Ncarz_00370 Ncarz_00370   Ncarz_00390 Ncarz_00390

Ncarz_00380 : CDS information

close this sectionLocation

Organism
StrainATCC 15944
Entry nameNeocarzinostatin
Contig
Start / Stop / Direction64,068 / 63,625 / - [in whole cluster]
64,068 / 63,625 / - [in contig]
Locationcomplement(63625..64068) [in whole cluster]
complement(63625..64068) [in contig]
TypeCDS
Length444 bp (147 aa)
Click on the icon to see Genetic map.

close this sectionAnnotation

Category4.1 transcriptional regulator
Productputative HxlR family transcriptional regulator
Product (GenBank)unknown
GenencsE1
Gene (GenBank)
EC number
Keyword
Note
Note (GenBank)
Reference
ACC
PmId
[15797213] The neocarzinostatin biosynthetic gene cluster from Streptomyces carzinostaticus ATCC 15944 involving two iterative type I polyketide synthases. (Chem Biol. , 2005)
comment
Neocarzinostatin生合成遺伝子クラスターの報告。

ncsE1: transcription regulator

ncsE-ncsE11とncsF1-ncsF2が、NCS enediyne core biosynthesisに関与するとしている。

このORFについて機能解析されていない。
Related Reference
ACC
Q8GMD6
NITE
C1027_00570
PmId
[21250756] Improvement of the enediyne antitumor antibiotic C-1027 production by manipulating its biosynthetic pathway regulation in Streptomyces globisporus. (J Nat Prod. , 2011)
comment
Streptomyces globisporus
Putative uncharacterized protein

[PMID:21250756]
SgcR, SgcEの機能解析

putative DNA-binding proteinsと推定されるsgcE1,sgcRの不活性化株作製、sgcE1はC-1027の生合成に影響を与えなかったがsgcR不活性化株はC- 1027とheptaeneのtitersが著しく増加した。S.globisporus wild-typeとsgcRの不活性化株間でassayに変化は見られないことから、SgcE1はC-1027 biosynthesisに必須ではないことを示した。enediyne core biosynthesis geneだけでなくregulatory geneでもないことを示した。sgcE1の機能は明らかになっていない。
ACC
P42406
PmId
[10572115] Bacillus subtilis yckG and yckF encode two key enzymes of the ribulose monophosphate pathway used by methylotrophs, and yckH is required for their expression. (J Bacteriol. , 1999)
[15978081] HxlR, a member of the DUF24 protein family, is a DNA-binding protein that acts as a positive regulator of the formaldehyde-inducible hxlAB operon in Bacillus subtilis. (Mol Microbiol. , 2005)
comment
Bacillus subtilis
HTH-type transcriptional activator HxlR _hxlR
BSU03470
Blast id31%, 2e-05

[PMID: 10572115]
破壊株の実験から、YckH(hxlR)は、3-hexulose-6-phosphate synthaseをコードするhxlA(yckG)と6-phospho-3-hexuloisomeraseをコードするhxlB(yckF)からなる hxlAB operonをpositiveに制御している転写因子ではないかとされている。
--
[PMID: 15978081]
HxlRのリコンビナントをE. coliを用いて作成し、HxlRがhxlAB operonの上流のDNA領域特異的に結合するDNA-binding proteinであることを示している。
Family/Domain
FD
IPR002577
comment
[IPR002577] Helix-turn-helix, HxlR type (Domain)

close this sectionSequence

selected fasta
>putative HxlR family transcriptional regulator [unknown]
MLKHTYEGQDCSLARALEVIGERWTLLIVRSALLGVRRFEGFLGSMDIARNVLANRLVRL
VDAGLMERVPYQWKPLRHEYVLTSAGHDLTRSVIALIQWGDRNVPARLGPPRRAEHRGCD
GSVSVELHCSRCGHEVGDEEVTMRRLR
selected fasta
>putative HxlR family transcriptional regulator [unknown]
ATGCTGAAGCACACGTACGAGGGGCAGGACTGTAGCCTGGCCCGTGCCCTTGAAGTCATC
GGTGAACGCTGGACACTGCTCATCGTCCGTTCGGCGCTGCTCGGTGTCCGCCGCTTCGAA
GGCTTCCTTGGCAGCATGGACATCGCCCGCAACGTTCTGGCGAACCGGCTGGTGCGACTG
GTTGACGCAGGCCTCATGGAGCGAGTTCCCTACCAGTGGAAACCCCTTCGTCACGAGTAC
GTGCTGACTTCCGCCGGACATGACCTCACGCGGTCGGTCATAGCGCTCATCCAGTGGGGC
GACCGGAACGTGCCCGCGCGCCTGGGGCCCCCGCGCAGGGCCGAGCACCGCGGGTGCGAC
GGATCCGTCTCCGTCGAGCTGCACTGTTCGCGCTGCGGTCACGAAGTCGGTGACGAGGAA
GTGACGATGCGACGCCTGCGGTGA

close this sectionFeature

BLASTP
Database:UniProtKB:2011_09 		show BLAST table
InterPro
Database:interpro:38.0
IPR002577 Helix-turn-helix, HxlR type (Domain)
[11-108] PS51118
PS51118   HTH_HXLR
[19-105] 1.9e-19 PF01638
PF01638   HxlR
IPR011991 Winged helix-turn-helix transcription repressor DNA-binding (Domain)
[10-99] 1.1e-06 G3DSA:1.10.10.10
G3DSA:1.10.10.10   Wing_hlx_DNA_bd
SignalP No significant hit
TMHMM No significant hit
Ncarz_00370 Ncarz_00370   Ncarz_00390 Ncarz_00390
Page top