Ello_00290 : CDS information

Location

Organism	Streptomyces olivaceus
Strain	Tü2353
Entry name	Elloramycin
Contig	AM889123
Start / Stop / Direction	28,500 / 29,105 / + [in whole cluster] 3,300 / 3,905 / + [in contig]
Location	28500..29105 [in whole cluster] 3300..3905 [in contig]
Type	CDS
Length	606 bp (201 aa)

Annotation

Category	2.3 modification addition of sugar moiety
Product	putative dTDP-4-dehydrorhamnose 3,5-epimerase
Product (GenBank)	3,5-epimerase
Gene
Gene (GenBank)	rhaC
EC number	5.1.3.13
Keyword	L-rhamnose
Note
Note (GenBank)
Reference	ACC A8KQL7 PmId [18310024] Biosynthesis of elloramycin in Streptomyces olivaceus requires glycosylation by enzymes encoded outside the aglycon cluster. (Microbiology. , 2008) comment elloramycin clusterの同定論文。 elloramycinのsugar motiety L-rhamnose生合成に必要なrhaA-D genesは、PKSなどが含まれるclusterとは別のclusterに存在する。両subclustersがelloramycin生合成に必要であることは、rhaB不活化とS.lividansでの異種性plasmid発現により確認されている。 rhaC: 3,5-Epimerase 配列解析から、このORFはL-rhamnose生合成における3,5-epimeraseとして機能すると提唱されている。
Related Reference	ACC Q9L9E5 PmId [16514445] Characterisation of Streptomyces spheroides NovW and revision of its functional assignment to a dTDP-6-deoxy-D-xylo-4-hexulose 3-epimerase. (Chem Commun (Camb). , 2006) comment Blast 15th, id63%, 4e-67 Streptomyces spheroides_novW NovW abstract: vitroでのrecombinant Streptomyces spheroides NovWの特徴づけから、3,5-epimeraseではなく有意に3-epimerase活性のみを持つことが示唆される。
	ACC Q331R1 PmId [15049360] Cloning, expression, and biological function of a dTDP-deoxyglucose epimerase (gerF) gene from Streptomyces sp. GERI-155. (Biotechnol Lett. , 2004) [17053005] Biosynthesis of dTDP-6-deoxy-beta-D-allose, biochemical characterization of dTDP-4-keto-6-deoxyglucose reductase (GerKI) from Streptomyces sp. KCTC 0041BP. (Glycobiology. , 2007) comment Blast 55th, id56%, 1e-56 Streptomyces sp. KCTC 0041BP_gerF NDP-hexose-3-epimerase --- [PMID: 15049360](2004) Streptomyces sp. GERI-155 = Streptomyces sp. KCTC 0041BP dTDP-deoxyglucose epimerase geneをコードすると思われるgerFをE.coliで発現、精製、機能確認。精製された酵素はdTDP-4-keto-6-deoxyglucoseからmaltolを産生し、よって発現されたタンパクがdTDP-4-keto- 6-deoxyglucoseのC-3 and C-5 or C-3の異性化を触媒するdTDP-deoxyglucose epimeraseであることが確認された。 --- [PMID: 17053005](2007) gerK1をクローニング、E.coliで過剰発現、機能確認。 GerK1はC-3でaxialなOH基を持つときのみ、dTDP-4-keto-6-deoxy-D-alloseの4-keto基で特異的な還元効果を示す。 GerFの存在下で、GerK1はdTDP-4-keto-6-deoxyglucose → dTDP-6-deoxy-beta-D-alloseへの変換を触媒した。このdTDP-6-deoxy-D-alloseの分離成功は、GerFがmycinose生合成経路において3,5-epimeraseではなく、3-epimeraseとして機能することを確認するのに十分な証拠を供給する。
	ACC Q93EK2 PmId [11544225] Rhamnose biosynthesis pathway supplies precursors for primary and secondary metabolism in Saccharopolyspora spinosa. (J Bacteriol. , 2001) comment Blast 34th, id55%, 4e-60 Saccharopolyspora spinosa_epi Putative TDP-4-keto-6-deoxyglucose 3,5 epimerase Epiなどが、spinosad生合成と細胞壁合成に必要なrhamnoseの生合成に関与することを確認している。 Epi単独での機能解析はされていない。
	ACC O06330 PmId [16472764] rmlB and rmlC genes are essential for growth of mycobacteria. (Biochem Biophys Res Commun. , 2006) comment Blast 59th, id52%, 5e-56 Mycobacterium tuberculosis_rmlC(strM, Rv3465, MT3571) dTDP-4-dehydrorhamnose 3,5-epimerase(EC 5.1.3.13) UniProt Function: dTDP-6-deoxy-D-xylo-4-hexuloseのC3' and C5'positionsの異性化を触媒して、dTDP-6-deoxy-L-lyxo-4-hexuloseを形成。dTDP-L-rhamnoseの生合成に関連する。(Ref.3 = [PMID: 16472764])

Sequence

>putative dTDP-4-dehydrorhamnose 3,5-epimerase [3,5-epimerase]
MKVNPLGIEGAWEFVPQQFGDARGLFLEWYKAERMAEAVGHPLNLKQGNLSVSSAGVVRG
IHFADVPPGQAKYVTCVRGAVLDIIVDVRVGSPTFGKWEAVRLDDKDRKAVYLSEGLGHG
FCALTDDATVTYLCSEGYAPERERTVYPLDPEIGIEWPVDGEPELSAKDAQGPTLAQARE
AGILPVYEECVAFRASLAERG

>putative dTDP-4-dehydrorhamnose 3,5-epimerase [3,5-epimerase]
ATGAAGGTCAACCCCCTTGGTATCGAGGGCGCCTGGGAGTTCGTCCCGCAGCAGTTCGGT
GACGCCCGTGGCCTGTTCCTGGAGTGGTACAAGGCCGAGCGCATGGCCGAGGCCGTCGGT
CACCCGCTGAACCTGAAGCAGGGCAACCTCTCCGTCTCCTCCGCCGGTGTCGTCCGCGGC
ATCCACTTCGCCGACGTGCCGCCCGGCCAGGCCAAGTACGTGACCTGCGTCCGCGGCGCG
GTGCTCGACATCATCGTCGACGTCCGCGTCGGCTCGCCGACCTTCGGCAAGTGGGAGGCC
GTGCGCCTCGACGACAAGGACCGCAAGGCCGTCTACCTCTCCGAGGGCCTCGGCCACGGC
TTCTGCGCGCTCACCGACGACGCGACCGTCACCTACCTCTGCTCCGAGGGGTATGCGCCG
GAGCGGGAGCGCACGGTCTACCCGCTCGACCCTGAGATCGGCATCGAGTGGCCGGTCGAC
GGCGAGCCCGAGCTGTCCGCGAAGGACGCCCAGGGCCCGACCCTCGCGCAGGCCCGTGAG
GCCGGCATCCTGCCGGTCTACGAGGAGTGCGTGGCCTTCCGGGCCTCGCTGGCCGAGCGC
GGCTGA

Feature

BLASTP Database:UniProtKB:2011_09	show BLAST table
InterPro Database:interpro:38.0	IPR000888 dTDP-4-dehydrorhamnose 3,5-epimerase-related (Family) PD001462 dTDP_sugar_isom TIGR01221 RmlC PF00908 dTDP_sugar_isom IPR011051 RmlC-like cupin domain (Domain) SSF51182 RmlC_like_cupin IPR014710 RmlC-like jelly roll fold (Domain) G3DSA:2.60.120.10 RmlC-like_jellyroll
SignalP	No significant hit
TMHMM	No significant hit

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