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Nogl_00310 : CDS information

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Organism
StrainATCC 27451 (=NBRC 13445)
Entry nameNogalamycin
Contig
Start / Stop / Direction31,905 / 31,300 / - [in whole cluster]
3,203 / 2,598 / - [in contig]
Locationcomplement(31300..31905) [in whole cluster]
complement(2598..3203) [in contig]
TypeCDS
Length606 bp (201 aa)
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Category2.3 modification addition of sugar moiety
Productputative NDP-hexose epimerase
Product (GenBank)SnogF
Gene
Gene (GenBank)snogF
EC number5.1.3.-
Keyword
  • nogalamine
  • nogalose
Note
Note (GenBank)
Reference
ACC
PmId
[9349712] Characterization of Streptomyces nogalater genes encoding enzymes involved in glycosylation steps in nogalamycin biosynthesis. (Mol Gen Genet. , 1997)
comment
snoF, snoG, snoHが同定されている論文。
putative SnoF proteinはrhamnose生合成に関連する3,5-epimeraseに似ている。
Related Reference
ACC
O33707
NITE
Adria_00190
PmId
[9209071] Cloning and characterization of the Streptomyces peucetius dnmZUV genes encoding three enzymes required for biosynthesis of the daunorubicin precursor thymidine diphospho-L-daunosamine. (J Bacteriol. , 1997)
[10631513] A two-plasmid system for the glycosylation of polyketide antibiotics: bioconversion of epsilon-rhodomycinone to rhodomycin D. (Chem Biol. , 1999)
[11129052] Analysis of genes involved in 6-deoxyhexose biosynthesis and transfer in Saccharopolyspora erythraea. (Mol Gen Genet. , 2000)
[15977277] ( , )
comment
Blast 4th, id65%, 7e-70
Streptomyces peucetius_dnmU
Putative epimerase

---
[PMID: 9209071](1997)
dTDP-L-daunosamineの生合成に必要なdnmZUV genesのクローニングと特徴づけ。

dnmU: dTDP-4-keto-6-deoxyglucose またはそれより後の中間体のL-立体異性体の合成

WHM1673 mutant strainの表現型と相補の結果から、DnmUはdaunosamine (DNR)生合成に必要。
配列類似性から、DnmUはDNR生合成においてdTDP-4-keto-6-deoxyglucose-3(5)-epimeraseとして機能すると示唆される。でもこれが本当の基質かどうかは分からない。

---
[PMID: 10631513](1999)
異種性ホストにおけるL-daunosamineの生合成と付着のための最少の情報は、dnmLMJVUTS genesによってコードされる。

---
[PMID: 11129052](2000)
S. erythraea eryBVII deletion mutantはeryBVII またはS. peucetius_dnmUで相補可能、erythromycin A 産生を回復する。
S. peucetius DSM 40754(Other collection no.: ATCC 29050)由来dnmUを使用している。

---
[PMID: 15977277](2005) abstract
dTDP-4-keto-6-deoxyglucose 3,5-epimeraseとして働くRmlCをDnmUで置換できた(in vitro)。
しかしhomologでの実験結果などから、DnmUはvivoでC-5 epimerizationのみを触媒すると結論づけている。
ACC
Q9S0P2
NITE
Aver_00150
PmId
[11451669] Insights about the biosynthesis of the avermectin deoxysugar L-oleandrose through heterologous expression of Streptomyces avermitilis deoxysugar genes in Streptomyces lividans. (Chem Biol. , 2001)
comment
Blast 15th, id61%, 5e-59
Streptomyces avermitilis_aveBV
dTDP-4-keto-6-deoxyhexose 3,5-epimerase
[DoBISCUIT]NDP-hexose 5-epimerase

Table1.
avrF/aveBV: dTDP-4-keto-6-deoxyglucose 3-epimerase　
(本文を読むと5-epimeraseの間違いと思われる。)

S.lividansでS.avermitilis avrBCDEFGHIを発現させて外因性aglyconeと反応させて産物解析。
delta-avrFな発現株では、C-13にD-olivoseが1つbeta-glycoside結合したavermectin A1a3を産生する。
avermectin A1a3を産生できるのはdelta-avrFのみ。
C-3での立体化学は最終的に3-O-methyltransferaseによって決定されるので、AvrF proteinは5-epimeraseであって3,5-epimeraseではない。

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selected fasta
>putative NDP-hexose epimerase [SnogF]
MESRTLLVEGAHAFTPRVFPDARGCFVSPFQQTPVAEALGHRLFPVAQTNHSRSRRGVVR
GAHFTLTPPGIAKYVYCARGRARDYVIDIRVGSPTFGQWDSVVLDDRNFRAMYFPVGVAH
AFAALEDDTVMSYMLSGEYVADNELALSVFDPDLALELPGDTPLLLSERDTAAPTLRELE
SDGRLPRYEECVKLEHDLYAG
selected fasta
>putative NDP-hexose epimerase [SnogF]
ATGGAGTCACGCACGCTTCTCGTCGAGGGCGCCCACGCGTTCACGCCCCGGGTCTTCCCC
GACGCCCGCGGATGCTTCGTCTCACCGTTCCAGCAGACCCCGGTGGCCGAGGCGCTCGGC
CACCGGCTGTTTCCCGTGGCCCAGACCAATCACAGCCGGTCGCGGCGCGGCGTGGTACGC
GGAGCGCACTTCACCCTCACCCCGCCGGGCATCGCCAAGTACGTCTACTGCGCCCGGGGA
CGGGCTCGCGACTACGTCATCGACATCCGTGTCGGCTCACCCACCTTCGGTCAGTGGGAC
TCGGTCGTCCTGGACGACCGGAACTTTCGCGCCATGTACTTCCCGGTCGGCGTGGCCCAC
GCCTTCGCCGCCCTGGAGGACGACACGGTGATGTCCTACATGCTCTCCGGCGAGTACGTG
GCGGACAACGAACTGGCCCTGTCCGTCTTCGACCCCGATCTCGCCCTCGAACTTCCCGGG
GACACGCCGTTGTTGCTCTCCGAGCGCGACACGGCGGCACCGACGCTCAGGGAACTGGAG
TCGGACGGCCGGCTGCCGCGCTACGAGGAGTGCGTCAAGCTCGAACACGACCTGTACGCC
GGATGA

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BLASTP
Database:UniProtKB:2011_09 		show BLAST table
InterPro
Database:interpro:38.0
IPR000888 dTDP-4-dehydrorhamnose 3,5-epimerase-related (Family)
[1-178] PD001462
PD001462   dTDP_sugar_isom
[6-178] 4.10000000000004e-53 PF00908
PF00908   dTDP_sugar_isom
IPR011051 RmlC-like cupin domain (Domain)
[1-183] 2.30000440726534e-64 SSF51182
SSF51182   RmlC_like_cupin
IPR014710 RmlC-like jelly roll fold (Domain)
[1-191] 4.6e-56 G3DSA:2.60.120.10
G3DSA:2.60.120.10   RmlC-like_jellyroll
SignalP No significant hit
TMHMM No significant hit
Nogl_00300 Nogl_00300   Nogl_00320 Nogl_00320
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