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Cosmo_00090 : CDS information

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Organism
StrainDAUFPE 5622
Entry nameCosmomycin
Contig
Start / Stop / Direction7,216 / 8,250 / + [in whole cluster]
7,216 / 8,250 / + [in contig]
Location7216..8250 [in whole cluster]
7216..8250 [in contig]
TypeCDS
Length1,035 bp (344 aa)
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Category1.1 PKS
Productpolyketide synthase beta-ketoacyl synthase subunit
Product (GenBank)CosE
Gene
Gene (GenBank)cosE
EC number
Keyword
  • propionyl-CoA dependent
  • type II PKS
Note
Note (GenBank)
  • putative ketoacylsynthase for starter unit
Reference
ACC
PmId
[16810496] Insights in the glycosylation steps during biosynthesis of the antitumor anthracycline cosmomycin: characterization of two glycosyltransferase genes. (Appl Microbiol Biotechnol. , 2006)
comment
cosmomycinsを含むanthracycline複合体retamycinの産生株Streptomyces olindensisの染色体14kb領域から、cosmomycin生合成に関連した13genesを同定。

cosE: Ketoacylsynthase for starter unit

CosE and CosFはDpsC and DpsDにそれぞれ似ていることからstarter propionyl-CoAの生成に関与していると考えられている。
DpsCはstarter unitのpropionyl-CoA特異性を維持するのを助ける“fidelity factor”だろうとされている。
Related Reference
ACC
Q54816
NITE
Adria_00290
PmId
[10419974] The Streptomyces peucetius dpsC gene determines the choice of starter unit in biosynthesis of the daunorubicin polyketide. (J Bacteriol. , 1999)
[10423255] Purification and properties of the Streptomyces peucetius DpsC beta-ketoacyl:acyl carrier protein synthase III that specifies the propionate-starter unit for type II polyketide biosynthesis. (Biochemistry. , 1999)
comment
Blast 2nd, id63%, 1e-114
Streptomyces peucetius_dpsC
daunorubicin-doxorubicin polyketide synthase

---
[PMID: 10419974](1999)
dpsCDを含まないとstarter unitがacetateの化合物しかできない。
DnrG and DpsABEFG + purified DpsCで、starterがpropionyl-CoAのUMW5を産生できる。
DpsDに関しては、内在性の酵素が代替している可能性あり。

DpsCは、aklanonic acidの最初の5C unitを合成するために、DpsG and DpsDと、またはDpsG, DpsD, and DpsABと一緒にKS III として機能するかもしれないとref2で実証されている。

↓そのref2
---
[PMID: 10423255](1999) abstract
精製されたDpsCは基質としてpropionyl-CoAを使用すること、Ser-118でpropionateによってacylateされることがわかった。
基質特異性は高く、propionyl-CoAのみを利用し、malonyl-CoA, 2-methylmalonyl-CoA or acetyl-CoAを使用しない。

DpsCは、propionyl-CoAとmalonyl-ACPの縮合を触媒することでKAS III 活性を示す。
ACPへのpropionateの移動においてacyltransferseとしても機能する。
ACC
Q55225
NITE
Dauno_00180
PmId
[11162232] The product of dpsC confers starter unit fidelity upon the daunorubicin polyketide synthase of Streptomyces sp. strain C5. (Metab Eng. , 2001)
comment
Blast 7th, id59%, 1e-101
Streptomyces sp.(Strain C5)_dauA
DauA protein

このentryはdpsCに相当。

abstract:
dpsABCDEFG + dauGI をS.lividansで異種性発現すると、daunorubicin(DNR)生合成中間体であるaklanonic acid形成。
これからdpsCを削除すると、acetyl-CoA starter unit由来desmethylaklanonic acidと、propionyl-CoA由来aklanonic acidの両方を産生（比率は6:4)。
このようにDpsCがないとstarterとしてpropionyl-CoAの選択性が弱くなることから、DpsCをpropionyl starter unit "fidelity factor"と呼ぶことを提唱している。

Streptomyces sp. strain C5のdpsCD deletion mutantはDNR産生可能。
でもacetyl-CoAをstarterとする産物形成が増える。
このmutantにdpsCのみの発現でwild表現型回復。

close this sectionPKS/NRPS Module

KS108..335

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selected fasta
>polyketide synthase beta-ketoacyl synthase subunit [CosE]
MNDGALYIRATGTWLPPAERVADAVADGRCEAAVARSTRMESVTVSAGEPAPEMAARAAR
TALERAAAEPGDIDLVLHASFYYQGFDLWAPASYVQRAAVGNQCPAMEIRQVSNGGMAAL
DLAWAYLAADPARVAALLTTGDRFCPPGFDRWRSDPGTVYGDGGTALVVSRHSGFARVRS
IATVSAPDLEGMHRGDDPFGPAPFSHRDVVDLDAHKRDFLARHGVAPTVARVAAAQEAVV
KQALADAGLGLADIDRFVLPHLGHRRLHVAYFAKFGIDPARSTWSWSRTIGHLGAGDPFA
GLDHLATAGELGPGDTCLLFGVGAGFSWSCAVVEILDAPSWRDR
selected fasta
>polyketide synthase beta-ketoacyl synthase subunit [CosE]
GTGAACGACGGCGCGTTGTACATCAGGGCCACCGGGACGTGGCTGCCCCCGGCCGAACGG
GTCGCGGACGCGGTCGCGGACGGGCGCTGCGAGGCCGCCGTCGCCCGCTCCACCCGGATG
GAGTCGGTGACGGTCTCCGCGGGCGAGCCCGCCCCCGAGATGGCGGCCCGGGCCGCCCGG
ACCGCGCTGGAGCGGGCCGCCGCCGAACCGGGCGACATCGACCTGGTGCTGCACGCCAGC
TTCTACTACCAGGGCTTCGACCTGTGGGCCCCCGCCTCGTACGTCCAGCGGGCCGCCGTC
GGCAACCAGTGCCCGGCGATGGAGATCCGGCAGGTCTCCAACGGCGGCATGGCGGCACTC
GATCTGGCCTGGGCCTACCTGGCCGCCGACCCGGCCCGGGTGGCGGCCCTGCTGACCACC
GGGGACCGGTTCTGCCCGCCGGGGTTCGACCGGTGGCGCAGCGACCCGGGAACCGTCTAC
GGCGACGGCGGCACCGCCCTCGTGGTGTCGCGGCACTCCGGGTTCGCCCGGGTCCGCAGC
ATCGCGACCGTGTCCGCACCCGACCTGGAGGGCATGCACCGCGGCGACGACCCGTTCGGG
CCCGCCCCGTTCAGTCACCGCGACGTCGTCGACCTCGACGCGCACAAGCGGGACTTCCTG
GCCCGCCACGGCGTGGCGCCGACCGTGGCCCGGGTCGCCGCGGCGCAGGAGGCCGTCGTC
AAGCAGGCGCTCGCCGACGCCGGGCTGGGCCTCGCGGACATCGACCGGTTCGTCCTGCCG
CACCTGGGTCACCGCCGCCTGCACGTCGCGTACTTCGCGAAGTTCGGCATCGACCCCGCG
CGCAGCACCTGGTCCTGGAGTCGGACGATCGGGCACCTGGGCGCCGGAGACCCCTTCGCC
GGGCTCGACCACCTGGCCACCGCCGGGGAGCTCGGCCCGGGTGACACGTGCCTGCTCTTC
GGCGTCGGCGCCGGCTTCAGCTGGTCCTGCGCCGTGGTCGAGATCCTCGACGCACCTTCC
TGGAGGGACCGATGA
KS108..335
KS322..1005

close this sectionFeature

BLASTP
Database:UniProtKB:2011_09 		show BLAST table
InterPro
Database:interpro:38.0
IPR013747 3-Oxoacyl-[acyl-carrier-protein (ACP)] synthase III C-terminal (Domain)
[244-335] 1.9e-20 PF08541
PF08541   ACP_syn_III_C
IPR013751 3-Oxoacyl-[acyl-carrier-protein (ACP)] synthase III (Domain)
[108-174] 9.3e-06 PF08545
PF08545   ACP_syn_III
IPR016038 Thiolase-like, subgroup (Domain)
[6-165] 5.00000000000001e-21 G3DSA:3.40.47.10 [166-334] 4.00000000000001e-24 G3DSA:3.40.47.10
G3DSA:3.40.47.10   Thiolase-like_subgr
IPR016039 Thiolase-like (Domain)
[5-338] 1.50000306971104e-31 SSF53901
SSF53901   Thiolase-like
SignalP No significant hit
TMHMM No significant hit
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