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Jado_00070 : CDS information

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Organism
StrainISP5230 (=NBRC 13096)
Entry nameJadomycin B
Contig
Start / Stop / Direction8,268 / 8,597 / + [in whole cluster]
2,020 / 2,349 / + [in contig]
Location8268..8597 [in whole cluster]
2020..2349 [in contig]
TypeCDS
Length330 bp (109 aa)
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Category3.4 other modification
Productputative cyclase
Product (GenBank)jadomycin polyketide synthase cyclase
Gene
Gene (GenBank)jadI
EC number
Keyword
  • angucycline
Note
Note (GenBank)
  • JadI
Reference
ACC
PmId
[11520231] Production of aromatic minimal polyketides by the daunorubicin polyketide synthase genes reveals the incompatibility of the heterologous DpsY and JadI cyclases. (J Nat Prod. , 2001)
comment
[PMIDなし]Functional Characterization of the jadI Gene As a Cyclase Forming Angucyclinones. J. Am. Chem. Soc., 1999; 121, 1786-1794

jad genes + jadI があるときのみangucyclinones(UWM6, rabelomycin)が形成された。
tcm genes + jadI ではできない。

--
[PMID: 11520231](2001)
jadomycinと同様に9-keto還元されたpolyketideから合成されるDNRのcyclase DpsYとと比較検討。
tcmI のときと同様の結果。

--
どちらの論文でも提唱経路でJadI に割り当てられているのは、3rd+4th ring形成と、UWM6の4a-dehydrationだが、後の報告で4a-dehydrationはJadHが担うことがわかっている。
Related Reference
ACC
Q93LY5
PmId
[12654660] Engineering anthracycline biosynthesis toward angucyclines. (Antimicrob Agents Chemother. , 2003)
comment
Blast 12th, id79%, 2e-44
Streptomyces sp. PGA64_pgaF
Polyketide cyclase PgaF

anthracyclineであるnogalamycinの早期生合成遺伝子を含んだgene cassetteへpgaFを追加すると、angucyclinone代謝産物(rabelomycinとその前駆体UWM6)をもたらす。
aclacinomycin生合成での珍しいpropionate starter unitを特定するaknE2 and aknFを使ったcassetteでも新規angucyclinone MM2002が形成されることから、PgaFは基質柔軟性がある。

この論文でのpgaF追加の結果と違ってangucyclineが作れなかったjadI での論文結果も考察しており、tcmJが含まれていることが影響しているのではないかと言っている。

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selected fasta
>putative cyclase [jadomycin polyketide synthase cyclase]
MHSTLIVARMEPGSSTDVAKLFAEFDASEMPHLMGTRRRQLFSYRGLYFHLQDFDADNGG
ELIERAKTDPRFVGISEDLKPFIEAYDPATWRSPADAMATRFYNWEANA
selected fasta
>putative cyclase [jadomycin polyketide synthase cyclase]
ATGCACAGCACTCTGATCGTGGCCCGAATGGAACCCGGATCGAGCACCGACGTGGCGAAG
CTGTTCGCCGAATTCGACGCCTCCGAGATGCCGCATCTCATGGGGACGCGACGCCGTCAG
CTGTTCTCGTACCGCGGCCTCTACTTCCACCTCCAGGACTTCGACGCCGACAACGGCGGC
GAGCTCATCGAGCGGGCCAAGACCGACCCCCGCTTCGTGGGCATCAGCGAGGACCTGAAG
CCGTTCATCGAGGCCTACGACCCGGCCACCTGGCGCTCGCCCGCCGACGCCATGGCCACC
CGCTTCTACAACTGGGAGGCGAACGCGTGA

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BLASTP
Database:UniProtKB:2011_09 		show BLAST table
InterPro
Database:interpro:38.0
IPR006765 Polyketide synthesis cyclase (Family)
[1-108] 7.1e-50 G3DSA:3.30.70.1090
G3DSA:3.30.70.1090   no description
[2-107] 3e-58 PD012644
PD012644   Q9XCV6_9ACTO_Q9XCV6;
[10-107] 3.9e-43 PF04673
PF04673   Cyclase_polyket
IPR011008 Dimeric alpha-beta barrel (Domain)
[1-108] 3e-46 SSF54909
SSF54909   Dimeric alpha+beta barrel
SignalP No significant hit
TMHMM No significant hit
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