Ncarz_00410 : CDS information

Location

Organism	Streptomyces carzinostaticus
Strain	ATCC 15944
Entry name	Neocarzinostatin
Contig	AY117439
Start / Stop / Direction	67,166 / 67,786 / + [in whole cluster] 67,166 / 67,786 / + [in contig]
Location	67166..67786 [in whole cluster] 67166..67786 [in contig]
Type	CDS
Length	621 bp (206 aa)

Annotation

Category	4.1 transcriptional regulator
Product	putative TetR family transcriptional regulator
Product (GenBank)	transcriptional regulator
Gene	ncsR3
Gene (GenBank)
EC number
Keyword
Note
Note (GenBank)
Reference	ACC Q84H98 PmId [15797213] The neocarzinostatin biosynthetic gene cluster from Streptomyces carzinostaticus ATCC 15944 involving two iterative type I polyketide synthases. (Chem Biol. , 2005) comment Neocarzinostatin生合成遺伝子クラスターの報告。 ncsR3: γ-Butyrolactone receptor protein このORFについて機能解析されていない。
Related Reference	ACC Q56153 NITE Jado_00040 PmId [7592375] Regulation of jadomycin B production in Streptomyces venezuelae ISP5230: involvement of a repressor gene, jadR2. (J Bacteriol. , 1995) [20562102] "Pseudo" gamma-butyrolactone receptors respond to antibiotic signals to coordinate antibiotic biosynthesis. (J Biol Chem. , 2010) [23832247] JadR and jadR2 act synergistically to repress jadomycin biosynthesis. (Sci China Life Sci. , 2013) comment BLAST id33% Streptomyces venezuelae_jadR2 JadR2 jadomycin生合成遺伝子 --- [PMID: 7592375](1995) jadR2の破壊や置換をすると、wildでjadomycin B産生に必要なストレス処理なしにjadomycin Bを産生できる。jadR2 破壊mutantsをストレス処理すると抗生物質過剰産生。よって、jadomycin B 生合成遺伝子の発現はjadR2によってnegativeに調節される。 --- [PMID: 20562102](2010) putative GBL receptor homologueであるJadR2のN末はregulatory domain、C末はDNA binding domin. JadR2はjadR1 promoterに結合する。 jadR2破壊mutantではストレス処理なしにjadJ, jadR1発現が見られ、jadR1発現が特に増加。 jadJはJadR1配下にあるので、JadR2はjadomycin産生のpositive regulatorをコードするjadR1のrepressorである。同じ株で産生されるchloramphenicolとjadomycinの量は相対的。 JadR2はchloramphenicolとjadomycinを結合でき、相互作用はjadR1の抑制解除を導く。 gamma-butyrolactone(GBL)を結合しないGBL receptor homologuesを"pseudo" GBL receptorと命名。 pseudo GBL receptorsは抗生物質シグナルへの結合と応答により抗生物質生合成を調和させる新しい役割をする。 --- [PMID: 23832247](2013) jadomycin biosynthetic gene clusterにある3つのcluster-situated regulators (CSRs)について、mutantsを作成し、転写解析をしている。 JadRは、既に報告のあるJadR2によるjadR1転写抑制とJadR1によるjadR1転写抑制に相乗的効果を与えた。また、JadR2 と JadRはお互いのpromoterへの直接結合により、相互に抑制した。結果からはJadR1によるjadR2の活性化も示されている。これまでの研究でjadR2のpromoterへのJadR1の直接結合は観察されていないので、この活性化は間接的であると推測した。

Sequence

>putative TetR family transcriptional regulator [transcriptional regulator]
MRQERAERTRAAAVRTTAAEIDLKGYDGTSLSAVSKIAGMSVGALTFHFPSKNDLANAVW
QAGQSLLREAVERVAANRTPPLLRVIELSLVIADLMEKETTVRAAIRLSRESHTPSHWSD
CWVPEVRRLLSEAHRGGQLSEDTPVEDLTVLVQYLVDGTEAYLRARRDTEQGYGSAAAQL
ERLWALVLTGVQDAGALGRNPPPARS

>putative TetR family transcriptional regulator [transcriptional regulator]
GTGAGACAAGAACGAGCTGAACGTACCCGTGCGGCCGCAGTGCGTACTACGGCCGCAGAG
ATCGACCTCAAGGGCTATGACGGTACGTCACTTTCAGCGGTCAGCAAGATCGCAGGCATG
TCCGTGGGGGCACTGACCTTTCACTTTCCCTCGAAGAACGACTTGGCAAACGCCGTCTGG
CAAGCGGGGCAGTCCCTACTGAGGGAGGCAGTGGAGCGTGTGGCGGCCAACCGGACACCT
CCGTTGCTGCGGGTGATCGAGCTCAGTCTGGTCATCGCGGACCTCATGGAGAAGGAGACC
ACCGTGCGTGCCGCCATCCGGCTGTCCCGGGAGTCGCATACCCCGTCCCACTGGTCGGAC
TGCTGGGTGCCGGAAGTACGGCGGCTGCTCAGCGAGGCCCACCGCGGGGGCCAGCTCAGC
GAAGACACACCGGTCGAGGACCTCACCGTCCTGGTGCAGTACCTGGTCGACGGCACCGAG
GCGTACCTCCGGGCCCGGCGCGACACGGAACAGGGGTACGGCAGCGCCGCGGCACAACTC
GAGCGCCTGTGGGCGTTGGTCCTGACAGGGGTGCAGGACGCGGGAGCACTTGGTAGGAAC
CCGCCGCCGGCCCGGTCCTGA

Feature

BLASTP Database:UniProtKB:2011_09	show BLAST table
InterPro Database:interpro:38.0	IPR001647 DNA-binding HTH domain, TetR-type (Domain) PF00440 TetR_N PS50977 HTH_TETR_2 IPR009057 Homeodomain-like (Domain) SSF46689 Homeodomain_like IPR011075 Tetracycline transcriptional regulator, TetR-related, C-terminal (Domain) SSF48498 TetR_like_C IPR015893 Tetracycline transcriptional regulator, TetR-like, C-terminal (Domain) G3DSA:1.10.357.10 TetR_C
SignalP	No significant hit
TMHMM	No significant hit

Ncarz_00400 Ncarz_00420