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Grana_00240 : CDS information

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Organism
StrainTü22
Entry nameGranaticin
Contig
Start / Stop / Direction27,951 / 27,202 / - [in whole cluster]
27,951 / 27,202 / - [in contig]
Locationcomplement(27202..27951) [in whole cluster]
complement(27202..27951) [in contig]
TypeCDS
Length750 bp (249 aa)
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Category3.3 modification reduction
ProductC-3 ketoreductase
Product (GenBank)
Gene
Gene (GenBank)gra-orf6
EC number
Keyword
  • R-stereochemistry
Note
Note (GenBank)
Reference
ACC
PmId
[2583128] Structure and deduced function of the granaticin-producing polyketide synthase gene cluster of Streptomyces violaceoruber Tu22. (EMBO J. , 1989)
[9831526] The granaticin biosynthetic gene cluster of Streptomyces violaceoruber Tu22: sequence analysis and expression in a heterologous host. (Chem Biol. , 1998)
[1400167] Functional replacement of genes for individual polyketide synthase components in Streptomyces coelicolor A3(2) by heterologous genes from a different polyketide pathway. (J Bacteriol. , 1992)
[11325954] Functional complementation of pyran ring formation in actinorhodin biosynthesis in Streptomyces coelicolor A3(2) by ketoreductase genes for granaticin biosynthesis. (J Bacteriol. , 2001)
[11707113] A new mode of stereochemical control revealed by analysis of the biosynthesis of dihydrogranaticin in Streptomyces violaceoruber Tu22. (J Am Chem Soc. , 2001)
comment
[PMID: 2583128](1989)
granaticin生合成gene clusterの一部6.5 kb regionの配列解析報告。

予測されたORF5 and ORF6遺伝子産物は知られたoxidoreductaseに似ていることから、granaticin炭素骨格の組み立てのときに必要な還元ステップとして機能すると示唆される。
ORF5 and ORF6は翻訳共役。

--
[PMID: 9831526](1998)
entire granaticin gene cluster(gra cluster)の報告。

ORF6: Keto reductase (KR)[PKS?]

actIII に似ている。
C-9 ketoreductionを調節するためORF5と共に機能するかもしれない。
または代替的に仕立て段階に関連するかもしれない。

--
[PMID: 1400167](1992)
actIII (ORF5)にframeshiftのあるmutant TK18は、graIII-ORF5-6、graIII-ORF5、actIII (ORF5)で相補されるが、graIII-ORF6で相補されない。
しかし、graIII-ORF5での相補より、graIII-ORF5-6での相補のほうが明らかに高いactinorhodin産生をもたらす。

actIII (ORF5)に釣られて（？）、この論文ではgra"III"-ORF5とされている。

--
[PMID: 11325954](2001)
actinorhodin生合成でC-3還元を調節するactVI-ORF1での変異を、gra-ORF5 and -ORF6で相補できる。

--
[PMID: 11707113](2001) abstract
gra-ORF6は3-(R)配置の共通中間体を得るために必須。
gra-ORF5 and gra-ORF6のセットであることが最も効率的。
Related Reference
ACC
Q65YY6
PmId
[15498668] Remarkably different structures and reaction mechanisms of ketoreductases for the opposite stereochemical control in the biosynthesis of BIQ antibiotics. (Bioorg Med Chem. , 2004)
comment
2nd(Q65YY6) 97%, 1e-132
Streptomyces violaceoruber_gra-orf6
Ketoreductase

S.coelicolor A3(2)でのactinorhodin生合成における3-ketoreductase=RED1→(S)-DNPA産生
S.violaceoruber Tu22でのdihydrogranaticin生合成における3-ketoreductase=RED2→(R)-DNPA産生

gra-ORF6の配列読み直しをしている。
160 SNGGHRAQT 168 → 160 SKAAIEHMT 168
これによりcatalytic triadの保存が確認された。
Conflict
Sequence
SNGGHRAQT (160..168)
Comment
conflict with Q65YY6 (SKAAIEHMT)

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selected fasta
>C-3 ketoreductase
MATDAPEAPVALVTGSSSGIGQTVAQRLAAEGYRVVVNSARSVEDGEKTAAALPDALYVR
ADVSEEADARRLVDTAVEHYGRLDVLVNNAGRTRAIPHADLAAATPEVWREILGLNVIGT
WQTTVAAMPHLARSGNGSVVNVSSIAGSRPAGSSIPYAVSNGGHRAQTRLLANTVGPAVR
VNAVAPGLIETPWTQNSDFFAPIAEHVRQTTPLRRTGRPEDVAEAVLGLVRATYTTGQVL
LVDGGAHLL
selected fasta
>C-3 ketoreductase
ATGGCCACCGACGCGCCCGAGGCGCCTGTCGCCCTGGTCACCGGTTCCTCCTCCGGCATC
GGGCAGACCGTCGCCCAGCGGCTGGCCGCCGAGGGGTACCGGGTGGTCGTCAACTCGGCC
CGCTCCGTGGAGGACGGCGAGAAGACGGCCGCCGCACTGCCCGACGCGCTCTACGTCCGG
GCGGACGTCTCCGAGGAGGCGGACGCCCGCCGTCTGGTGGACACCGCCGTGGAGCACTAC
GGCCGACTGGACGTCCTCGTCAACAACGCCGGCCGGACCCGCGCCATCCCGCACGCCGAC
CTGGCGGCCGCCACCCCCGAGGTGTGGCGGGAGATCCTCGGTCTGAACGTCATCGGCACC
TGGCAGACCACCGTCGCCGCGATGCCTCACCTCGCCCGCTCGGGGAACGGCTCCGTCGTC
AACGTGTCGTCGATCGCGGGGAGCCGCCCGGCCGGCAGCTCGATCCCTTACGCGGTGAGC
AATGGCGGCCATCGAGCACAGACTCGGCTCCTCGCCAACACGGTGGGTCCGGCTGTGCGC
GTCAACGCGGTCGCGCCGGGGCTGATCGAGACGCCGTGGACGCAGAACAGCGACTTCTTC
GCACCGATCGCCGAGCACGTGCGGCAGACGACGCCACTGCGCCGGACAGGCAGGCCGGAA
GACGTCGCGGAAGCCGTCCTCGGGCTGGTCCGCGCCACGTACACCACCGGGCAGGTCCTG
CTCGTGGACGGCGGCGCCCACCTCCTCTGA

close this sectionFeature

BLASTP
Database:UniProtKB:2011_09 		show BLAST table
InterPro
Database:interpro:38.0
IPR002198 Short-chain dehydrogenase/reductase SDR (Family)
[10-172] 1.2e-29 PF00106
PF00106   adh_short
[81-92] 1.49999977583352e-07 PR00080 [137-145] 1.49999977583352e-07 PR00080 [157-176] 1.49999977583352e-07 PR00080
PR00080   SDRFAMILY
IPR002347 Glucose/ribitol dehydrogenase (Family)
[10-27] 4.30000170645869e-37 PR00081 [81-92] 4.30000170645869e-37 PR00081 [131-147] 4.30000170645869e-37 PR00081 [157-176] 4.30000170645869e-37 PR00081 [177-194] 4.30000170645869e-37 PR00081 [212-232] 4.30000170645869e-37 PR00081
PR00081   GDHRDH
IPR016040 NAD(P)-binding domain (Domain)
[9-248] 5.40000000000002e-73 G3DSA:3.40.50.720
G3DSA:3.40.50.720   NAD(P)-bd
SignalP
[1-29] 0.274 Signal
Bacteria, Gram-positive   
TMHMM No significant hit
Grana_00230 Grana_00230   Grana_00250 Grana_00250
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