Nogl_00330 : CDS information

Location

Organism	Streptomyces nogalater
Strain	ATCC 27451 (=NBRC 13445)
Entry name	Nogalamycin
Contig	AJ224512
Start / Stop / Direction	33,773 / 32,985 / - [in whole cluster] 5,071 / 4,283 / - [in contig]
Location	complement(32985..33773) [in whole cluster] complement(4283..5071) [in contig]
Type	CDS
Length	789 bp (262 aa)

Annotation

Category	3.3 modification reduction
Product	putative polyketide C-9 ketoreductase
Product (GenBank)	SnoaD
Gene
Gene (GenBank)	snoaD
EC number
Keyword
Note
Note (GenBank)
Reference	ACC Q54491 PmId [8668120] A gene cluster involved in nogalamycin biosynthesis from Streptomyces nogalater: sequence analysis and complementation of early-block mutations in the anthracycline pathway. (Mol Gen Genet. , 1996) [9268006] Isolation and characterization of 8-demethoxy steffimycins and generation of 2,8-demethoxy steffimycins in Streptomyces steffisburgensis by the nogalamycin biosynthesis genes. (J Antibiot (Tokyo). , 1997) comment [PMID: 8668120](1996) S. nogalaterのanthracycline生合成gene clusterを解析。 11kb領域に11ORFs(snoEDCBA123XYZ)が同定されている。 deduced function SnoD: ketoreductase snoBCDEの機能推定はDaunorubicin生合成遺伝子への類似性から。新生polyketide鎖の領域特異的ketoreductionを触媒するpolyketideのketoreductaseに似ている。そのようなketoreductaseでの変異は2-OH anthracyclinesやそれらの中間体の形成をもたらす。 2-OH-aklanonic acidを蓄積するS.galilaeus mutant H061はpSY24(snoD)で相補され、aglycone部分としてaklavinoneを持つanthracyclinesが得られた。 --- 同じ著者らの報告。 [PMID: 9268006](1997) steffimycinは非還元polyketideから1st ringを形成し、この非還元に由来するOH基がmethyl化されたC-2 methoxy基を持つ。 steffimycinを産生するS.steffisburgensisにpSYE35(snoD,snoE)を導入すると、C-2の置換基(methoxy基)がなくなる。KR_snoDだけの導入ではそうならない。
Related Reference	ACC Q56166 NITE Jado_00110 PmId [7881555] Cloning and characterization of polyketide synthase genes for jadomycin B biosynthesis in Streptomyces venezuelae ISP5230. (Microbiology. , 1994) [9224566] Iterative type II polyketide synthases, cyclases and ketoreductases exhibit context-dependent behavior in the biosynthesis of linear and angular decapolyketides. (Chem Biol. , 1997) comment Blast 18th, id68%, 6e-94 Streptomyces venezuelae_ORF5(jadE) Ketoreductase -- [PMID: 7881555](1994) ORF5(=jadEに相当)は配列解析からketoreductaseであると提唱されている。 ORF2-ORF4領域(ORF5も含まれる)を含んだplasmidの染色体DNAへの組み込みは、jadomycin B産生を激しく抑制したが、成長や胞子色素沈着には影響なし。 -- [PMID: 9224566](1997) minimal PKS + KR + CYCをjadomycin, daunorubicin, tetracenomycinのgenesで構成し、そのplasmid発現株での産物を解析。 JadEはdecaketideだけでなく、octaketideも還元できる。
Related Reference	ACC Q54812 NITE Adria_00250 PmId [9224566] Iterative type II polyketide synthases, cyclases and ketoreductases exhibit context-dependent behavior in the biosynthesis of linear and angular decapolyketides. (Chem Biol. , 1997) comment Blast 31st, id66%, 3e-91 Streptomyces peucetius_dpsE Daunorubicin-doxorubicin polyketide synthase [DoBISCUIT]C-9 ketoreductase DpsEは、DpsFによる環化に先立って必要なC-9還元を担う、decaketideに特異的なketoreductaseであることが実験で確認されている。 minimal PKS + KR + CYCをjadomycin, daunorubicin, tetracenomycinのgenesで構成し、そのplasmid発現株での産物を解析。 DpsE KRはdecaketidesを還元できるが、octaketidesを還元できない。 JadEはdecaketideだけでなく、octaketideも還元できる。

Sequence

>putative polyketide C-9 ketoreductase [SnoaD]
MPDTDGRVAVVTGGTSGIGLAVVKALAATGYACRSLCARSQDAVDSTVEELRDEKLEVDG
RSCDVRSTDDVREFIGFATRRFGGVDVLVNNAGRNGGGPTARITDELWLDVIETNLTSVF
RVTREVLTTGGMLAAGRGRIINIASTGGKQGVVLGAPYSASKHGVVGFTKALGLELAKSG
ITVNAVCPGYVETPMGERVGRGYAEVWDTSEEAVLERFQAKIPLGRYAQPEEVAGLVTYL
TTPTADSITAQALNVCGGLGNY

>putative polyketide C-9 ketoreductase [SnoaD]
ATGCCGGACACGGACGGGCGGGTCGCCGTCGTCACAGGCGGCACCAGCGGGATAGGACTC
GCGGTGGTGAAGGCACTGGCTGCGACAGGATATGCGTGTCGTTCCCTGTGTGCCCGGAGC
CAGGACGCCGTCGACAGCACCGTGGAGGAGCTGCGCGACGAGAAGCTGGAGGTGGACGGG
CGCTCCTGCGACGTGCGTTCCACGGACGACGTACGGGAGTTCATCGGCTTCGCCACGCGG
CGCTTCGGCGGCGTGGACGTGCTGGTCAACAACGCCGGCCGCAACGGCGGAGGCCCGACC
GCGCGGATAACCGACGAGCTGTGGCTCGACGTCATCGAGACCAACCTCACCAGCGTCTTC
CGCGTCACCCGCGAGGTGCTGACCACCGGAGGGATGCTCGCCGCCGGACGCGGCAGGATC
ATCAACATCGCCTCCACCGGCGGCAAACAGGGTGTCGTCCTCGGTGCCCCGTACTCGGCC
TCCAAGCACGGCGTCGTCGGCTTCACCAAGGCACTGGGCCTGGAGCTGGCCAAGAGCGGC
ATCACCGTCAACGCCGTCTGCCCGGGCTATGTCGAGACTCCCATGGGCGAGCGGGTCGGT
CGCGGCTACGCCGAGGTCTGGGACACCTCCGAGGAGGCGGTGCTGGAGCGCTTCCAGGCG
AAGATCCCGCTCGGCCGCTACGCGCAGCCCGAGGAGGTCGCCGGCCTCGTCACCTACCTG
ACCACGCCCACCGCCGACTCCATCACCGCGCAGGCGCTCAACGTCTGCGGCGGCCTGGGA
AACTACTGA

Feature

BLASTP Database:UniProtKB:2011_09	show BLAST table
InterPro Database:interpro:38.0	IPR002198 Short-chain dehydrogenase/reductase SDR (Family) PF00106 adh_short PIRSF000126 11-beta-HSD1 PR00080 SDRFAMILY IPR002347 Glucose/ribitol dehydrogenase (Family) PR00081 GDHRDH IPR016040 NAD(P)-binding domain (Domain) G3DSA:3.40.50.720 NAD(P)-bd IPR020904 Short-chain dehydrogenase/reductase, conserved site (Conserved_site) PS00061 ADH_SHORT
SignalP	Bacteria, Gram-positive
TMHMM	No significant hit

Nogl_00320 Nogl_00340