Medem_00150 : CDS information

Location

Organism	Streptomyces sp.
Strain	AM-7161
Entry name	Medermycin
Contig	AB103463
Start / Stop / Direction	13,942 / 14,898 / + [in whole cluster] 13,942 / 14,898 / + [in contig]
Location	13942..14898 [in whole cluster] 13942..14898 [in contig]
Type	CDS
Length	957 bp (318 aa)

Annotation

Category	3.4 other modification
Product	putative cyclase/dehydratase
Product (GenBank)	first ring aromatase (ARO)
Gene
Gene (GenBank)	med-ORF19
EC number
Keyword	1st ring
Note
Note (GenBank)
Reference	ACC Q7WT27 PmId [12855716] Cloning, sequencing and heterologous expression of the medermycin biosynthetic gene cluster of Streptomyces sp. AM-7161: towards comparative analysis of the benzoisochromanequinone gene clusters. (Microbiology. , 2003) comment entire medermycin(med) biosynthetic gene clusterの報告。 Streptomyces coelicolor CH999でmed clusterを発現してmedermycin産生を確認している。 ORF19: First ring aromatase(ARO) 配列解析のみ。actVII homolog. KS, CLPとは離れて位置しているACPの近くにある。
Related Reference	ACC Q54221 NITE Griseu_00050 PmId [8169211] Cloning, sequencing, and analysis of the griseusin polyketide synthase gene cluster from Streptomyces griseus. (J Bacteriol. , 1994) [9195917] Domain analysis of the molecular recognition features of aromatic polyketide synthase subunits. (J Biol Chem. , 1997) [10467128] Heterologous expression, purification, reconstitution and kinetic analysis of an extended type II polyketide synthase. (Chem Biol. , 1999) comment Blast 4th, id58%, 2e-99 Streptomyces griseus Putative cyclase/dehydrase --- [PMID:8169211](1994) griseusin PKS gene clusterの報告。 ORF4 for a cyclase-dehydrase actVII領域との比較によりcyclaseと推定される。 act PKS genesに対応しているORF1-ORF4までの5ORFsを2回組み換えしてermEにすると、griseucinA, Bを産生しない。 -- [PMID:9195917](1997) TcmN-N末monodomain ARO/CYCとdidomain ARO/CYCsとの組み合わせで産物解析。 monodomain ARO/CYCsは配列はとても似ているのに、didomain ARO/CYCsのN末domainの代わりをできない。 didomain actinorhodin or griseusin ARO/CYCは、N末domainもC末domainも、それぞれ単独発現ではaromatase活性がない。 gris ARO/CYCのC末domainはaromtase活性がない状況で発現されたときtetracenomycin (tcm) minimal PKSの鎖長特異性を変調し、予想された20C産物に加えて、新規の18C産物の形成を導いた。 -- [PMID: 10467128](1999) abstract act minimal PKS + act KR + gris ARO/CYCで構成された拡張PKSが、act minimal PKS + act KR または act minimal PKSのみより高い代謝回転数を持つことが明らかになった。
Related Reference	ACC Q56167 NITE Jado_00120 PmId [7881555] Cloning and characterization of polyketide synthase genes for jadomycin B biosynthesis in Streptomyces venezuelae ISP5230. (Microbiology. , 1994) [9224566] Iterative type II polyketide synthases, cyclases and ketoreductases exhibit context-dependent behavior in the biosynthesis of linear and angular decapolyketides. (Chem Biol. , 1997) comment Blast 26th, id53%, 6e-81 Streptomyces venezuelae_ORF4(jadD) Bifunctional cyclase/dehydrase --- [PMID:7881555](1994) ORF4は配列解析からbifunctional cyclase/dehydraseであると提唱されている。 ORF2-ORF4領域を含んだplasmidの染色体DNAへの組み込みは、jadomycin B産生を激しく抑制したが、成長や胞子色素沈着には影響なし。 -- [PMID: 9224566](1997) minimal PKS + KR + CYCをjadomycin, daunorubicin, tetracenomycinのgenesで構成し、そのplasmid発現株での産物を解析。 JadD, DpsFの両cyclasesはC-9で還元された10-ketidesの位置特異的なfirst-ring cyclase/dehydrasesであることが示された。

Sequence

>putative cyclase/dehydratase [first ring aromatase (ARO)]
MTQPTPRETAHEITVRATAERLYELIADVGGWPSIFPPSVHADHLERGDKEERIRLWATV
DGQVKHWTSRRTLDRAGLRVDFRQEVPSPPMAAMGGAWIIEPTGPGECRVRLLHDFRAVG
DDPGTLDWIDRAVDANSRSELAALKRHAERGADGPGEGDTFLTFEDTVRLEGHVKDVYDF
IDQAQHWADRLPHVTSVNLRDAGPGRQILAMDTLTKDGSPHTTESVRVCVPYERIVYKQT
TLPPLMALHTGEWSFAEDGAGATVVTSRHTAVVEPAAVTRVLGETADLPAARRYLREALG
ANSLATLRHAGEYAAARR

>putative cyclase/dehydratase [first ring aromatase (ARO)]
ATGACCCAGCCCACCCCACGGGAGACCGCCCACGAGATCACCGTCCGCGCGACGGCCGAG
CGGCTCTACGAACTGATCGCCGACGTCGGCGGCTGGCCCTCGATCTTCCCGCCCTCGGTC
CACGCCGACCACCTGGAGCGCGGCGACAAGGAGGAGCGCATCCGGCTCTGGGCCACCGTC
GACGGGCAGGTCAAGCACTGGACGTCCCGGCGCACCCTGGACCGCGCAGGACTCCGCGTC
GACTTCCGGCAGGAGGTGCCGAGTCCGCCGATGGCCGCGATGGGCGGTGCCTGGATCATC
GAACCCACGGGACCGGGGGAGTGCCGCGTACGGCTGCTGCACGACTTCCGGGCCGTCGGC
GACGACCCCGGGACCCTCGACTGGATCGACCGCGCCGTGGACGCCAACAGCCGGTCGGAG
CTCGCCGCCCTCAAGCGCCACGCCGAACGCGGCGCCGACGGCCCGGGCGAGGGCGACACC
TTCCTCACCTTCGAGGACACCGTCCGCCTCGAAGGCCACGTCAAGGACGTCTACGACTTC
ATCGACCAGGCCCAGCACTGGGCCGACCGCCTGCCCCACGTCACGTCCGTGAACCTGCGG
GACGCCGGCCCCGGCCGTCAGATCCTGGCCATGGACACGCTCACCAAGGACGGCAGCCCG
CACACCACCGAGTCGGTGCGCGTCTGCGTCCCGTACGAGCGGATCGTCTACAAGCAGACC
ACCCTGCCCCCGCTGATGGCCCTGCACACCGGCGAGTGGAGCTTCGCGGAGGACGGCGCC
GGCGCCACCGTCGTCACCTCGCGCCACACCGCCGTGGTCGAGCCCGCCGCCGTCACCCGG
GTCCTCGGCGAGACCGCCGACCTGCCGGCGGCGCGTCGCTACCTCCGCGAGGCGCTGGGT
GCGAACAGCCTGGCCACGCTGAGGCACGCCGGAGAGTACGCCGCGGCCCGCCGCTGA

Feature

BLASTP Database:UniProtKB:2011_09	show BLAST table
InterPro Database:interpro:38.0	IPR019587 Polyketide cyclase/dehydrase (Family) PF10604 Polyketide_cyc2 IPR023393 START-like domain (Domain) G3DSA:3.30.530.20 G3DSA:3.30.530.20
SignalP	Bacteria, Gram-negative Eukaryota
TMHMM	No significant hit

Medem_00140 Medem_00160