Polk_00310 : CDS information

Location

Organism	Streptomyces diastatochromogenes
Strain	Tü6028
Entry name	Polyketomycin
Contig	FJ483966
Start / Stop / Direction	39,186 / 39,971 / + [in whole cluster] 39,186 / 39,971 / + [in contig]
Location	39186..39971 [in whole cluster] 39186..39971 [in contig]
Type	CDS
Length	786 bp (261 aa)

Annotation

Category	3.4 other modification
Product	putative cyclase
Product (GenBank)	PokC2
Gene
Gene (GenBank)	pokC2
EC number
Keyword	2nd and 3rd ring
Note
Note (GenBank)	putative cyclase
Reference	ACC C0JWC6 PmId [19266534] Organisation of the biosynthetic gene cluster and tailoring enzymes in the biosynthesis of the tetracyclic quinone glycoside antibiotic polyketomycin. (Chembiochem. , 2009) comment polyketomycin生合成clusterの解析論文。機能推定は配列解析から。 pokC2: cyclase
Related Reference	ACC Q9L4U2 NITE Acla_00250 PmId [12715874] Studies on a second and third ring cyclization in anthracycline biosynthesis. (J Antibiot (Tokyo). , 2003) comment Blast 2nd, id74%, 1e-108 Streptomyces galilaeus_aknW Putative cyclase 異種性遺伝子発現によるanthracycline生合成での2nd and 3rd ring cyclizationの研究に焦点を合わせた論文。 cyclase gene_dpsYにpoint mutationがあるanthracycline非産生Streptomyces peucetius mutant D2は、putative cyclase gene S. galilaeus_aknWまたはS. nogalater_snoaMを含んだplasmidで相補され、daunomycinsを産生した。
	ACC Q9RN54 NITE Nogl_00250 PmId [11683270] The entire nogalamycin biosynthetic gene cluster of Streptomyces nogalater: characterization of a 20-kb DNA region and generation of hybrid structures. (Mol Genet Genomics. , 2001) [12715874] Studies on a second and third ring cyclization in anthracycline biosynthesis. (J Antibiot (Tokyo). , 2003) comment Blast 9th, id67%, 5e-96 Streptomyces nogalater_snoaM Putative polyketide cyclase -- [PMID: 11683270](2001) S. nogalater genomic DNA fragmentの配列解析と、異種性発現による産物解析。 nogalamycin生合成に関する20ORFsが明らかになった。 snoaM: polyketide cyclase snoaMは、aknW, orf1, dpsY, mtmYなどpolyketide cyclaseと有意な類似性あり。 promoter下にsnoaMを含むplasmid pSYE66は、S.peucetius mutant D2を相補し、D2の特徴的な産物である間違って環化されたanthracycline代謝産物(UWM5)の代わりに、anthracycline glycosidesを産生させることができる。 --- [PMID: 12715874](2003) cyclase gene_dpsYにpoint mutationがあるanthracycline非産生Streptomyces peucetius mutant D2は、putative cyclase gene S. galilaeus_aknWまたはS. nogalater_snoaMを含んだplasmidで相補され、daunomycinsを産生した。内在性cyclaseを持つS. lividans TK24株でsnoaMを含んだplasmidを発現すると、10倍のauramycinoneを産生をもたらした。内在性活性による影響のないS. coelicolor CH999では、snoaMを含んだplasmidでのみ、auramycinoneが形成される。
	ACC O68500 NITE Adria_00160 PmId [9573189] The Streptomyces peucetius dpsY and dnrX genes govern early and late steps of daunorubicin and doxorubicin biosynthesis. (J Bacteriol. , 1998) [10419974] The Streptomyces peucetius dpsC gene determines the choice of starter unit in biosynthesis of the daunorubicin polyketide. (J Bacteriol. , 1999) comment Blast 11th, id67%, 5e-94 Streptomyces peucetius_dpsY Polyketide cyclase -- [PMID: 9573189](1998) daunorubicin(DNR),doxorubicin(DXR)生合成に関与。mutantが別の変換体であるUWM5を蓄積することから、合成系初期の12-deoxyaklanonic acid(aklanonic acid)形成反応を触媒すると考えられる。 -- 同じ著者らの続報 [PMID: 10419974](1999) pWHM1011: tcmJ+dpsABCDGEF = UWM5 pWHM1012: tcmJ+dpsABCDGEFY = AA dpsYがないとshunt産物UWM5産生。 dpsYがあるとaklanonic acid(AA)産生。

Sequence

>putative cyclase [PokC2]
MRLVDLSSPVDARGWEPEPVTHEVITPAEGARHMADEMREHFGIDFDPSVLDDGELLSID
TLRLTSHTGTHIDAPAHYGTRASYREGPPRTVDELPLDWFHRPAVVLDLTDAEPGAVGAD
RIRAELDRTGVEPAPLDIVLLHTGADRWAGTEKYFTHFTGLDGPAVHLLLDLGVKVIGTD
AFSLDAPFGDILRRYRQTGDRSVLWPAHFTGRDREFCQIERLANLDRLPPHGFTLSCFPV
KIAGAGAGWTRAVAFIDDDEG

>putative cyclase [PokC2]
ATGAGACTGGTCGACCTGTCGTCACCCGTCGACGCCCGGGGCTGGGAGCCCGAGCCGGTG
ACCCACGAGGTGATCACACCGGCCGAGGGCGCCCGGCACATGGCCGACGAGATGCGTGAG
CACTTCGGCATCGACTTCGACCCGAGCGTGCTCGACGACGGCGAACTGCTGTCGATCGAC
ACGCTGCGGCTCACCTCCCACACCGGTACCCACATCGACGCGCCGGCCCACTACGGGACC
CGCGCCTCCTACCGCGAGGGTCCGCCCCGTACCGTCGACGAGCTCCCGCTCGACTGGTTC
CACCGGCCCGCCGTCGTCCTCGACCTCACCGACGCCGAGCCGGGCGCCGTCGGGGCCGAC
CGCATACGAGCCGAACTGGACCGGACGGGTGTCGAGCCGGCACCCCTGGACATCGTGCTC
CTGCACACCGGGGCCGACCGGTGGGCCGGCACGGAGAAGTACTTCACCCACTTCACGGGA
CTCGACGGACCCGCCGTGCACCTCCTGCTCGACCTGGGGGTGAAGGTGATCGGCACGGAC
GCGTTCAGCCTGGACGCGCCCTTCGGCGACATCCTGCGACGGTACCGGCAGACCGGGGAC
CGCTCGGTCCTGTGGCCCGCCCACTTCACGGGGCGCGACCGCGAGTTCTGCCAGATCGAG
CGTCTCGCCAACCTGGACCGGCTGCCTCCGCACGGCTTCACCCTCTCCTGCTTCCCCGTG
AAGATCGCTGGAGCCGGAGCAGGCTGGACCCGCGCGGTCGCTTTCATCGACGACGACGAG
GGCTGA

Feature

BLASTP Database:UniProtKB:2011_09	show BLAST table
InterPro Database:interpro:38.0	IPR007325 Putative cyclase (Family) PF04199 Cyclase
SignalP	Eukaryota
TMHMM	No significant hit

Polk_00300 Polk_00320