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Griseo_00260 : CDS information

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Organism
StrainJP95
Entry nameGriseorhodin A
Contig
Start / Stop / Direction29,428 / 29,799 / + [in whole cluster]
29,428 / 29,799 / + [in contig]
Location29428..29799 [in whole cluster]
29428..29799 [in contig]
TypeCDS
Length372 bp (123 aa)
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Category3.4 other modification
Productputative cyclase
Product (GenBank)putative cyclase GrhQ
GenegrhQ
Gene (GenBank)grhRQ
EC number
Keyword
  • pentangular
Note
Note (GenBank)
Reference
ACC
PmId
[12323376] A gene cluster from a marine Streptomyces encoding the biosynthesis of the aromatic spiroketal polyketide griseorhodin A. (Chem Biol. , 2002)
comment
griseorhodin A生合成gene clusterのクローニング、シークエンス、異種性発現。

GrhQ: CYC

配列解析のみ。
TcmI, JadI などangucycline cyclasesに似ている。

---
http://hss.ulb.uni-bonn.de/2012/2790/2790.htm
"Investigations on the early biosynthetic steps of griseorhodin A" (学位論文)

grhA, grhB, grhC, grhE, grhT, grhQをクローニングして、S.albusでの異種性発現に利用しているが、うまくいっていない。

grh cluster内cyclases GrhT or GrhQのdeletionは生合成を廃止し、polyketidesは検出されなかった。
ΔgrhH-P mutantでは早期中間体形成が見られたが、ΔgrhH-Q mutantではgriseorhodin A生合成がなかった。

これらの結果から、griseorhodin A生合成における早期のpolyketide組み立てには多酵素複合体形成が必要であると述べている。
Related Reference
ACC
P39890
PmId
[8218177] ( , )
comment
Blast 12th, id54%, 5e-27
Streptomyces glaucescens_tcmI
Tetracenomycin polyketide synthesis protein tcmI

abstract:
Tetracenomycin (Tcm) F2 cyclaseはtcmI にコードされる。
gel-filtration chromatographyより、溶液中でhomotrimer形成と判明。

pH8.0以上で、TcmI はanthrone Tcm F2 → naphthacenone Tcm F1への環化を触媒。
これは4つある環の最後の1つのみの環化。
Km of 121 +/- 18.2 microM and Vmax of 704 +/- 62.3 nmol.min-1.mg-1

pH6.5以下では、Tcm F2 → 9-decarboxy Tcm F1(Tcm-C生合成経路のshunt産物)への環化を触媒。

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selected fasta
>putative cyclase [putative cyclase GrhQ]
MHRTLIVARMNLADAECVGKVFADSDSTDLPHMVGVSRRTLFAFHDLYFHLVEAEQDISP
NLYKARSHPLYNDVNTRLQEFISPYDPDWREPRDAMAVPFYSWTPESGPVITRPAAPNLG
GGR
selected fasta
>putative cyclase [putative cyclase GrhQ]
GTGCACCGCACCCTGATCGTGGCCAGGATGAACCTGGCGGACGCCGAATGCGTCGGCAAG
GTCTTCGCCGACTCGGACAGCACCGACCTGCCGCACATGGTGGGCGTCTCCCGGCGGACG
CTGTTCGCCTTCCACGACCTGTACTTCCACCTCGTCGAGGCGGAGCAGGACATCAGCCCG
AACCTCTACAAGGCCCGCAGCCACCCGCTGTACAACGACGTCAACACCCGGCTGCAGGAG
TTCATCTCCCCCTACGACCCGGACTGGCGCGAGCCGCGCGACGCGATGGCCGTCCCGTTC
TACTCGTGGACTCCGGAGAGCGGTCCCGTCATCACCCGGCCGGCCGCCCCGAACCTGGGC
GGTGGCCGATGA

close this sectionFeature

BLASTP
Database:UniProtKB:2011_09 		show BLAST table
InterPro
Database:interpro:38.0
IPR006765 Polyketide synthesis cyclase (Family)
[2-103] PD012644
PD012644   Polyketide_synth_cyclase
[1-106] 4.39999999999997e-48 G3DSA:3.30.70.1090
G3DSA:3.30.70.1090   Cyclase_polyket
[10-104] 1.6e-40 PF04673
PF04673   Cyclase_polyket
IPR011008 Dimeric alpha-beta barrel (Domain)
[1-106] 8.00002659346736e-45 SSF54909
SSF54909   Dimer_A_B_barrel
SignalP
[1-23] 0.234 Signal
Bacteria, Gram-positive   
[1-23] 0.202 Signal
Eukaryota   
TMHMM No significant hit
Griseo_00250 Griseo_00250   Griseo_00270 Griseo_00270
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