Fren_00090 : CDS information

Location

Organism	Streptomyces roseofulvus
Strain	AK24158
Entry name	Frenolicin
Contig	AF058302
Start / Stop / Direction	12,555 / 11,545 / - [in whole cluster] 12,555 / 11,545 / - [in contig]
Location	complement(11545..12555) [in whole cluster] complement(11545..12555) [in contig]
Type	CDS
Length	1,011 bp (336 aa)

Annotation

Category	2.2 modification addition of starter unit
Product	beta-ketoacyl synthase
Product (GenBank)	putative four carbon starter unit synthase
Gene	frnI frenI
Gene (GenBank)	frnI
EC number
Keyword
Note
Note (GenBank)	FrnI; FABH (KAS III) homolog
Reference	ACC O68915 PmId [12767243] Ketosynthases in the initiation and elongation modules of aromatic polyketide synthases have orthogonal acyl carrier protein specificity. (Biochemistry. , 2003) comment "Analysis of a 27 kb region of Streptomyces roseofulvus containing genes for frenolicin biosynthesis." cluster論文として報告があるのは10.2kbp領域のみ[PMID:8181754]。このORFはその範囲外でGenBank登録AF058302に由来する。 -- [PMID:12767243](2003) ・2 priming KSs = ZhuH, FrenI ・2 elongation KSs(+CLF) = actI-ORF1+ORF2, tcmK+L ・6 ACPs = FrenN, FrenJ, ZhuN, ZhuG, Gra-ORF3, DpsG ・MAT を発現、精製して、組み合わせによる活性を確認している。 priming KSであるFrenI は、priming ACPであるFrenJ, ZhuGの存在下でacyl transfer活性が高いが、 minimal PKSのACPであるFrenN, ZhuN, DpsGの存在下では検出されない。
Related Reference	ACC Q9F6D4 NITE R1128_00080 PmId [11732905] In vitro reconstitution and analysis of the chain initiating enzymes of the R1128 polyketide synthase. (Biochemistry. , 2001) [12767243] Ketosynthases in the initiation and elongation modules of aromatic polyketide synthases have orthogonal acyl carrier protein specificity. (Biochemistry. , 2003) [19292437] Biosynthesis of aromatic polyketides in bacteria. (Acc Chem Res. , 2009) comment Blast 3rd, id58%, 5e-99 Streptomyces lividans_fabH(zhuH) 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase 3 UniProt登録ではOrganismがStreptomyces lividansとなっているが、Streptomyces sp. R1128の間違いと思われる。GenBank登録はStreptomyces sp. R1128である。 --- [PMID: 11732905](2001) abstract ZhuHのprimer unit特異性を調べるため、様々なacyl-CoAsとmalonyl-ZhuG(ACP)の存在下で、beta-ketoacyl-ACP形成の kineticsが測定された。Propionyl-CoA and isobutyryl-CoAは、ZhuHの最も好ましい基質であった。しかし、acetyl-CoA and butyryl-CoAも受け入れられ、伸長されることができた。 -- [PMID:12767243](2003) ・2 priming KSs = ZhuH, FrenI ・2 elongation KSs(+CLF) = actI-ORF1+ORF2, tcmK+L ・6 ACPs = FrenN, FrenJ, ZhuN, ZhuG, Gra-ORF3, DpsG ・MAT を発現、精製して、組み合わせによる活性を確認している。 priming KSであるFrenI は、priming ACPであるFrenJ, ZhuGの存在下でacyl transfer活性が高いが、 minimal PKSのACPであるFrenN, ZhuN, DpsGの存在下では検出されない。 AA配列alignmentから、priming ACPsに特有なtyrosine残基を同定。 R1128のACPでsite-directed mutagenesis(ZhuG-Y45L, ZhuN-M42Y)して、ZhuHによるacyl transferを測定。この変異によりZhuNでも活性が得られるようになった。 -- [PMID:19292437](2009) initiation PKSの提唱経路の記載あり。

PKS/NRPS Module

KS	14..335

Sequence

>beta-ketoacyl synthase [putative four carbon starter unit synthase]
MTGEAEMLGTRPVVHSRLLGVGGYRPRRSVDNAELCATVASTPEWIETRSGIRARGFAAP
DETLRFMGRAAAEKALARAGVLPDGIDLVLVASMSRLEQTPPLAVLLAEDLGARAAAGLD
VSGACAGFCHALALASDAVRAGSARHVLVVGTERMTDLVERADRTVSVLFADGAGAAVVG
PSARPGISPPARGAAGRYAGALRMDRGWDTFAADPSLGRPWMRMDGRRVFRWAMDEVTPR
AAELLRESGIEPEALDAFVPHQANLRMIELMAERLGLPERTAVARDVVRAGNTSAASVPL
ALEALLDSGEVGSGDRALLVGFGAGLNYAAQVVELP

>beta-ketoacyl synthase [putative four carbon starter unit synthase]
GTGACCGGCGAGGCGGAGATGCTCGGTACGCGGCCTGTCGTGCACAGCAGGCTCTTGGGG
GTGGGGGGTTACCGGCCCCGGCGCAGTGTGGACAACGCCGAACTGTGTGCCACGGTCGCG
TCGACCCCGGAGTGGATAGAGACCCGCAGCGGTATCCGTGCGCGCGGCTTCGCCGCGCCG
GACGAGACCTTGCGGTTCATGGGGCGGGCGGCGGCCGAGAAGGCGCTCGCGCGGGCGGGG
GTGCTGCCGGACGGGATCGATCTGGTGCTGGTGGCGAGCATGTCGCGGCTGGAGCAGACG
CCCCCGCTCGCCGTGCTCCTCGCCGAGGACCTCGGCGCGCGGGCGGCGGCGGGGCTGGAC
GTGTCCGGCGCCTGCGCCGGTTTCTGCCACGCGCTGGCGCTCGCTTCGGACGCGGTGCGC
GCCGGGAGCGCCCGGCACGTCCTGGTGGTGGGCACGGAGCGGATGACGGATCTCGTGGAG
CGTGCGGACCGCACCGTCTCCGTGCTCTTCGCGGACGGGGCGGGAGCCGCTGTGGTGGGG
CCTTCGGCGCGGCCGGGGATCTCGCCGCCGGCGCGTGGTGCGGCGGGCCGGTACGCCGGA
GCGCTGCGGATGGACAGGGGCTGGGACACGTTCGCCGCCGATCCCTCGCTCGGCAGGCCG
TGGATGCGGATGGACGGACGGCGGGTGTTCCGCTGGGCGATGGACGAGGTGACCCCGCGG
GCGGCGGAACTGCTGCGGGAGAGCGGGATCGAGCCGGAGGCGCTGGACGCCTTCGTCCCG
CACCAGGCGAACCTGCGCATGATCGAGCTGATGGCCGAACGGCTCGGCCTGCCGGAGCGC
ACGGCCGTGGCGCGGGACGTGGTGCGCGCCGGGAACACCTCGGCGGCCTCGGTCCCGCTC
GCGCTGGAGGCGCTCCTCGACTCCGGCGAGGTGGGCAGCGGGGACCGCGCGCTCCTCGTG
GGGTTCGGCGCGGGGCTCAACTACGCGGCCCAGGTGGTGGAGCTCCCGTGA

KS	14..335

KS	40..1005

Feature

BLASTP Database:UniProtKB:2011_09	show BLAST table
InterPro Database:interpro:38.0	IPR004655 Beta-ketoacyl-acyl carrier protein synthase III (FabH) (Family) TIGR00747 FabH IPR013747 3-Oxoacyl-[acyl-carrier-protein (ACP)] synthase III C-terminal (Domain) PF08541 ACP_syn_III_C IPR013751 3-Oxoacyl-[acyl-carrier-protein (ACP)] synthase III (Domain) PF08545 ACP_syn_III IPR016038 Thiolase-like, subgroup (Domain) G3DSA:3.40.47.10 Thiolase-like_subgr IPR016039 Thiolase-like (Domain) SSF53901 Thiolase-like
SignalP	No significant hit
TMHMM	No significant hit

Fren_00080 Fren_00100