Fren_00100 : CDS information

Location

Organism	Streptomyces roseofulvus
Strain	AK24158
Entry name	Frenolicin
Contig	AF058302
Start / Stop / Direction	12,736 / 12,993 / + [in whole cluster] 12,736 / 12,993 / + [in contig]
Location	12736..12993 [in whole cluster] 12736..12993 [in contig]
Type	CDS
Length	258 bp (85 aa)

Annotation

Category	2.2 modification addition of starter unit
Product	acyl carrier protein
Product (GenBank)	acyl carrier protein
Gene	frnJ frenJ
Gene (GenBank)	frnJ
EC number
Keyword
Note
Note (GenBank)	FrnJ; second ACP for putative starter unit
Reference	ACC O68916 PmId [12767243] Ketosynthases in the initiation and elongation modules of aromatic polyketide synthases have orthogonal acyl carrier protein specificity. (Biochemistry. , 2003) comment "Analysis of a 27 kb region of Streptomyces roseofulvus containing genes for frenolicin biosynthesis." 論文として報告があるのは10.2kbp領域のみ[PMID:8181754]。このORFはその範囲外でGenBank登録AF058302に由来する。 -- [PMID:12767243](2003) ・2 priming KSs = ZhuH, FrenI ・2 elongation KSs(+CLF) = actI-ORF1+ORF2, tcmK+L ・6 ACPs = FrenN, FrenJ, ZhuN, ZhuG, Gra-ORF3, DpsG ・MAT を発現、精製して、組み合わせによる活性を確認している。 priming KSであるFrenI は、priming ACPであるFrenJ, ZhuGの存在下でacyl transfer活性が高いが、 minimal PKSのACPであるFrenN, ZhuN, DpsGの存在下では検出されない。
Related Reference	ACC Q9F6D5 NITE R1128_00070 PmId [11732905] In vitro reconstitution and analysis of the chain initiating enzymes of the R1128 polyketide synthase. (Biochemistry. , 2001) [12767243] Ketosynthases in the initiation and elongation modules of aromatic polyketide synthases have orthogonal acyl carrier protein specificity. (Biochemistry. , 2003) [19292437] Biosynthesis of aromatic polyketides in bacteria. (Acc Chem Res. , 2009) comment Blast 3rd, id46%, 1e-12 Streptomyces sp. R1128_zhuG Acyl carrier protein -- [PMID: 11732905](2001) abstract ZhuHのprimer unit特異性を調べるため、様々なacyl-CoAsとmalonyl-ZhuG(ACP)の存在下で、beta-ketoacyl-ACP形成の kineticsが測定された。Propionyl-CoA and isobutyryl-CoAは、ZhuHの最も好ましい基質であった。しかし、acetyl-CoA and butyryl-CoAも受け入れられ、伸長されることができた。 -- [PMID:12767243](2003) ・2 priming KSs = ZhuH, FrenI ・2 elongation KSs(+CLF) = actI-ORF1+ORF2, tcmK+L ・6 ACPs = FrenN, FrenJ, ZhuN, ZhuG, Gra-ORF3, DpsG ・MAT を発現、精製して、組み合わせによる活性を確認している。 priming KSであるFrenI は、priming ACPであるFrenJ, ZhuGの存在下でacyl transfer活性が高いが、 minimal PKSのACPであるFrenN, ZhuN, DpsGの存在下では検出されない。 AA配列alignmentから、priming ACPsに特有なtyrosine残基を同定。 R1128のACPでsite-directed mutagenesis(ZhuG-Y45L, ZhuN-M42Y)して、ZhuHによるacyl transferを測定。この変異によりZhuNでも活性が得られるようになった。 -- [PMID:19292437](2009) initiation PKSの提唱経路の記載あり。

PKS/NRPS Module

ACP	5..78

Sequence

>acyl carrier protein [acyl carrier protein]
MSAFTLTEFKKLVEQSYDAESAEALHGQALDTSFTDLGYDSLTVYEIVTRIQDEHGVTVP
DEELDLLDTPRALIAYVDARAGSRT

>acyl carrier protein [acyl carrier protein]
ATGAGCGCCTTCACTCTCACCGAGTTCAAGAAGCTGGTCGAGCAGAGCTACGACGCCGAA
TCGGCCGAAGCCCTCCACGGGCAGGCCCTCGACACGAGCTTCACCGATCTGGGTTACGAC
TCGCTGACGGTCTACGAGATCGTCACCCGCATCCAGGACGAGCACGGAGTCACCGTGCCC
GACGAGGAGCTGGACCTCCTCGACACCCCGCGCGCCCTCATCGCGTACGTCGACGCGCGC
GCGGGTTCCCGCACCTGA

ACP	5..78

ACP	13..234

Feature

BLASTP Database:UniProtKB:2011_09	show BLAST table
InterPro Database:interpro:38.0	IPR003231 Acyl carrier protein (ACP) (Family) PD000887 ACP_TREPA_O83786; IPR009081 Acyl carrier protein-like (Domain) PF00550 PP-binding G3DSA:1.10.1200.10 no description SSF47336 ACP-like PS50075 ACP_DOMAIN IPR020806 Polyketide synthase, phosphopantetheine-binding domain (Domain) SM00823 Phosphopantetheine attachment site
SignalP	Eukaryota
TMHMM	No significant hit

Fren_00090 Fren_00110