoxyglucose reductase (GerKI) from Streptomyces sp. KCTC 0041BP. (Glycobiology. , 2007) comment Blast 58th, id49%, 7e-45 Streptomyces sp. KCTC 0041BP_gerF NDP-hexose-3-epimerase --- [PMID: 15049360](2004) Streptomyces sp. GERI-155 = Streptomyces sp. KCTC 0041BP dTDP-deoxyglucose epimerase geneをコードすると思われるgerFをE.coliで発現、精製、機能確認。精製された酵素はdTDP-4-keto-6-deoxyglucoseからmaltolを産生し、よって発現されたタンパクがdTDP-4-keto-6-deoxyglucoseのC-3 and C-5 or C-3の異性化を触媒するdTDP-deoxyglucose epimeraseであることが確認された。 --- [PMID: 17053005](2007) gerK1をクローニング、E.coliで過剰発現、機能確認。 GerK1はC-3でaxialなOH基を持つときのみ、dTDP-4-keto-6-deoxy-D-alloseの4-keto基で特異的な還元効果を示す。 GerFの存在下で、GerK1はdTDP-4-keto-6-deoxyglucose → dTDP-6-deoxy-beta-D-alloseへの変換を触媒した。このdTDP-6-deoxy-D-alloseの分離成功は、GerFがmycinose生合成経路において3,5-epimeraseではなく、3-epimeraseとして機能することを確認するのに十分な証拠を供給する。

Sequence

>putative NDP-hexose epimerase [NDP-5-epimerase]
MRRLAVDGAWEIDLRPHHDERGTFVEWYSDDELAAALGAPMPVALGAVSISRKGVVRGVH
FVETPPGQARYVTCVAGEVRDFVVDVREGSPTFGRWDSVRLGPDQWRAVHLAEGLGHAFT
ALTDRATVLYLCSAPYRPGRERTIHPLDPELALPWPAGAERSLSIRDREAPTLAEARRRG
LLPAWSATPPRFTAATPAGPLPRPAPPTA

>putative NDP-hexose epimerase [NDP-5-epimerase]
ATGCGCCGGTTAGCCGTCGACGGCGCGTGGGAGATCGACCTCCGCCCGCACCACGACGAA
CGCGGCACCTTCGTCGAGTGGTACTCCGACGACGAGCTCGCGGCGGCTCTCGGGGCGCCG
ATGCCTGTGGCCCTGGGTGCTGTGTCGATCTCCCGCAAGGGCGTGGTCCGCGGTGTCCAC
TTCGTCGAGACGCCTCCGGGCCAGGCCCGCTACGTCACGTGTGTGGCGGGCGAGGTGCGG
GACTTCGTGGTGGACGTACGCGAGGGCTCACCCACCTTCGGCCGGTGGGACTCGGTGCGG
CTCGGGCCCGACCAATGGCGGGCCGTCCACCTCGCCGAGGGGCTGGGGCACGCCTTCACG
GCCCTTACCGACCGCGCCACCGTGCTCTACCTCTGCTCCGCCCCCTACCGGCCCGGACGC
GAACGGACGATCCACCCGCTAGACCCCGAGCTGGCCCTGCCCTGGCCCGCCGGCGCGGAG
CGGTCGCTCTCCATACGGGACCGGGAGGCCCCGACCCTCGCGGAGGCCCGGCGCCGCGGC
CTGCTCCCCGCCTGGTCCGCCACCCCGCCCCGGTTCACGGCGGCCACACCCGCCGGCCCG
CTGCCCCGGCCCGCCCCGCCGACTGCCTGA

Feature

BLASTP Database:UniProtKB:2011_09	show BLAST table
InterPro Database:interpro:38.0	IPR000888 dTDP-4-dehydrorhamnose 3,5-epimerase-related (Family) PD001462 dTDP_sugar_isom PF00908 dTDP_sugar_isom IPR011051 RmlC-like cupin domain (Domain) SSF51182 RmlC_like_cupin IPR014710 RmlC-like jelly roll fold (Domain) G3DSA:2.60.120.10 RmlC-like_jellyroll
SignalP	No significant hit
TMHMM	No significant hit

Chro_00310 Chro_00330