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Ello_00300 : CDS information

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Organism
StrainTü2353
Entry nameElloramycin
Contig
Start / Stop / Direction29,199 / 30,188 / + [in whole cluster]
3,999 / 4,988 / + [in contig]
Location29199..30188 [in whole cluster]
3999..4988 [in contig]
TypeCDS
Length990 bp (329 aa)
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Category5.1 general function
Productputative UDP-glucose 4-epimerase
putative UDP-galactose 4-epimerase
Product (GenBank)UDP-D-glucose-4-epimerase
Gene
Gene (GenBank)galE3
EC number5.1.3.2
Keyword
Note
Note (GenBank)
Reference
ACC
PmId
[18310024] Biosynthesis of elloramycin in Streptomyces olivaceus requires glycosylation by enzymes encoded outside the aglycon cluster. (Microbiology. , 2008)
comment
elloramycin clusterの同定論文。

elloramycinのsugar motiety L-rhamnose生合成に必要なrhaA-D genesは、PKSなどが含まれるclusterとは別のclusterに存在する。両subclustersがelloramycin生合成に必要であることは、rhaB不活化とS.lividansでの異種性plasmid発現により確認されている。

galE3: UDP-D-Glucose 4-epimerase

galE3はrhaA-D genesと並んでいる。
詳細記載なし。
Related Reference
ACC
Q9S6S4
PmId
comment
Blast 312th, id40%, 4e-63
Lactococcus lactis_galE
UDP-galactose 4-epimerase(EC 5.1.3.2)

Escherichia coliやL. lactisのmutantsを用いた相補実験により、galP,galK, galT, galE遺伝子の機能を見ている。
galPMKTE genesはgalactose利用に関連する。
ACC
P13226
PmId
[3335481] ( , )
comment
Blast 425th, id43%, 9e-60
Streptomyces lividans_galE
UDP-glucose 4-epimerase(EC 5.1.3.2)
synonym: UDP-galactose 4-epimerase

ガラクトース利用遺伝子群のDNA配列と遺伝子構成を決める。大腸菌のgalE、galT、galK欠失株をそれぞれcomplementする遺伝子群があり、DNA配列解析よりこれら遺伝子群がgalT, galE, galKと相同性があるオペロンを構成していることがわかる。（遺伝子の順番が異なる）

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selected fasta
>putative UDP-glucose 4-epimerase [UDP-D-glucose-4-epimerase]
MTWLITGGAGYIGSHVVKSMTEAGERVVVLDDLSTGDPARVPAGVPLERGTVLDRAFLDR
VLAEHRVRGIVHLAAKKAVGESVERPLHYYRENVTGLQVLLEAAAAAGVDSFLFSSSASV
YGMPDTDLVTEDTPCAPLSPYGETKVAGEWMVRSVGRAHSMATACLRYFNVAGTAAPELA
DTGVFNLVPMVFQRLDAGQPPLVFGDDYATPDGTCVRDYIHVADLADAHLAAARRLAELA
AAGDHRDLTLNIGRGEGVSVREMMDLIREVTGRPVEPEVTARRPGDPAQVVASADRISAE
LGWKARHDVRSMIASAWAAHTGAAVQPAE
selected fasta
>putative UDP-glucose 4-epimerase [UDP-D-glucose-4-epimerase]
ATGACGTGGCTCATCACCGGCGGCGCCGGCTACATCGGTTCCCATGTCGTCAAGTCCATG
ACGGAGGCGGGTGAGCGGGTGGTCGTCCTGGACGACCTCTCCACCGGCGACCCGGCGAGA
GTCCCCGCGGGCGTGCCCCTGGAGCGCGGCACCGTCCTCGACCGGGCCTTCCTCGACCGG
GTCCTCGCCGAGCACCGGGTCCGCGGGATCGTCCACCTCGCCGCGAAGAAGGCCGTCGGC
GAATCCGTCGAACGCCCGCTCCACTACTACCGCGAGAACGTCACGGGCCTGCAGGTCCTG
CTCGAAGCGGCCGCGGCGGCCGGCGTCGACTCCTTCCTCTTCTCCTCCTCGGCCTCCGTG
TACGGCATGCCCGACACCGACCTGGTCACCGAGGACACGCCCTGCGCGCCGCTCAGCCCG
TACGGCGAGACCAAGGTCGCGGGCGAGTGGATGGTCCGCTCCGTCGGCCGTGCCCACTCC
ATGGCCACCGCCTGCCTGCGCTACTTCAACGTCGCCGGCACCGCCGCCCCCGAACTCGCC
GACACCGGCGTCTTCAACCTCGTCCCCATGGTCTTCCAGCGGCTCGACGCCGGGCAGCCG
CCGCTCGTCTTCGGCGACGACTACGCCACTCCCGACGGCACCTGCGTCCGCGACTACATC
CATGTCGCCGACCTCGCCGACGCCCATCTGGCCGCCGCCCGCCGACTCGCCGAACTGGCC
GCGGCCGGGGACCACCGCGACCTCACCCTCAACATCGGGCGCGGGGAGGGCGTCTCCGTA
CGGGAGATGATGGACCTGATCCGCGAGGTCACCGGCCGCCCCGTCGAGCCCGAGGTCACC
GCCCGCCGCCCCGGCGACCCGGCGCAGGTGGTCGCCTCCGCCGACCGGATCTCCGCGGAA
CTGGGCTGGAAGGCCCGCCACGACGTCCGCTCCATGATCGCCTCGGCCTGGGCGGCGCAC
ACCGGGGCCGCGGTCCAGCCCGCGGAATAG

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BLASTP
Database:UniProtKB:2011_09 		show BLAST table
InterPro
Database:interpro:38.0
IPR001509 NAD-dependent epimerase/dehydratase (Domain)
[3-237] 5.89999999999994e-55 PF01370
PF01370   Epimerase
IPR005886 UDP-glucose 4-epimerase (Family)
[4-319] 7.59999999999998e-98 TIGR01179
TIGR01179   GalE
IPR016040 NAD(P)-binding domain (Domain)
[1-169] 3.2e-58 G3DSA:3.40.50.720
G3DSA:3.40.50.720   NAD(P)-bd
IPR025308 UDP-glucose 4-epimerase C-terminal domain (Domain)
[268-318] 1e-11 PF13950
PF13950   Epimerase_Csub
SignalP No significant hit
TMHMM No significant hit
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