Nogl_00320 : CDS information

Location

Organism	Streptomyces nogalater
Strain	ATCC 27451 (=NBRC 13445)
Entry name	Nogalamycin
Contig	AJ224512
Start / Stop / Direction	32,924 / 31,953 / - [in whole cluster] 4,222 / 3,251 / - [in contig]
Location	complement(31953..32924) [in whole cluster] complement(3251..4222) [in contig]
Type	CDS
Length	972 bp (323 aa)

Annotation

Category	3.4 other modification
Product	cyclase/dehydratase
Product (GenBank)	SnoaE
Gene
Gene (GenBank)	snoaE
EC number
Keyword	1st ring
Note
Note (GenBank)
Reference	ACC Q54490 PmId [8668120] A gene cluster involved in nogalamycin biosynthesis from Streptomyces nogalater: sequence analysis and complementation of early-block mutations in the anthracycline pathway. (Mol Gen Genet. , 1996) [9268006] Isolation and characterization of 8-demethoxy steffimycins and generation of 2,8-demethoxy steffimycins in Streptomyces steffisburgensis by the nogalamycin biosynthesis genes. (J Antibiot (Tokyo). , 1997) comment [PMID: 8668120](1996) S. nogalaterのanthracycline生合成gene clusterを解析。 11kb領域に11ORFs(snoEDCBA123XYZ)が同定されている。 deduced function SnoE: aromatase snoBCDEの機能予測はDaunorubicin生合成遺伝子への類似性から。 type II polyketideにおけるfirst ring aromataseに似ている。この論文でシークエンスされているのはN末の134aaのみだが、全長を含むplasmidも使用している。 --- 同じ著者らの報告。 [PMID: 9268006](1997) steffimycinは非還元polyketideから1st ringを形成し、この非還元に由来するOH基がmethyl化されたC-2 methoxy基を持つ。 steffimycinを産生するS.steffisburgensisにpSYE35(snoD,snoE)を導入すると、C-2の置換基(methoxy基)がなくなる。KR_snoDだけの導入ではそうならない。
Related Reference	ACC Q54221 NITE Griseu_00050 PmId [8169211] Cloning, sequencing, and analysis of the griseusin polyketide synthase gene cluster from Streptomyces griseus. (J Bacteriol. , 1994) [9195917] Domain analysis of the molecular recognition features of aromatic polyketide synthase subunits. (J Biol Chem. , 1997) [10467128] Heterologous expression, purification, reconstitution and kinetic analysis of an extended type II polyketide synthase. (Chem Biol. , 1999) comment Blast 6th, id53%, 7e-89 Streptomyces griseus Putative cyclase/dehydrase --- [PMID: 8169211](1994) griseusin PKS gene clusterの報告。 ORF4 for a cyclase-dehydrase actVII領域との比較によりcyclaseと推定される。 act PKS genesに対応しているORF1-ORF4までの5ORFsを2回組み換えしてermEにすると、griseucinA, Bを産生しない。 -- [PMID: 9195917](1997) TcmN-N末monodomain ARO/CYCとdidomain ARO/CYCsとの組み合わせで産物解析。 monodomain ARO/CYCsは配列はとても似ているのに、didomain ARO/CYCsのN末domainの代わりをできない。 didomain actinorhodin or griseusin ARO/CYCは、N末domainもC末domainも、それぞれ単独発現ではaromatase活性がない。 gris ARO/CYCのC末domainはaromtase活性がない状況で発現されたときtetracenomycin (tcm) minimal PKSの鎖長特異性を変調し、予想された20C産物に加えて、新規の18C産物の形成を導いた。 -- [PMID: 10467128](1999) abstract act minimal PKS + act KR + gris ARO/CYCで構成された拡張PKSが、act minimal PKS + act KR または act minimal PKSのみより高い代謝回転数を持つことが明らかになった。
Related Reference	ACC Q54811 NITE Adria_00240 PmId [9224566] Iterative type II polyketide synthases, cyclases and ketoreductases exhibit context-dependent behavior in the biosynthesis of linear and angular decapolyketides. (Chem Biol. , 1997) comment Blast 24th, id53%, 3e-83 Streptomyces peucetius_dpsF Daunorubicin-doxorubicin polyketide synthase minimal PKS + KR + CYCをjadomycin, daunorubicin, tetracenomycinのgenesで構成し、そのplasmid発現株での産物を解析。 JadD, DpsFの両cyclasesはC-9で還元された10-ketidesの位置特異的なfirst-ring cyclase/dehydrasesであることが示された。

Sequence

>cyclase/dehydratase [SnoaE]
MTAGDTTLTTHRTEHRVTVSAPARRVFDLVADITGWPHTFPPTVHAEYAERGASEERIRI
WATANGEVKAWTSHRSLDREGLRVRFRQEKSQHPVAGMGGEWIIRPVDGERSEVILTHDF
QAVEDDPAHVDWIHRAVDRNSGAELAALKPRRNARTARNGTLFTFADEVTVTGAPGDVYD
YLNEARRWQERLPHVAAVSLDEPAPGVQRLGMDTKGPDGTVHTTESVRICFPQDRIVYKQ
FTMPPLMAVHTGTWRIAPAADGHGTTVTSLHTVVVDDSAVTTVLGPDATLADARRFLRDA
LGRNSRTTLGFAKEYAEERARRA

>cyclase/dehydratase [SnoaE]
ATGACAGCCGGCGACACCACCCTCACCACCCACCGCACCGAACACCGCGTCACCGTCTCG
GCACCCGCGCGGCGCGTCTTCGACCTGGTCGCGGACATCACAGGCTGGCCCCACACCTTC
CCCCCGACCGTGCACGCGGAGTACGCCGAGCGCGGGGCGAGTGAGGAACGCATCCGCATC
TGGGCCACGGCCAACGGCGAGGTCAAGGCCTGGACCTCGCACCGCTCGCTGGACCGGGAA
GGGCTGCGCGTCCGCTTCCGGCAGGAGAAGTCCCAGCACCCCGTGGCCGGCATGGGCGGC
GAGTGGATCATCCGGCCGGTGGACGGCGAGCGGAGCGAGGTGATCCTCACCCACGACTTC
CAGGCCGTGGAGGACGACCCGGCCCACGTGGACTGGATCCACCGTGCCGTGGACCGCAAC
AGCGGCGCCGAACTCGCGGCGCTGAAACCGCGGCGGAACGCGCGGACGGCGCGGAACGGC
ACCCTGTTCACCTTCGCCGACGAGGTCACCGTCACCGGTGCCCCCGGTGACGTCTACGAC
TACCTCAACGAGGCCCGGCGCTGGCAGGAGCGCCTCCCGCACGTCGCCGCGGTGAGCCTC
GACGAGCCCGCCCCCGGAGTGCAGCGGCTCGGCATGGACACCAAGGGACCCGACGGAACC
GTGCACACCACCGAGTCGGTCCGCATCTGCTTCCCCCAGGACCGCATCGTCTACAAGCAG
TTCACGATGCCACCGCTGATGGCCGTCCATACCGGCACATGGCGGATCGCACCCGCCGCG
GACGGCCACGGCACGACCGTCACCTCCCTCCACACCGTCGTGGTCGACGACAGCGCCGTC
ACCACCGTCCTGGGCCCGGACGCCACCCTCGCCGACGCCCGCCGCTTCCTGCGTGACGCC
CTCGGCCGCAACAGCCGTACCACCCTCGGCTTCGCCAAGGAATACGCCGAGGAGCGCGCG
CGGCGGGCCTGA

Feature

BLASTP Database:UniProtKB:2011_09	show BLAST table
InterPro Database:interpro:38.0	IPR019587 Polyketide cyclase/dehydrase (Family) PF10604 Polyketide_cyc2 IPR023393 START-like domain (Domain) G3DSA:3.30.530.20 G3DSA:3.30.530.20
SignalP	Bacteria, Gram-positive Bacteria, Gram-negative
TMHMM	No significant hit

Nogl_00310 Nogl_00330