Fren_00110 : CDS information

Location

Organism	Streptomyces roseofulvus
Strain	AK24158
Entry name	Frenolicin
Contig	AF058302
Start / Stop / Direction	14,136 / 13,081 / - [in whole cluster] 14,136 / 13,081 / - [in contig]
Location	complement(13081..14136) [in whole cluster] complement(13081..14136) [in contig]
Type	CDS
Length	1,056 bp (351 aa)

Annotation

Category	1.4 Other
Product	putative acyl-ACP thioesterase
Product (GenBank)	putative acyltransferase for starter unit
Gene
Gene (GenBank)	frnK
EC number
Keyword	type II thioesterase non-acetate starter unit
Note
Note (GenBank)	FrnK; Streptomyces peucetius DpsD homolog
Reference	ACC O68917 comment "Analysis of a 27 kb region of Streptomyces roseofulvus containing genes for frenolicin biosynthesis." 論文として報告があるのは10.2kbp領域のみ[PMID:8181754]。このORFはその範囲外でGenBank登録AF058302に由来する。
Related Reference	ACC Q9KHK3 NITE Enter_00120 PmId [21531566] Policing starter unit selection of the enterocin type II polyketide synthase by the type II thioesterase EncL. (Bioorg Med Chem. , 2011) comment Blast 8th, id44%, 1e-51 Streptomyces maritimus_encL Putative acyl transferase EncL encL mutantはwildと類似したレベルのenterocinを産生。 encABCNDを含んだplasmidを異種性発現すると、benzoate-primed polyketides wailupemycinsを産生。 8His-tagged EncLをE.coliで産生してin vitro実験に使用。 EncABC + malonyl-CoA でuncharacterized acetate primed polyketidesが産生されるが、この反応にEncLを加えるとこれらの産物が減る。 EncABCN + benzoyl-CoA, malonyl-CoA でbenzoate-primed wailupemycinsが産生されるが、この反応にEncLを加えるとこれらの産物が増える。 acetyl- and benzoyl-EncC に EncLを加えたときのholo-EncC, acetyl-EncC, and benzoyl-EncCの量をタイムコースで定量。 acetyl-EncCはEncLを加えて30秒後に枯渇。これに対応するholo-EncC増加あり。 benzoyl-EncCは相対的にゆっくり加水分解された。これらの結果からEncLは、misprimed acetyl-ACP(EncC)を加水分解してEncCに戻すことにより正しいstarter unit benzoyl-ACP(EncC)が取り込まれ、enterocin合成が進むようにすると提唱。
Related Reference	ACC Q9F6D9 NITE R1128_00030 PmId [15260498] The acyltransferase homologue from the initiation module of the R1128 polyketide synthase is an acyl-ACP thioesterase that edits acetyl primer units. (Biochemistry. , 2004) comment Blast 18th, id47%, 4e-46 Streptomyces sp. R1128_zhuC Acyl transferase tcm minimal PKS genesとの発現でZhuCの役割を確認。 tcm minimal PKSは非acetateなacyl基で直接primeされることができる。 ZhuCがあるとacetate-primed decaketides合成がなくなり、hexanoyl-primed octaketides合成のみになる。 ZhuCは、hexanoyl- and octanoyl-ACPより100倍よい特異性をacetyl- and propionyl-ACPに持つ。 ZhuCはacyl-ZhuG から holo-ZhuNへのtransacylationを触媒するが、そのacyl移動率はin vivoで生理学的に関連するためには遅すぎる。よってZhuCはacetyl-ACP thioesteraseとして働き、PKS伸長moduleをprimeするalkylacyl-ZhuGと競合するacetate primer unitsを一掃する。

Sequence

>putative acyl-ACP thioesterase [putative acyltransferase for starter unit]
MRSEGGTEEEGAPVVALLLPGQGAQRARMAAGLHGVVPEFTTAVEECFAVWGTWGEELRA
RWLDGAGGEEALERAAVAQPLLFAVGYGLGRALGAGAQGAPHLLLGHSVGELAAAALAGV
CAPGAALRLLAERDAVLRAAPSGGMLAVAAPVDDLRPYVGADVVVGAVNGPRQTVLCGPE
APLRAVARRLADDGLTARRLQADVPFHSPALAGAARRLTRASAERVARWRPPAVPLWSGR
TGRALTPGEAVRAAFWCGQLAAPVLYWPALGNLLATATATATTTGGGRGVVLLDASPDGS
LGAPARRHPAVRSGAARVVRLLPARPGDPADDVRAFRAALQQAGQVVRDGG

>putative acyl-ACP thioesterase [putative acyltransferase for starter unit]
GTGCGGAGCGAGGGCGGTACGGAGGAGGAGGGCGCCCCGGTGGTGGCCCTGCTGCTGCCC
GGTCAGGGCGCGCAGCGGGCCCGGATGGCGGCCGGACTCCACGGCGTGGTGCCGGAGTTC
ACGACCGCGGTGGAGGAGTGCTTCGCCGTGTGGGGCACCTGGGGGGAGGAGTTGCGCGCG
CGGTGGCTGGACGGGGCGGGCGGCGAGGAGGCGCTGGAACGGGCCGCTGTCGCGCAGCCG
TTGCTCTTCGCCGTGGGGTACGGGCTCGGGCGGGCGCTCGGCGCGGGGGCGCAGGGTGCG
CCGCACCTGTTGCTCGGGCACAGCGTCGGCGAACTCGCCGCCGCCGCGCTCGCCGGGGTG
TGCGCGCCGGGGGCGGCGCTCCGGCTGCTCGCCGAACGGGACGCGGTGCTGCGCGCGGCG
CCGTCCGGGGGCATGCTCGCCGTGGCCGCGCCGGTGGACGACCTGCGCCCGTACGTGGGG
GCCGACGTGGTGGTGGGCGCGGTGAACGGGCCGCGTCAGACGGTGCTGTGCGGGCCGGAG
GCGCCGCTGCGCGCGGTGGCGCGGCGCCTGGCCGACGACGGGCTGACGGCGCGCCGCCTC
CAGGCGGACGTACCCTTCCACTCCCCCGCCCTCGCCGGGGCGGCGCGGCGTCTGACCAGG
GCGAGCGCGGAACGGGTCGCGCGGTGGCGGCCACCCGCCGTGCCCCTGTGGTCGGGCCGG
ACGGGTCGCGCGCTCACGCCGGGCGAGGCGGTGCGCGCCGCGTTCTGGTGCGGTCAGCTC
GCCGCCCCCGTCCTGTACTGGCCGGCGCTGGGGAACCTGCTCGCGACGGCGACGGCGACG
GCGACGACCACGGGCGGCGGGCGTGGCGTGGTGCTGCTCGACGCCTCGCCGGACGGCAGT
CTCGGCGCCCCGGCGCGCCGTCATCCGGCCGTCCGCTCGGGCGCGGCCCGTGTCGTTCGG
CTCCTGCCCGCGCGTCCCGGCGACCCCGCGGACGACGTGCGGGCCTTTCGCGCCGCGCTC
CAACAGGCGGGTCAGGTCGTACGGGACGGGGGCTGA

Feature

BLASTP Database:UniProtKB:2011_09	show BLAST table
InterPro Database:interpro:38.0	IPR001227 Acyl transferase domain (Domain) G3DSA:3.40.366.10 Ac_transferase_reg IPR014043 Acyl transferase (Domain) PF00698 Acyl_transf_1 IPR016035 Acyl transferase/acyl hydrolase/lysophospholipase (Domain) SSF52151 Acyl_Trfase/lysoPlipase IPR016036 Malonyl-CoA ACP transacylase, ACP-binding (Domain) SSF55048 Malonyl_transacylase_ACP-bd
SignalP	No significant hit
TMHMM	No significant hit

Fren_00100 Fren_00120