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Nogl_00360 : CDS information

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Organism
StrainATCC 27451 (=NBRC 13445)
Entry nameNogalamycin
Contig
Start / Stop / Direction37,383 / 35,386 / - [in whole cluster]
8,681 / 6,684 / - [in contig]
Locationcomplement(35386..37383) [in whole cluster]
complement(6684..8681) [in contig]
TypeCDS
Length1,998 bp (665 aa)
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Category4.1 transcriptional regulator
Producttranscriptional regulator
Product (GenBank)Snora
Gene
Gene (GenBank)snorA
EC number
Keyword
  • SARP family
Note
Note (GenBank)
Reference
ACC
PmId
[8668120] A gene cluster involved in nogalamycin biosynthesis from Streptomyces nogalater: sequence analysis and complementation of early-block mutations in the anthracycline pathway. (Mol Gen Genet. , 1996)
[9349712] Characterization of Streptomyces nogalater genes encoding enzymes involved in glycosylation steps in nogalamycin biosynthesis. (Mol Gen Genet. , 1997)
comment
[PMID: 8668120](1996)
S. nogalaterのanthracycline生合成gene clusterを解析。
11kb領域に11ORFs(snoEDCBA123XYZ)が同定されている。

deduced function
snoA(665aa): regulatory

regulatory geneに傷害があると予測されるS.nogalater mutant Sno-615を、SnoAのN末415aaを含んだpSY22で完全に相補することができ、wild S.nogalaterと同じ量のnogalamycinを産生できた。
wild S.nogalater and S.galilaeusにpSY22を導入すると、S.nogalaterではわずかにnogalamycin産生増加、S.galilaeusでは効果なし。
SnoAは、少なくともminimal PKSのregulationに関与するとされている。

---
[PMID: 9349712](1997)
ermE or snoAを含むvectorsを用いないとaclacinomycin経路でのrhodosamine and 2-deoxyfucoseの生合成ができないS.galilaeus mutant H039の相補実験がうまくいかない。
snoAを含むvectorではsnoEまで含むfragmentでないと相補できないことから、このclusterのpromoterはsnoE上流にあり、これらの遺伝子はsnoAの発現によって調節されると示唆された。

sno minimal PKSのtranscriptional activatorであるSnoAは、nogalamycin sugar moietyの生合成に関与するsnoFGHの発現にも必要である。
Related Reference
ACC
Q2MGB3
NITE
Fred_00260
PmId
[18556785] Identification and utility of FdmR1 as a Streptomyces antibiotic regulatory protein activator for fredericamycin production in Streptomyces griseus ATCC 49344 and heterologous hosts. (J Bacteriol. , 2008)
comment
Blast 48th, id39%, 4e-68
Streptomyces griseus
Regulatory protein
[DoBISCUIT]transcriptional activator_fdmR1

FdmR1はStreptomyces antibiotic regulatory protein (SARP) familyのメンバーに高い類似性を示す。

fdmR1不活化でfredericamycin (FDM)生合成不可、相補で回復。
RT-PCRによる転写解析で、fdm gene cluster 28genesのうちfdmRとfdmT2以外の26genesが、FdmR1のpositive control下にあることが判明。
fdmR1過剰発現でFDM力価は5.6倍に改善。

fdm clusterを異種性に発現した時、Streptomyces albusではFDM産生可能だが、Streptomyces lividansではできない。
しかし、fdmR1を恒常的に発現するとFDM産生をもたらすことができる。そしてputative ketoreductaseをコードするfdmCを、fdmR1と同時に過剰発現することによってさらに拡大される。
ACC
P25941
PmId
[2253887] Primary structure of AfsR, a global regulatory protein for secondary metabolite formation in Streptomyces coelicolor A3(2). (Gene. , 1990)
[11952895] afsS is a target of AfsR, a transcriptional factor with ATPase activity that globally controls secondary metabolism in Streptomyces coelicolor A3(2). (Mol Microbiol. , 2002)
[17434533] AfsR recruits RNA polymerase to the afsS promoter: a model for transcriptional activation by SARPs. (J Mol Biol. , 2007)
comment
Blast 16th, id37%, 7e-81, C末400aaほど余る
Streptomyces coelicolor_afsR(afsB)
Regulatory protein afsR

---
[PMID: 2253887](1990)
S.lividansのafsBを相補。
pigment生産に関するregulatory proteinとして同定。
2次代謝系のglobal regulatory proteinだとしている。

---
[PMID: 11952895](2002)
afsRのターゲットがafsSであることを示し、afsR欠失株ではafsSの転写が起こらないことを示す。

---
[PMID: 17434533](2007)
afsRがafsSの上流に結合して、RNA polymeraseのリクルートを介して転写活性化を行うことを示した。

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selected fasta
>transcriptional regulator [Snora]
MCRPRDHRASVQVVTPGASSKEKREEDLEFRLLGPVEILWQGRNIMPTAPKPRQVISLLM
LRHNTVVQAAELIDELWPELPPPSAITTLQTYIYKFRKILMKQGADDLLRTQPGGYILTI
PPSTVDVNRFERDADDGQELLQRGDAAGGTKLGHALALWRGPALADVVASGRLFSYVTRL
EELRFRILELRIEADLATGRHRELVSELKSLVLAHPLHEHLHGLLMLALHRSGRPHEALE
VYRSVRHKMIEDLALEPAQDFATLHHTLLSDSPPEAPEPLWPAQHLTTKQPERVTIAREP
APDTAPSPLARPAQLPADIVDFVGRRAVLDRLVGVLAQPGGSRDAGRTAVRVGVVTGAPG
VGKSVLAVHAAHTLRPRYPDGQLYADLRGSSSEPRDQSEVLAGFLRALDIPPARIPDRLE
ERGALFRSCTAGRRVLVLLDDVACSPQVRHLLPGDPHCALLATGRRRMPGLVEASHVELG
LPGRTEGREMLARVLGRQRVEREPAAADTIVTLLGHHPLALRCVAGRSRRCRGCPWRPWP
RQLDTAPRILDAARLGELDVRSRFDLSYEGLSPVEQGVFRLLSMLESSPFTVAQAAGLLG
WRSADIQPVLEALADNHLLSAGPGGGTAPPATPTHGSPWRTPGERLEATLSQPRAVEGAG
AASAV
selected fasta
>transcriptional regulator [Snora]
GTGTGCCGTCCGCGTGACCACCGGGCGTCGGTGCAGGTGGTCACGCCTGGCGCAAGTTCG
AAGGAAAAACGGGAGGAAGACTTGGAATTTCGACTGCTGGGTCCGGTTGAAATACTCTGG
CAGGGGCGCAACATCATGCCGACGGCTCCCAAGCCGCGGCAGGTCATATCCCTTCTGATG
CTCCGTCACAACACAGTCGTGCAGGCTGCGGAGCTGATCGACGAATTATGGCCGGAGCTG
CCGCCGCCGAGCGCGATCACCACCCTCCAGACCTACATCTACAAATTCCGGAAGATTCTC
ATGAAGCAGGGGGCCGATGATCTTCTGCGTACCCAGCCGGGCGGATACATCCTGACGATC
CCGCCCTCCACCGTCGACGTCAACCGGTTCGAACGGGACGCCGACGACGGGCAGGAACTG
CTGCAGCGCGGTGACGCCGCCGGCGGGACGAAGCTCGGCCACGCCCTGGCCCTGTGGCGG
GGCCCAGCACTGGCCGATGTCGTCGCCAGCGGACGCCTGTTCTCGTACGTCACGCGGCTG
GAGGAGCTGCGGTTTCGCATCCTCGAACTGCGCATCGAGGCGGACCTCGCGACCGGGCGG
CACCGGGAACTCGTGAGCGAGCTGAAATCGCTGGTACTGGCACACCCCCTCCACGAGCAC
CTGCACGGGCTGCTGATGCTGGCCCTGCACCGGTCGGGGCGGCCCCACGAGGCGTTGGAG
GTCTACCGGAGCGTACGCCACAAGATGATCGAGGACCTCGCCCTGGAACCCGCCCAGGAC
TTCGCCACTTTGCACCACACCCTGCTGTCCGACTCCCCGCCCGAGGCACCCGAACCCCTC
TGGCCGGCACAGCACCTGACGACCAAGCAGCCGGAACGCGTCACCATCGCCCGCGAACCA
GCCCCGGACACCGCCCCCAGCCCGCTGGCCAGACCGGCCCAATTGCCCGCCGACATCGTG
GACTTCGTCGGCCGACGGGCGGTGCTGGACCGGCTCGTCGGTGTGCTGGCACAACCCGGC
GGCAGCCGCGATGCCGGGCGCACGGCGGTCCGGGTCGGCGTGGTGACCGGTGCGCCGGGC
GTGGGCAAGAGCGTGCTGGCCGTGCACGCGGCGCACACGCTGCGCCCGCGCTATCCCGAC
GGGCAGCTCTACGCCGACCTGCGCGGCTCCTCGTCCGAACCCCGCGACCAGTCCGAGGTG
CTGGCGGGCTTCCTGCGGGCCCTCGACATCCCGCCCGCCCGGATCCCGGACCGGTTGGAG
GAACGCGGCGCGCTGTTCCGTTCCTGCACGGCCGGACGCAGGGTGCTTGTCCTGCTCGAC
GACGTGGCCTGTTCGCCACAGGTGCGGCATCTGCTGCCCGGCGACCCGCACTGCGCGCTG
CTGGCCACCGGCCGGCGCCGTATGCCCGGGCTGGTGGAGGCCTCGCACGTCGAACTCGGC
CTGCCCGGCAGAACCGAGGGCCGGGAGATGCTGGCCCGTGTGCTGGGCAGGCAGCGGGTG
GAGCGGGAACCCGCGGCGGCCGACACCATCGTCACGCTCCTCGGCCACCACCCACTGGCG
CTGCGCTGCGTCGCGGGACGCTCACGGCGATGCCGGGGCTGTCCCTGGAGGCCATGGCCG
AGGCAGCTCGACACCGCGCCCCGCATCCTGGACGCGGCCCGGCTGGGCGAACTCGACGTA
CGGTCCCGGTTCGATCTGAGCTACGAGGGCCTCAGCCCGGTGGAGCAGGGGGTGTTCCGG
CTGCTGAGCATGTTGGAGAGCTCCCCGTTCACCGTCGCGCAGGCCGCGGGGCTGTTGGGG
TGGAGAAGCGCCGACATACAGCCCGTACTGGAGGCACTGGCCGACAACCACCTGCTCAGC
GCAGGACCGGGCGGGGGGACGGCGCCGCCCGCTACTCCTACCCACGGCTCACCCTGGCGT
ACGCCGGGGGAGCGCTTGGAGGCGACGCTGTCCCAGCCCCGCGCCGTCGAGGGTGCCGGC
GCCGCCAGCGCCGTCTGA

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BLASTP
Database:UniProtKB:2011_09 		show BLAST table
InterPro
Database:interpro:38.0
IPR001867 Signal transduction response regulator, C-terminal (Domain)
[42-118] 1.69999922284049e-09 SM00862
SM00862   Trans_reg_C
[46-118] 8.1e-14 PF00486
PF00486   Trans_reg_C
IPR005158 Bacterial transcriptional activator domain (Domain)
[125-269] 3.99998544139406e-43 SM01043
SM01043   BTAD
[125-269] 3.80000000000003e-45 PF03704
PF03704   BTAD
IPR011991 Winged helix-turn-helix transcription repressor DNA-binding (Domain)
[48-121] 3.3e-08 G3DSA:1.10.10.10
G3DSA:1.10.10.10   Wing_hlx_DNA_bd
IPR016032 Signal transduction response regulator, C-terminal effector (Domain)
[27-119] 5.59999989417023e-14 SSF46894
SSF46894   Bipartite_resp_reg_C-effector
SignalP No significant hit
TMHMM No significant hit
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