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Kirro_00380 : CDS information

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Organism
StrainTü365
Entry nameKirromycin
Contig
Start / Stop / Direction97,618 / 96,872 / - [in whole cluster]
97,618 / 96,872 / - [in contig]
Locationcomplement(96872..97618) [in whole cluster]
complement(96872..97618) [in contig]
TypeCDS
Length747 bp (248 aa)
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Category4.3 transport
Productputative drug resistance transporter(fragment)
Product (GenBank)putative major facilitator family transporter
Gene
Gene (GenBank)kirTII
EC number
Keyword
Note
Note (GenBank)
Reference
ACC
PmId
[18291322] Molecular analysis of the kirromycin biosynthetic gene cluster revealed beta-alanine as precursor of the pyridone moiety. (Chem Biol. , 2008)
comment
kirromycin生合成gene clusterの報告。

相同性から機能付けされているのみ。
Related Reference
ACC
P46105
NITE
Actino_00140
PmId
[1878971] The act cluster contains regulatory and antibiotic export genes, direct targets for translational control by the bldA tRNA gene of Streptomyces. (Cell. , 1991)
[8636024] Production of actinorhodin-related "blue pigments" by Streptomyces coelicolor A3(2). (J Bacteriol. , 1996)
[17644591] Investigation of transcription repression and small-molecule responsiveness by TetR-like transcription factors using a heterologous Escherichia coli-based assay. (J Bacteriol. , 2007)
[17338074] Initiation of actinorhodin export in Streptomyces coelicolor. (Mol Microbiol. , 2007)
comment
ACT22_STRCO
Streptomyces coelicolor_actII-ORF2
drug resistance transporter

[PMID: 1878971](1991)
actinorhodin biosynthetic gene clusterのactII領域の解析論文。

ActII-ORF2は、排出によって抵抗性を与える膜貫通タンパクに似ている。
TMSs=13

actII-ORF1, actII-ORF2, or actII-ORF3の破壊はactinorhodin生合成を妨げない。
actII-ORF2/ORF3 mutationsは（たぶん酸性型の）抗生物質を細胞内に蓄積し、抗生物質排出が妨げられている。
確認しているのは青色色素として。

--
[PMID: 8636024](1996)
double actII-ORF2/3 mutantはactinorhodin関連物質の細胞外排出が阻害される。
actII-ORF3 mutantは細胞外排出を阻害しないので、actII-ORF2が細胞外排出に不可欠。

actVA-ORF1 and actII-ORF2によってコードされるputative membrane proteinsはどちらも単独では青色色素排出できないので、これらは排出複合体の一部を形成するかもしれない。

--
[PMID: 17644591](2007)
E.coli-based biosensorsを開発し、DNAと小分子リガンドとの相互作用の調査に使用。
ActRはactII-ORF2(actA)の発現を抑制する。
actII-ORF2(actA)のオペレーター_OactはActRと特異的に結合。
ActRはactinorhodinと関連分子と相互作用する。

--
[PMID: 17338074](2007)
tetAを抑制するTetRのように、ActRはactAのrepressorである。
actinorhodin生合成経路の中間体である(S)-DNPAと、中間体dihydrokalafunginに関連した分子kalafunginが、特に強力なActR ligandsであり、ActRによる抑制を軽減する。

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selected fasta
>putative drug resistance transporter(fragment) [putative major facilitator family transporter]
MSEEAKSTTAEAALGPPVAADGPDPKRWLALIVLLAATFMDLLDVNIVTVAIPSVQKDLG
ASSAAVQALNVGYTLSFAVTLITGGRLGDIFGRKRAFLIGVAGFVVASALCAFAPSAEVL
VTSRVLQGMAAAIMVPQVLAVIYVTFPAEEIGRVVSLYASMIGLAIVAGPLLGGVLISWD
PGGLGWRTVFLVNLPFGVAALIAGALWMRESKSPRATRLDLVGMVLVTTGLLLLLLPLLR
GRELGWPA
selected fasta
>putative drug resistance transporter(fragment) [putative major facilitator family transporter]
ATGAGCGAGGAAGCGAAGTCGACGACGGCGGAAGCGGCTCTCGGACCGCCCGTCGCCGCC
GACGGCCCGGACCCCAAGCGCTGGTTGGCGCTGATCGTCCTGCTTGCCGCGACCTTCATG
GACCTGCTCGACGTCAACATCGTCACCGTGGCGATCCCGAGCGTTCAGAAGGACCTCGGC
GCCTCCTCGGCCGCCGTCCAGGCGCTGAACGTCGGTTACACCCTGTCCTTCGCGGTCACA
CTGATCACCGGCGGCCGGCTCGGCGACATCTTCGGCCGCAAACGGGCCTTCCTGATCGGC
GTCGCCGGCTTCGTCGTGGCGTCGGCCCTGTGTGCCTTCGCCCCCAGCGCCGAAGTCCTG
GTGACGTCCCGGGTGCTGCAGGGCATGGCCGCCGCCATCATGGTGCCGCAGGTCCTGGCG
GTCATCTACGTGACCTTTCCGGCGGAGGAGATCGGCCGGGTCGTGAGTCTGTACGCCAGC
ATGATCGGCCTGGCCATCGTCGCCGGACCGCTGCTGGGCGGCGTGCTGATCTCCTGGGAC
CCGGGCGGCCTGGGCTGGCGGACCGTCTTCTTGGTCAACCTGCCGTTCGGCGTGGCCGCC
CTGATCGCCGGCGCGCTGTGGATGCGCGAGTCGAAGTCGCCCCGCGCCACCCGGCTGGAC
CTGGTCGGCATGGTGCTGGTGACCACCGGCCTGCTGTTGCTGCTGCTGCCCCTGCTGCGC
GGCCGCGAACTCGGCTGGCCCGCCTGA

close this sectionFeature

BLASTP
Database:UniProtKB:2011_09 		show BLAST table
InterPro
Database:interpro:38.0
IPR001958 Tetracycline resistance protein, TetA/multidrug resistance protein MdtG (Family)
[40-56] 2.90000036269908e-05 PR01035 [97-121] 2.90000036269908e-05 PR01035 [155-177] 2.90000036269908e-05 PR01035
PR01035   TCRTETA
IPR011701 Major facilitator superfamily (Family)
[34-217] 5.10000000000004e-35 PF07690
PF07690   MFS_1
IPR016196 Major facilitator superfamily domain, general substrate transporter (Domain)
[1-214] 3.49999466863949e-51 SSF103473
SSF103473   MFS_gen_substrate_transporter
IPR020846 Major facilitator superfamily domain (Domain)
[30-248] PS50850
PS50850   MFS
SignalP
[1-40] 0.22 Signal
Eukaryota   
TMHMM
[31-53] Transmembrane (i-o) [63-85] Transmembrane (o-i) [98-120] Transmembrane (i-o) [125-147] Transmembrane (o-i) [154-176] Transmembrane (i-o) [186-208] Transmembrane (o-i) [221-239] Transmembrane (i-o)
Transmembrane 7   
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