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Polk_00150 : CDS information

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Organism
StrainTü6028
Entry namePolyketomycin
Contig
Start / Stop / Direction18,424 / 16,769 / - [in whole cluster]
18,424 / 16,769 / - [in contig]
Locationcomplement(16769..18424) [in whole cluster]
complement(16769..18424) [in contig]
TypeCDS
Length1,656 bp (551 aa)
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Category3.4 other modification
Productputative 6-methylsalicylic acid--CoA ligase
putative 6-methylsalicylyl-CoA synthetase
Product (GenBank)PokM3
Gene
Gene (GenBank)pokM3
EC number
Keyword
  • 3,6-dimethylsalicylic acid
Note
Note (GenBank)
  • putative 6-methylsalicylic acid-AMP ligase
Reference
ACC
PmId
[19266534] Organisation of the biosynthetic gene cluster and tailoring enzymes in the biosynthesis of the tetracyclic quinone glycoside antibiotic polyketomycin. (Chembiochem. , 2009)
comment
polyketomycin生合成clusterの解析論文。

機能推定は配列解析から。
pokM3: 6-methylsalicylic acid-AMP ligase

PokM3(putative AMP ligase) or PokL(putative acyl-CoA ligase)によって、3,6-dimethyl-salicylic acidが糖に付着されるかもしれない。
Related Reference
ACC
B0BLM7
NITE
Madu_00180
PmId
[20718468] Enediyne antitumor antibiotic maduropeptin biosynthesis featuring a C-methyltransferase that acts on a CoA-tethered aromatic substrate. (J Am Chem Soc. , 2010)
comment
Blast 2nd, id74%, 0.0
Actinomadura madurae_mdpB2
CoA ligase

MdpB1,MdpB2の機能解析。

in vitroでMdpB1は基質として6-methylsalicylic acidを認識するC-methyltransferase だと同定した。mdpB1を大腸菌にて過剰発現・精製し、6-methylsalicylic acidを合成したことを確認した。実験した全ての条件下でS-adenosyl-L-methionine存在下で6-methylsalicylic acidをメチル化出来なかったことから、提案してきた経路を改変する必要性を認めた。

MdpB2についても大腸菌で発現・精製し、in vitroで予測されたCoA ligase activityを確かめた。ATP or CoA存在下でMdpB2とともに6-methylsalicylic acidをincubateさせると、新規産物が得られた。これは、CoA thioesterと一致した。つまり、MdpB2はMdpB1よりも以前に反応することを示した。

反応速度論的解析より、MdpB2はで様々なsalicylic acidsを活性化できる雑多なCoA ligaseであることが判明した。
ACC
Q7X279
PmId
comment
Blast 4th, id55%, 1e-156
Streptomyces sp. WA46_sdgA
Putative salicyl-AMP ligase

salicylate分解gene clusterにある遺伝子。

異種性にsdgAを発現させた細胞抽出液でsalicylateを反応させるとsalicylyl-CoAが検出された。
benzoate, 3-hydroxybenzoate, 4-hydroxybenzoate, gentisate, 2-aminobenzoate, salicylamide, salicylaldoxime, and 2-hydroxyphenyl acetateを基質としてもCoA付加体は検出されなかった。

よってSdgAは、salicylate → salicylyl-CoAへの変換に関わる。
cofactorsとしてCoA and ATPを必要とする。

AA配列はAMP-ligaseに似ているが、Streptomyces sp. WA46でsalicylyl-AMP非検出。
また、salicylyl-CoAはSdgBがあってもなくても作られたが、これは異種性ホストにおいて自発的変換が発生するためだと推測している。

SdgA and SdgBが翻訳共役する可能性も考慮して、salicylateはSdgAによってsalicylyl-AMPへ、続いてSdgBによってsalicylyl-CoAへ変換されると提唱されている。

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selected fasta
>putative 6-methylsalicylic acid--CoA ligase [PokM3]
MKREGFVPWPADAARRYVEADCWRGRPLGALMWDWADAWADRTALVDGDVRLGYAELAAS
ADALAERLAGQGLADGDTVLVQLPNCWEFVVVTLACFRLGVAPVMMLPPHREYELASIGA
HVRAKALVVPGTWRGYDHQALAHRVAERLPDEPLVLVVGDDVRPGGVDVRALLRPDGDTA
ARRGRLDKAAPDAMEVALFLLSGGTTGLPKVISRTHNDYEYNIRQSAAACAVTAETVYLT
VLPAGHNYPLASPGILGTLSAGGRVVLLSSPRPDAVFAAIEREGVTTTSAVPAVALKWTE
AAPGCGRDLSSLRHVHVGGSVLSPELAARIGPALGCRVQQVYGMAEGLICYTAPDATDEV
AHGTQGAPVSAYDELLVVGPDGRPVRPGETGELLTRGPYTPRGYYGVPDQNALSFTPDGW
YRTGDLVRITAQGHVVVCGRVKDLINRGGEKIAAGEIETLVQEMPEVAEVAAVPAPDPEV
GERVCLFVRLHEGRALTLEDVSAALSGRGLAAFKIPERLEILPDLPHTPVGKPDKKALRG
LLDGTRVEVTP
selected fasta
>putative 6-methylsalicylic acid--CoA ligase [PokM3]
GTGAAACGCGAAGGGTTCGTGCCCTGGCCCGCAGACGCGGCGCGTCGTTACGTCGAGGCG
GACTGCTGGCGCGGCCGCCCGCTGGGCGCACTGATGTGGGACTGGGCGGACGCCTGGGCC
GACCGGACCGCGCTGGTCGACGGCGACGTCCGGCTCGGCTACGCGGAGCTGGCCGCCTCG
GCGGACGCCCTGGCCGAGCGGCTCGCGGGCCAAGGGCTGGCCGACGGCGACACGGTTCTC
GTGCAGTTGCCGAACTGCTGGGAGTTCGTCGTCGTGACGCTGGCCTGTTTCCGGCTCGGT
GTGGCGCCGGTGATGATGCTGCCGCCGCACCGCGAGTACGAACTGGCCTCGATCGGGGCC
CATGTGCGCGCCAAGGCGCTCGTCGTGCCCGGCACCTGGCGGGGCTACGACCATCAGGCC
CTCGCCCACCGGGTCGCCGAACGGCTGCCCGACGAGCCCTTGGTGCTGGTCGTCGGCGAC
GACGTACGGCCCGGCGGCGTCGACGTGCGCGCCCTGCTGAGGCCGGACGGCGACACGGCC
GCGCGGCGCGGGAGGCTGGACAAGGCCGCCCCCGACGCCATGGAGGTGGCCCTGTTCCTG
CTGTCCGGCGGCACCACCGGCCTGCCGAAGGTGATCAGCCGGACGCACAACGACTACGAG
TACAACATCCGGCAGTCCGCCGCCGCGTGTGCCGTCACCGCGGAGACCGTCTACCTGACG
GTCCTGCCCGCCGGCCACAACTACCCGCTCGCCAGCCCGGGCATCCTCGGCACCCTCTCG
GCCGGCGGCCGCGTCGTGCTGCTGTCCTCGCCGCGGCCCGACGCGGTGTTCGCCGCCATC
GAACGGGAGGGCGTCACGACCACCTCGGCGGTGCCCGCGGTGGCCCTGAAGTGGACGGAG
GCCGCGCCCGGTTGCGGACGCGACCTGTCGAGTCTGCGCCATGTGCACGTGGGCGGTTCG
GTGCTCTCACCCGAGCTCGCCGCCCGGATCGGGCCCGCCCTGGGCTGCCGGGTCCAGCAG
GTGTACGGGATGGCCGAGGGCCTCATCTGCTACACGGCTCCCGACGCGACGGACGAGGTC
GCCCACGGCACGCAGGGCGCCCCCGTCAGCGCGTACGACGAACTGCTGGTCGTCGGCCCG
GACGGCCGTCCGGTGCGGCCCGGCGAGACGGGCGAACTCCTCACCCGCGGCCCCTACACG
CCCCGTGGCTACTACGGCGTGCCCGACCAGAACGCCCTGTCGTTCACGCCCGACGGCTGG
TACCGCACGGGTGACCTGGTGCGGATCACCGCGCAGGGCCATGTGGTGGTGTGCGGCCGG
GTCAAGGACCTGATCAACCGCGGGGGCGAGAAGATCGCGGCCGGGGAGATAGAGACCCTG
GTGCAGGAGATGCCCGAGGTCGCCGAGGTGGCCGCGGTCCCGGCGCCGGACCCCGAAGTC
GGCGAGCGGGTCTGCCTGTTCGTCCGTCTCCACGAGGGTCGCGCGCTCACCCTGGAGGAC
GTGTCGGCGGCGCTGAGCGGGCGAGGGCTGGCCGCGTTCAAGATTCCCGAGCGCCTGGAG
ATCCTGCCCGACCTCCCGCACACACCCGTCGGCAAGCCCGACAAGAAGGCGCTGCGGGGT
CTGCTGGACGGGACGAGGGTCGAGGTGACCCCATGA

close this sectionFeature

BLASTP
Database:UniProtKB:2011_09 		show BLAST table
InterPro
Database:interpro:38.0
IPR000873 AMP-dependent synthetase/ligase (Domain)
[54-471] 1.60000000000002e-88 PF00501
PF00501   AMP-binding
IPR020845 AMP-binding, conserved site (Conserved_site)
[199-210] PS00455
PS00455   AMP_BINDING
IPR025110 Domain of unknown function DUF4009 (Domain)
[513-545] 5.7e-05 PF13193
PF13193   DUF4009
SignalP No significant hit
TMHMM No significant hit
Polk_00140 Polk_00140   Polk_00160 Polk_00160
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