Griseo_00300 Griseo_00300   Griseo_00320 Griseo_00320

Griseo_00310 : CDS information

close this sectionLocation

Organism
StrainJP95
Entry nameGriseorhodin A
Contig
Start / Stop / Direction34,070 / 34,819 / + [in whole cluster]
34,070 / 34,819 / + [in contig]
Location34070..34819 [in whole cluster]
34070..34819 [in contig]
TypeCDS
Length750 bp (249 aa)
Click on the icon to see Genetic map.

close this sectionAnnotation

Category3.3 modification reduction
Productputative ketoreductase
Product (GenBank)putative 3-oxoacyl-ACP reductase GrhO10
Gene
Gene (GenBank)grhO10
EC number
Keyword
Note
Note (GenBank)
Reference
ACC
PmId
[12323376] A gene cluster from a marine Streptomyces encoding the biosynthesis of the aromatic spiroketal polyketide griseorhodin A. (Chem Biol. , 2002)
comment
griseorhodin A生合成gene clusterのクローニング、シークエンス、異種性発現。

GrhO10: 3-oxoacyl-ACP reductase

配列解析のみ。
short chain dehydrogenase/reductase (SDR) familyのタンパクに似ている。
環化に先立つC-19 ketoreductionに関与するかもしれない。
Related Reference
ACC
B1GSM5
NITE
Bena_00150
PmId
[17625850] Biosynthesis of pentangular polyphenols: deductions from the benastatin and griseorhodin pathways. (J Am Chem Soc. , 2007)
comment
Blast 5th, id58%, 2e-73
Streptomyces sp. A2991200_benL
BenL protein
[DoBISCUIT]C-6 ketoreductase

benL不活化は6-hydroxy benastatin and bequinostatin derivativesなどを形成。
これら産物はすべてD-ring構造をエノール化しているので、BenLは明らかにKRとして機能する。
相補により、比率は異なるがwildの産物特性を回復する。

以上から、BenLがpentangular pathwaysでC-19 KRとして機能すると述べている。
この論文でのC-19というpositionは修飾前の線状polyketideでの位置。
提唱経路では、keto基還元は環化後に起こるとされている。
環化後のpositionだとC-6に相当する。

また芳香族polyketides生合成に関連するKRsの系統解析も実施。
GrhO10, GrhTはBenLと同じ群であることが示されている。

close this sectionSequence

selected fasta
>putative ketoreductase [putative 3-oxoacyl-ACP reductase GrhO10]
MELGLQGKKLLVTGGSRGIGRGVVLAAARAGADVLTCYVNDSEHVESLRRELKALGGDHE
VVRADVGDLDQVDALVGWARERYGKLDGIVNNAGVISHIPFAELAPDEWSRVLDTNLTAA
YRVIQQSLPLLGSGASVVNIGSRGAAAGIPLRAHYTAAKAAMIGLTRSLAKELGGKGIRV
NVVAPGVIETEAFDTMPAERAEGLRAMYAQKTALARLGRVDELAAPVLFLLSDLAAYVTG
ETLNVDGGI
selected fasta
>putative ketoreductase [putative 3-oxoacyl-ACP reductase GrhO10]
GTGGAACTCGGACTGCAGGGAAAGAAGCTTCTGGTCACCGGGGGCTCCCGGGGCATCGGA
CGCGGCGTCGTGCTCGCCGCCGCCCGCGCCGGAGCCGACGTACTGACCTGCTACGTGAAC
GACAGCGAGCACGTCGAGAGCCTTCGCCGGGAGCTGAAGGCGCTCGGCGGCGACCACGAG
GTCGTCCGGGCGGACGTGGGCGACCTGGACCAGGTCGACGCCCTGGTCGGGTGGGCCAGG
GAGAGGTACGGCAAGCTCGACGGCATCGTCAACAACGCGGGCGTCATCAGCCACATACCG
TTCGCCGAGCTCGCCCCCGACGAGTGGTCGCGCGTCCTGGACACCAACCTGACGGCCGCC
TACCGCGTCATCCAGCAGTCGCTGCCGCTGCTCGGGTCCGGCGCCTCCGTCGTCAACATC
GGTTCGCGCGGGGCCGCGGCCGGCATTCCGCTGCGCGCCCACTACACCGCCGCCAAGGCG
GCCATGATCGGCCTGACCCGCTCGCTCGCCAAGGAGCTGGGCGGCAAGGGGATCCGGGTC
AACGTGGTCGCCCCGGGCGTCATCGAAACCGAGGCGTTCGACACGATGCCCGCCGAGCGC
GCGGAGGGGCTGCGGGCGATGTACGCGCAGAAGACCGCCCTGGCGCGGCTGGGCCGGGTC
GACGAGCTGGCCGCGCCGGTCCTGTTCCTGCTCAGCGACCTCGCGGCGTACGTCACGGGC
GAGACCCTCAACGTGGACGGGGGCATCTGA

close this sectionFeature

BLASTP
Database:UniProtKB:2011_09 		show BLAST table
InterPro
Database:interpro:38.0
IPR002198 Short-chain dehydrogenase/reductase SDR (Family)
[10-173] 1.70000000000001e-37 PF00106
PF00106   adh_short
[84-95] 2.09999806691534e-11 PR00080 [135-143] 2.09999806691534e-11 PR00080 [155-174] 2.09999806691534e-11 PR00080
PR00080   SDRFAMILY
IPR002347 Glucose/ribitol dehydrogenase (Family)
[9-26] 6.00001679190159e-37 PR00081 [84-95] 6.00001679190159e-37 PR00081 [129-145] 6.00001679190159e-37 PR00081 [155-174] 6.00001679190159e-37 PR00081 [176-193] 6.00001679190159e-37 PR00081 [213-233] 6.00001679190159e-37 PR00081
PR00081   GDHRDH
IPR016040 NAD(P)-binding domain (Domain)
[3-248] 6.99999999999989e-82 G3DSA:3.40.50.720
G3DSA:3.40.50.720   NAD(P)-bd
IPR020904 Short-chain dehydrogenase/reductase, conserved site (Conserved_site)
[142-170] PS00061
PS00061   ADH_SHORT
SignalP
[1-32] 0.344 Signal
Bacteria, Gram-positive   
TMHMM No significant hit
Griseo_00300 Griseo_00300   Griseo_00320 Griseo_00320
Page top