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Polk_00300 : CDS information

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Organism
StrainTü6028
Entry namePolyketomycin
Contig
Start / Stop / Direction37,950 / 39,179 / + [in whole cluster]
37,950 / 39,179 / + [in contig]
Location37950..39179 [in whole cluster]
37950..39179 [in contig]
TypeCDS
Length1,230 bp (409 aa)
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Category3.3 modification reduction
Productputative oxidoreductase
Product (GenBank)PokO1
Gene
Gene (GenBank)pokO1
EC number
Keyword
Note
Note (GenBank)
  • monooxygenase
Reference
ACC
PmId
[19266534] Organisation of the biosynthetic gene cluster and tailoring enzymes in the biosynthesis of the tetracyclic quinone glycoside antibiotic polyketomycin. (Chembiochem. , 2009)
comment
polyketomycin生合成clusterの解析論文。

pokO1: mono-oxygenase

配列解析からFAD-dependent mono-oxygenaseと機能推定。
PokO1は、不活化してもmithramycin生合成に影響しないMtmOI に似ている。

pokO1不活化mutantはpolyketomycin産生可能。
少量のPOK-IP3も蓄積する。
pokO1-pokO2不活化mutantではPOK-IP3のみを蓄積。

よって、PokO2はPokO1の機能を置換でき、PokO1によるoxygenationはPokO2によるoxygenationより先に起こると提唱。

また、POK-IP3は酵素的に取り込まれる酸素原子4つのうちどれも含まないので、PokO1はpolyketomycin生合成に関連する最初のoxygenaseである。
Related Reference
ACC
Q3S8R0
NITE
Oxtet_00060
PmId
[18422316] Identifying the minimal enzymes required for anhydrotetracycline biosynthesis. (J Am Chem Soc. , 2008)
[19472250] Identification of OxyE as an ancillary oxygenase during tetracycline biosynthesis. (Chembiochem. , 2009)
comment
Blast 3rd, id55%, 1e-109
Streptomyces rimosus_oxyE
OxyE

---
[PMID:18422316](2008)
完全に機能的なring Aを含む最初の中間体anhydrotetracycline (ATC)の生合成に必要な最小酵素セットの同定と再構築。

中間体6-methylpretetramid → ATC の変換にoxygenase候補OxyG, OxyE, or OxyRがあってもなくても、その産物特性と収量に影響なし。

---
[PMID:19472250](2009)
oxyE, oxyLの不活化とS. coelicolor CH999におけるoxyABCDJKNF + oxyE発現の産物解析により、OxyEは必須ではないが、より効率的な6-methylpretetramid C-4 hydroxylaseとして役立ち、oxytetracycline生合成において重要な役割をすることが示されている。

ここで実際に検出されているのは、いずれも4-hydroxy-6-methylpretetramidではなくその派生体だが、過去に4-hydroxy-6-methylpretetramidが中間体であることがわかっている。

[PMID:18422316](2008)のときにOxyEの機能を同定できなかったことについて、OxyLの強い発現と、競合するshunt glycosylation pathwaysを欠いたせいであると考察している。
ACC
Q70DW2
NITE
Resis_00160
PmId
[17090047] The boat-shaped polyketide resistoflavin results from re-facial central hydroxylation of the discoid metabolite resistomycin. (J Am Chem Soc. , 2006)
comment
Blast 46th, id33%, 5e-38
Streptomyces resistomycificus_remO
RemO protein
[DoBISCUIT]resistomycin hydroxylase

resistomycin→resistoflavinへの珍しいenantioface-differentiating hydroxylationが、FAD-dependent monooxygenase_RemOによって触媒されるということをvivoとvitroの実験で実証している。

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selected fasta
>putative oxidoreductase [PokO1]
MEEHTRTDVCVVGGGPAGMTLALLLLRSGARVTVVERSSSLSREYRGEILQPGGLAVLDE
IGVLKGATDRGAHVLERFRLVEHGRVLMSFDYRRLQSPYNYLLSLPQAHLLAELLDRCQE
FPEFRYVVARVNGLIREGDAVRGVYAKAQDVTHTVRAACVVAADGRHSQVRRLAGIDHVR
QDVFDQDVVWFRLPATERLGEVMVNRAGGNPVLAYDSHPGAVQMGWTLPKGEWKRLAPLG
IGEVRRRITAATPQFADRVEGALRSFADVSLLDVFGAAAERWTGDGLVLIGDAAHTHGPL
GAQGINLAVQDAALLHPILLAAVTDGDVSAARLGEFERIRRPHIKAVMKFQAVQSRMMLS
ADSLATFLRPKLARVVMRTPIGAKFTQRIAFGAPGIRVADNLFTVNEKE
selected fasta
>putative oxidoreductase [PokO1]
ATGGAAGAACACACTCGCACGGACGTCTGCGTCGTCGGTGGCGGCCCCGCGGGCATGACC
CTGGCACTCCTGCTGCTGCGGTCCGGCGCACGCGTCACCGTCGTCGAGCGCAGCTCCTCG
CTCAGCCGCGAGTACCGCGGCGAGATCCTCCAGCCCGGCGGCCTCGCCGTCCTCGACGAG
ATCGGTGTCCTCAAGGGCGCCACCGACCGCGGCGCACACGTCCTGGAGCGGTTCCGGCTG
GTCGAGCACGGTCGCGTGCTGATGTCCTTCGACTACCGCAGGCTCCAGTCCCCGTACAAC
TACCTGCTCAGCCTGCCCCAGGCGCATCTGCTCGCCGAACTCCTGGACCGTTGCCAGGAG
TTCCCGGAGTTCCGCTACGTGGTGGCGCGGGTCAACGGCCTGATCCGGGAGGGCGACGCC
GTACGCGGTGTGTACGCCAAGGCCCAGGACGTCACGCACACCGTGCGCGCCGCCTGTGTG
GTCGCGGCGGACGGGCGCCACTCACAGGTCCGCCGGCTCGCCGGCATCGACCACGTCCGC
CAGGACGTCTTCGACCAGGACGTGGTCTGGTTCCGGCTGCCCGCGACGGAGCGTCTCGGC
GAAGTCATGGTGAACCGCGCCGGAGGCAACCCCGTGCTCGCCTACGACTCCCACCCGGGC
GCGGTGCAGATGGGCTGGACCCTGCCCAAGGGGGAGTGGAAGCGCCTGGCCCCGCTCGGC
ATCGGCGAGGTGCGCCGCAGGATCACCGCGGCGACCCCGCAGTTCGCCGACCGGGTCGAG
GGGGCGTTGCGCAGCTTCGCCGACGTCTCGCTCCTCGACGTGTTCGGCGCCGCCGCCGAG
CGGTGGACCGGCGACGGCCTCGTCCTCATCGGCGACGCCGCCCACACGCACGGCCCGCTC
GGCGCCCAGGGCATCAATCTCGCCGTCCAGGACGCCGCGCTGCTCCACCCGATCCTGCTC
GCCGCCGTCACGGACGGCGATGTGAGCGCGGCGCGGCTCGGAGAGTTCGAGAGGATCCGC
AGGCCGCACATCAAGGCCGTCATGAAGTTCCAGGCCGTGCAGAGCCGGATGATGCTCTCC
GCCGACAGCCTGGCCACCTTCCTGCGTCCCAAGCTCGCCCGAGTGGTGATGCGCACCCCG
ATCGGCGCCAAGTTCACCCAGCGGATCGCCTTCGGAGCCCCGGGCATCCGCGTCGCCGAC
AACCTCTTCACCGTCAACGAGAAAGAGTGA

close this sectionFeature

BLASTP
Database:UniProtKB:2011_09 		show BLAST table
InterPro
Database:interpro:38.0
IPR002938 Monooxygenase, FAD-binding (Domain)
[6-350] 1.29999999999998e-48 PF01494
PF01494   FAD_binding_3
IPR003042 Aromatic-ring hydroxylase-like (Domain)
[8-30] 1.50000306971104e-22 PR00420 [156-171] 1.50000306971104e-22 PR00420 [284-299] 1.50000306971104e-22 PR00420 [299-315] 1.50000306971104e-22 PR00420
PR00420   RNGMNOXGNASE
SignalP
[1-30] 0.365 Signal
Eukaryota   
TMHMM No significant hit
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