Nogl_00230 : CDS information

Location

Organism	Streptomyces nogalater
Strain	ATCC 27451 (=NBRC 13445)
Entry name	Nogalamycin
Contig	AF187532
Start / Stop / Direction	23,615 / 22,347 / - [in whole cluster] 10,978 / 9,710 / - [in contig]
Location	complement(22347..23615) [in whole cluster] complement(9710..10978) [in contig]
Type	CDS
Length	1,269 bp (422 aa)

Annotation

Category	2.3 modification addition of sugar moiety
Product	putative NDP-hexose C-3 C-methyltransferase
Product (GenBank)	SnoG
Gene	snogG2
Gene (GenBank)	snoG
EC number	2.1.1.-
Keyword	nogalose
Note
Note (GenBank)
Reference	ACC Q9RN56 PmId [11683270] The entire nogalamycin biosynthetic gene cluster of Streptomyces nogalater: characterization of a 20-kb DNA region and generation of hybrid structures. (Mol Genet Genomics. , 2001) comment S. nogalater genomic DNA fragmentの配列解析と、異種性発現による産物解析。 nogalamycin生合成に関する20ORFsが明らかになった。 snogG2: C-methyltransferase 以下に挙げるようなC-methyltransferasesに類似性あり。 MtmC, TylCIII, EryBIII はC-3がメチル化されたdeoxysugarであるmycarose合成、 NovUはC-5がメチル化されたdeoxysugarであるnoviose合成への関与が提唱されている。 EryBIII は実験あり。(でもEryBIII UniProt entry Q799I8は15aaのfragment) SnogG2はSAM-dependent methylTFのmotifを保存。よって、おそらくnogaloseのC-3をメチル化をする。
Related Reference	ACC Q194Q4 NITE Mith_00210 PmId [11254130] The mtmVUC genes of the mithramycin gene cluster in Streptomyces argillaceus are involved in the biosynthesis of the sugar moieties. (Mol Gen Genet. , 2001) [11853433] Ketopremithramycins and ketomithramycins, four new aureolic acid-type compounds obtained upon inactivation of two genes involved in the biosynthesis of the deoxysugar moieties of the antitumor drug mithramycin by Streptomyces argillaceus, reveal novel insights into post-PKS tailoring steps of the mithramycin biosynthetic pathway. (J Am Chem Soc. , 2002) [21960454] Investigating Mithramycin deoxysugar biosynthesis: enzymatic total synthesis of TDP-D-olivose. (Chembiochem. , 2011) [22997042] Cooperation of two bifunctional enzymes in the biosynthesis and attachment of deoxysugars of the antitumor antibiotic mithramycin. (Angew Chem Int Ed Engl. , 2012) comment BLAST id63% Streptomyces argillaceus_mtmC D-mycarose 3-C-methyltransferase AA配列はSAM-dependent C-methyltransferaseにしか似ていないのに4-ketoreductase活性もあることが確認されている。 --- [PMID:11254130](2001) Streptornyces argillaceus ATCC 12956 cosmid clone cosAR3から3852bpのDNA領域をシークエンスしたところ、mtmV, mtmU, mtmCの3ORFsが見つかった。 mtmCの推定産物 (1266bp, 421aa, Mr45796)は、配列解析からD-mycaroseに関与するC-3 methyltransferaseをコードすると想定された。 mtmC不活化mutant産物はどれもD-mycaroseを含まず機能提唱に一致するが、さらにlower saccharide鎖D-olivose部分のC-4でketo基を含んでいる。これがpolar effectsのせいではないことが確認されたため、mtmCは3-C-methyltransferase活性に加えて、D-olivose生合成でのC-4 keto基の還元を担うretoreductase活性をコードしうると示唆される。 --- [PMID:11853433](2002) mtmC and mtmTIII の役割を調査。 mtmCについては[PMID:11254130]と同じ実験内容。産物の構造解析がより詳細。 --- [PMID:21960454](2011) dTDP-D-olivoseの酵素的全合成。 recombinant protein MtmCを用いて、in vitroでの反応を見ている。 dTDP-4-keto-2,6-dideoxy-D-glucose (=dTDP-4-keto-D-olivose) + MtmC + NADPH からdTDP-D-olivoseの形成が確認された。よって、MtmCはD-mycarose生合成のためのC-methyltransferに加えて、D-olivose生合成のために必要な4-ketoreductionを実施できるbifunctional enzymeである。 --- [PMID:22997042](2012) MtmCの実験内容は[PMID:21960454]と同様。さらに、MtmGIV, MtmC, MtmTIII とcofactorを組み合わせて糖からの生成物を確認。MtmCは、dTDP-4-keto-D-olivoseから、その4-ketoreductase and C-methyltransferase活性を通してD-olivose and D-mycaroseの両方の平行した形成を供給できることが明らかに示された。
Related Reference	ACC P96561 NITE Chlor_00150 PmId [11035791] Deoxysugars in glycopeptide antibiotics: enzymatic synthesis of TDP-L-epivancosamine in chloroeremomycin biosynthesis. (Proc Natl Acad Sci U S A. , 2000) comment BLAST id39% Amycolatopsis orientalis PCZA361.22 ORF14(EvaC)に相当するentry. -- [PMID: 11035791](2000) EvaC(ORF14)を含むdTDP-L-epivancosamine合成に関連する5つのタンパクをE.coliで発現、精製。これらと基質を組み合わせて反応させ、産物のmass spectrometry and NMRによって各酵素活性、dTDP-L-epivancosamine生合成経路を同定している。 EvaC(ORF14)は、dTDP-3-amino-2,3,6-trideoxy-D-threo-hexopyranos-4-uloseのC-3にequatorialなmethyl基を形成する。 C-3 methyl基をaxialにするのは、この後の反応が関連している。

Sequence

>putative NDP-hexose C-3 C-methyltransferase [SnoG]
MDNRETVRPVSVCRVCGGNDWQDVVDFGDVPLANGFLSPADSYENERRYPLGVLSCRACR
LMSLTHVVDPEVLYRDYAYTTPDSEMITQHMRHITALCRTRFELPPDSLVVELGSNTGRQ
LMAFREAGMRTLGVDPARNLTDVARRNGIETFPDFFSHDVARTIRRDHGQARLVLGRHVF
AHIDDVSDIAAGVRELLSPDGVFAIEVPYVLDLLEKVAFDTIYHEHLSYFTMRSFVTLFA
RHGLRVLDVERFGVHGGSVLVFVGHEDGPWPERPSVPELLRVERQRGLYDDATYRTFAQR
IERVRTELPELLRSLVAQGKRIVGYGAPAKGNTILTVCGLGLKELEYCTDTTELKQGRVL
PGTHIPVHAPEHAKEHIPDYYLLLAWNYATEILDKETAFRDNGGRFIVPIPRPSILTSPS
GS

>putative NDP-hexose C-3 C-methyltransferase [SnoG]
ATGGACAACCGCGAGACCGTACGACCGGTGAGCGTCTGCCGGGTCTGCGGCGGCAACGAC
TGGCAGGACGTCGTGGACTTCGGTGACGTTCCCCTCGCCAACGGCTTCCTGTCCCCGGCC
GACTCCTACGAGAACGAGCGCCGCTACCCGCTGGGCGTCCTGTCCTGCCGCGCCTGCCGG
CTGATGAGCCTGACCCACGTGGTCGACCCCGAGGTGCTGTACCGCGACTACGCCTACACC
ACCCCCGACTCCGAAATGATCACCCAGCACATGCGGCACATCACCGCGCTGTGCCGCACC
CGTTTCGAGCTTCCCCCGGACAGCCTCGTCGTGGAGCTGGGCAGCAATACCGGCCGTCAG
CTCATGGCCTTCCGCGAAGCGGGGATGCGCACCCTGGGCGTGGACCCCGCGCGCAACCTC
ACGGACGTCGCCCGGCGCAACGGCATCGAGACCTTCCCCGACTTCTTCTCCCACGACGTG
GCCCGCACCATCCGGCGCGACCACGGGCAGGCGCGGCTCGTGCTGGGACGGCATGTCTTC
GCCCACATCGACGACGTGTCGGACATCGCGGCCGGCGTACGCGAACTCCTGTCTCCCGAC
GGGGTGTTCGCGATCGAGGTGCCGTACGTTCTGGACCTGCTGGAGAAGGTCGCGTTCGAC
ACCATCTACCACGAGCACTTGTCGTACTTCACCATGCGGTCCTTCGTCACCCTCTTCGCG
CGCCACGGGCTGCGGGTGCTCGACGTGGAGCGGTTCGGCGTGCACGGCGGATCGGTCCTC
GTCTTCGTGGGCCACGAGGACGGCCCCTGGCCCGAACGTCCCTCCGTCCCCGAACTGCTG
CGCGTGGAACGGCAGCGGGGCCTCTACGACGACGCCACCTACCGCACGTTCGCGCAGCGG
ATCGAGCGGGTGCGCACCGAACTGCCGGAACTGCTGCGCTCCCTCGTGGCCCAGGGCAAG
CGCATCGTCGGCTACGGTGCTCCGGCCAAGGGCAACACCATCCTCACGGTGTGCGGGCTC
GGCCTGAAGGAGCTGGAATACTGCACCGACACCACCGAGCTGAAGCAGGGCAGGGTGCTG
CCCGGCACCCACATACCGGTGCACGCTCCCGAGCACGCCAAGGAACACATCCCCGACTAC
TACCTGTTGCTCGCCTGGAACTACGCCACGGAGATCCTCGACAAGGAGACGGCCTTCCGG
GACAACGGCGGCCGGTTCATCGTGCCCATCCCCCGCCCGTCGATCCTCACGTCCCCGTCA
GGTTCCTGA

Feature

BLASTP Database:UniProtKB:2011_09	show BLAST table
InterPro Database:interpro:38.0	IPR013630 Methyltransferase putative zinc binding domain (Domain) PF08421 Methyltransf_13 IPR013691 C-methyltransferase (Domain) PF08484 Methyltransf_14
SignalP	No significant hit
TMHMM	No significant hit

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