Pact_00040 : CDS information

Location

Organism	Streptomyces pactum
Strain	ATCC 27456 (=NBRC 13433)
Entry name	Pactamycin
Contig	AB303063
Start / Stop / Direction	6,934 / 5,759 / - [in whole cluster] 6,934 / 5,759 / - [in contig]
Location	complement(5759..6934) [in whole cluster] complement(5759..6934) [in contig]
Type	CDS
Length	1,176 bp (391 aa)

Annotation

Category	3.4 other modification
Product	putative aminotransferase
Product (GenBank)	aminotransferase
Gene	pctC ptmA
Gene (GenBank)	pctC
EC number	2.6.1.-
Keyword
Note
Note (GenBank)
Reference	ACC A8R0I6 PmId [17827660] Cloning of the pactamycin biosynthetic gene cluster and characterization of a crucial glycosyltransferase prior to a unique cyclopentane ring formation. (J Antibiot (Tokyo). , 2007) [23744829] A single PLP-dependent enzyme PctV catalyzes the transformation of 3-dehydroshikimate into 3-aminobenzoate in the biosynthesis of pactamycin. (Chembiochem. , 2013) [19670201] Deciphering pactamycin biosynthesis and engineered production of new pactamycin analogues. (Chembiochem. , 2009) comment [PMID:17827660] Pactamycin生合成遺伝子クラスターの報告。 PctC: aminotransferase 相同性より機能付けされている。このORFの機能解析はされていない。 PctC(このORF)とPctV(Pact_00230)はpct clusterに存在するputative aminotransferasesをエンコードすると予測しており、これらのどちらかがtransaminationに関与すると推定している。 PctCは相同性を示すproteinの機能から3-aminoacetophenone生合成経路におけるdehydroshikimateのアミノ基転移に関与していると予測。さらに2カ所での脱水反応を触媒し3-aminobenzoic acidを形成すると予測している。ただし、pct cluster内にdehydratase-like proteinはエンコードされていないため、このORFがmultifunctional roleとして機能するのではないかと考察している。 [PMID:23744829] S.pactum NBRC 13433_PctV,PctCの機能解析 pctV,pctCの酵素活性を見ている。 pctVは3-dehydroshikimate(DHS)とL-glutamateと共に反応した。pctCは3-dehydroqunate(DHQ),DHSとは反応産物を生産しなかったが、L-glutamateをPLPに対するamino donorとして用いたときaminotransfer活性を示した。 Pactamycinは4つの窒素原子を持っており、PctVがL-glutamateからpactamycinのaminoacetophenone(AAP) moietyの窒素原子を導入し、5員環carbocyclic moietyの残った窒素原子をPctC aminotransferaseによって導入、おそらくその後carbocycle formationが起こると推定された。 [PMID:19670201] S.pactum ATCC27456のPactamycin生合成遺伝子クラスターの報告。 PtmA: L-alanine:N-amidino-3-keto-scyllo-inosamine aminotransferase PtmAの機能解析はされていない。 NBRC株ではPctCはdehydro shikimateから3-aminobenzoic acid(3-ABA)の合成に関与するとしているが、これに相当するPtmAはシクロペンタン環のtransaminationに関与するとFigureにて示している。本文中記述なし。
Related Reference	ACC Q53U20 PmId [16506694] ( , ) comment Streptomyces fradiae L-glutamine:2-deoxy-scyllo-inosose aminotransferase(neoB) neomycin biosynthetic gene cluster NeoA, B, and Cは2-deoxystreptamine (DOS)形成に関与する事が酵素学的に証明されている。 NeoAによる2-deoxy-scyllo-inosamine (DOIA) から3-amino-2,3-dideoxy-scyllo-inosose (amino-DOI)の形成はNeoBにより2-deoxystreptamine (DOS)内へ形質転換される。 NeoB (Neo6) がL-glutamine:2-deoxy-scyllo-inosose aminotransferaseであることを示した。

Sequence

>putative aminotransferase [aminotransferase]
MRYEPWRALALWGEEEAAAALEVVRSRSLFRYYGPDLGHRTDAFERAFAELAGVPHTVAV
SSGTAALTAAMVGLGIPEGAEVIVPAVTFVASVGAVVAARGVPVFAEVDDTLTLDPAKLE
ELVTERTWGVMPVHLANVAADMDPILEVARRHGLRVIEDAAQAAGVSYRGRPVGGIGDAG
AFSFQLDKNITAGEGGAVTVTDADVYDRVARYQDQGGQFTTSKGATRGTADHPPFIGANL
RMTELTAAILSVQLPRLVPLCKRLRDVARQVRAETAGLPLQWRRLPDEEGSGGDLTFFTE
SRLEARRVVGALTAAGIPAHTMYQGQTVTSNRAVREGRTPWGVAWERPPRFRASEGYLGR
SVTVGLGAAMTDEDVDTIVATLRSAWADAAG

>putative aminotransferase [aminotransferase]
ATGCGGTACGAGCCCTGGCGGGCCCTGGCACTGTGGGGGGAGGAGGAGGCCGCCGCGGCG
CTGGAGGTCGTCAGGTCCCGCTCGCTGTTCCGGTACTACGGGCCGGACCTGGGCCACCGC
ACCGACGCCTTCGAGCGCGCCTTCGCCGAGCTGGCCGGGGTCCCGCACACCGTCGCGGTC
TCCTCCGGGACGGCCGCGCTCACCGCCGCCATGGTGGGCCTGGGCATCCCCGAGGGGGCC
GAGGTCATCGTGCCCGCGGTGACCTTCGTGGCCAGCGTCGGCGCGGTCGTCGCCGCCCGC
GGCGTGCCGGTCTTCGCCGAGGTGGACGACACCCTCACCCTGGACCCGGCGAAGCTGGAG
GAGCTGGTCACCGAGCGCACCTGGGGCGTGATGCCGGTCCACCTGGCCAACGTGGCCGCC
GACATGGACCCGATCCTGGAGGTGGCGCGCCGGCACGGCCTGCGGGTGATCGAGGACGCC
GCCCAGGCCGCCGGGGTGTCCTACCGCGGCCGGCCGGTGGGCGGCATCGGCGACGCCGGG
GCGTTCAGCTTCCAGCTCGACAAGAACATCACCGCCGGCGAGGGCGGCGCGGTCACCGTC
ACCGACGCCGACGTCTACGACCGGGTGGCCCGCTACCAGGACCAGGGCGGCCAGTTCACC
ACCTCCAAGGGCGCCACCCGGGGCACCGCCGACCACCCGCCGTTCATCGGCGCCAACCTG
CGGATGACCGAACTGACCGCGGCCATCCTCTCGGTGCAGCTGCCCCGGCTGGTGCCGCTG
TGCAAGCGGCTGCGCGACGTGGCCCGCCAGGTGCGCGCCGAGACCGCCGGGCTGCCCCTC
CAGTGGCGGCGGCTGCCCGACGAGGAGGGCTCCGGCGGCGACCTCACCTTCTTCACCGAG
TCCCGGCTGGAGGCCCGCCGCGTGGTCGGCGCCCTCACCGCCGCCGGCATCCCGGCGCAC
ACCATGTACCAGGGGCAGACCGTCACCTCCAACCGCGCGGTGCGGGAGGGACGCACCCCC
TGGGGCGTGGCCTGGGAGCGCCCGCCGCGGTTCCGGGCCAGCGAGGGCTACCTGGGCCGC
TCGGTCACCGTCGGGCTGGGCGCCGCGATGACCGACGAGGACGTGGACACCATCGTCGCC
ACCCTCCGCTCGGCCTGGGCGGACGCCGCCGGCTGA

Feature

BLASTP Database:UniProtKB:2011_09	show BLAST table
InterPro Database:interpro:38.0	IPR000653 DegT/DnrJ/EryC1/StrS aminotransferase (Family) PIRSF000390 PLP_StrS PF01041 DegT_DnrJ_EryC1 IPR015421 Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major region, subdomain 1 (Domain) G3DSA:3.40.640.10 PyrdxlP-dep_Trfase_major_sub1 IPR015424 Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain (Domain) SSF53383 PyrdxlP-dep_Trfase_major
SignalP	No significant hit
TMHMM	No significant hit

Pact_00030 Pact_00050