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Cosmo_00100 : CDS information

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Organism
StrainDAUFPE 5622
Entry nameCosmomycin
Contig
Start / Stop / Direction8,247 / 9,296 / + [in whole cluster]
8,247 / 9,296 / + [in contig]
Location8247..9296 [in whole cluster]
8247..9296 [in contig]
TypeCDS
Length1,050 bp (349 aa)
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Category1.4 Other
Productputative acyl-ACP thioesterase
Product (GenBank)CosF
Gene
Gene (GenBank)cosF
EC number
Keyword
  • type II thioesterase
  • non-acetate starter unit
Note
Note (GenBank)
  • putative acyltransferase for starter unit
Reference
ACC
PmId
[16810496] Insights in the glycosylation steps during biosynthesis of the antitumor anthracycline cosmomycin: characterization of two glycosyltransferase genes. (Appl Microbiol Biotechnol. , 2006)
comment
cosmomycinsを含むanthracycline複合体retamycinの産生株Streptomyces olindensisの染色体14kb領域から、cosmomycin生合成に関連した13genesを同定。

cosF: Acyltransferase for starter unit

CosE and CosFはDpsC and DpsDにそれぞれ似ていることからstarter propionyl-CoAの生成に関与していると考えられている。DpsDはputative propionyl-CoA:ACP acyltransferaseだろうとされている。
Related Reference
ACC
Q9F6D9
NITE
R1128_00030
PmId
[15260498] The acyltransferase homologue from the initiation module of the R1128 polyketide synthase is an acyl-ACP thioesterase that edits acetyl primer units. (Biochemistry. , 2004)
comment
Blast 15th, id53%, 8e-68
Streptomyces sp. R1128_zhuC
Acyl transferase

tcm minimal PKS genesとの発現でZhuCの役割を確認。
tcm minimal PKSは非acetateなacyl基で直接primeされることができる。
ZhuCがあるとacetate-primed decaketides合成がなくなり、hexanoyl-primed octaketides合成のみになる。
ZhuCは、hexanoyl- and octanoyl-ACPより100倍よい特異性をacetyl- and propionyl-ACPに持つ。
ZhuCはacyl-ZhuG から holo-ZhuNへのtransacylationを触媒するが、そのacyl移動率はin vivoで生理学的に関連するためには遅すぎる。

よってZhuCはacetyl-ACP thioesteraseとして働き、PKS伸長moduleをprimeするalkylacyl-ZhuGと競合するacetate primer unitsを一掃する。
ACC
Q9KHK3
NITE
Enter_00120
PmId
[21531566] Policing starter unit selection of the enterocin type II polyketide synthase by the type II thioesterase EncL. (Bioorg Med Chem. , 2011)
comment
Blast 16th, id45%, 5e-59
Streptomyces maritimus_encL
Putative acyl transferase EncL

encL mutantはwildと類似したレベルのenterocinを産生。
encABCNDを含んだplasmidを異種性発現すると、benzoate-primed polyketides wailupemycinsを産生。

8His-tagged EncLをE.coliで産生してin vitro実験に使用。
EncABC + malonyl-CoA でuncharacterized acetate primed polyketidesが産生されるが、この反応にEncLを加えるとこれらの産物が減る。
EncABCN + benzoyl-CoA, malonyl-CoA でbenzoate-primed wailupemycinsが産生されるが、この反応にEncLを加えるとこれらの産物が増える。

acetyl- and benzoyl-EncC に EncLを加えたときのholo-EncC, acetyl-EncC, and benzoyl-EncCの量をタイムコースで定量。
acetyl-EncCはEncLを加えて30秒後に枯渇。これに対応するholo-EncC増加あり。
benzoyl-EncCは相対的にゆっくり加水分解された。

これらの結果からEncLは、misprimed acetyl-ACP(EncC)を加水分解してEncCに戻すことにより正しいstarter unit benzoyl-ACP(EncC)が取り込まれ、enterocin合成が進むようにすると提唱。

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selected fasta
>putative acyl-ACP thioesterase [CosF]
MNDVRTAADGRDGGTRPVALLLPGQGAQHPRMAAGLLAAEPVFAEAMDEALTALADAGGP
GGHGTGLREDWLGSRDTALMDHVTRSQPLLFAVDYAIGRLVLGWGVRPVALLGHSIGEVA
AAVLSGVFTLPDAAAMVHDRVARLADAPPGGMVAVAATREEVAPFLTDGVVVGAVNAPRQ
TVLAGLDGPLRTVTAALADAGFVLQRVPASTAFHSPALAPAMRGADERIAALPVGEPRIP
VMSGYTGRFLTPAEAKDPAFWSRQPVAPVLFWPALDALLAQGDPVLVEAGPGQGLSQLAR
RHPAVRSGRSAVVPLLPARPGTAEDDVTAVRAAAAALRERAGVPDARPV
selected fasta
>putative acyl-ACP thioesterase [CosF]
ATGAACGACGTCCGCACGGCAGCGGACGGGCGGGACGGCGGTACGCGCCCGGTCGCCCTG
CTGCTGCCCGGCCAGGGAGCACAGCACCCGCGCATGGCGGCGGGCCTCCTGGCCGCCGAG
CCCGTCTTCGCGGAGGCGATGGACGAGGCCCTGACCGCCCTGGCGGACGCCGGTGGGCCG
GGCGGCCACGGCACCGGCCTGCGCGAGGACTGGCTCGGGTCCCGCGACACCGCGCTGATG
GACCACGTCACGCGCTCCCAGCCCCTGCTCTTCGCGGTGGACTACGCCATCGGGCGGCTC
GTGCTCGGCTGGGGCGTGCGGCCCGTCGCCCTGCTCGGCCACAGCATCGGCGAGGTGGCG
GCCGCGGTCCTCTCCGGCGTCTTCACGCTGCCGGACGCCGCCGCCATGGTGCACGACCGC
GTCGCCCGGCTGGCGGACGCGCCGCCCGGCGGGATGGTCGCCGTCGCCGCCACCCGGGAG
GAGGTGGCGCCCTTCCTCACCGACGGCGTGGTCGTCGGCGCCGTCAACGCCCCGCGGCAG
ACGGTCCTGGCCGGACTCGACGGCCCGCTGCGCACCGTCACGGCGGCACTGGCCGACGCC
GGGTTCGTGCTCCAGCGCGTACCCGCCTCCACGGCGTTCCACAGCCCCGCCCTCGCCCCG
GCGATGCGCGGTGCCGACGAGCGGATCGCCGCCCTGCCCGTCGGCGAGCCCCGGATCCCG
GTCATGTCCGGGTACACGGGCCGGTTCCTGACGCCCGCGGAGGCGAAGGACCCGGCCTTC
TGGAGCAGGCAGCCGGTGGCGCCGGTGCTGTTCTGGCCCGCCCTCGACGCCCTCCTCGCC
CAGGGCGACCCGGTGCTCGTGGAGGCCGGTCCGGGGCAGGGGCTGTCGCAGCTGGCCCGC
CGCCACCCGGCCGTGCGCTCCGGCCGCTCCGCCGTCGTCCCGCTGCTGCCGGCCCGGCCG
GGAACCGCCGAGGACGACGTGACCGCCGTACGCGCCGCCGCCGCGGCGCTACGGGAACGC
GCCGGCGTACCGGACGCGCGGCCCGTGTAG

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BLASTP
Database:UniProtKB:2011_09 		show BLAST table
InterPro
Database:interpro:38.0
IPR001227 Acyl transferase domain (Domain)
[17-144] 8.39999999999997e-52 G3DSA:3.40.366.10 [208-304] 8.39999999999997e-52 G3DSA:3.40.366.10
G3DSA:3.40.366.10   Ac_transferase_reg
IPR014043 Acyl transferase (Domain)
[22-291] 1.6e-38 PF00698
PF00698   Acyl_transf_1
IPR016035 Acyl transferase/acyl hydrolase/lysophospholipase (Domain)
[17-303] 2.99998750445706e-47 SSF52151
SSF52151   Acyl_Trfase/lysoPlipase
IPR016036 Malonyl-CoA ACP transacylase, ACP-binding (Domain)
[148-210] 9.59999914716171e-13 SSF55048
SSF55048   Malonyl_transacylase_ACP-bd
IPR020801 Polyketide synthase, acyl transferase domain (Domain)
[21-320] 6.89998448199219e-58 SM00827
SM00827   PKS_AT
SignalP
[1-44] 0.122 Signal
Eukaryota   
TMHMM No significant hit
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