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Polk_00320 : CDS information

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Organism
StrainTü6028
Entry namePolyketomycin
Contig
Start / Stop / Direction39,977 / 41,092 / + [in whole cluster]
39,977 / 41,092 / + [in contig]
Location39977..41092 [in whole cluster]
39977..41092 [in contig]
TypeCDS
Length1,116 bp (371 aa)
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Category3.2 modification methylation
Productputative O-methyltransferase
Product (GenBank)PokMT3
Gene
Gene (GenBank)pokMT3
EC number2.1.1.-
Keyword
Note
Note (GenBank)
  • O-methyltransferase
Reference
ACC
PmId
[19266534] Organisation of the biosynthetic gene cluster and tailoring enzymes in the biosynthesis of the tetracyclic quinone glycoside antibiotic polyketomycin. (Chembiochem. , 2009)
comment
polyketomycin生合成clusterの解析論文。

pokMT3: O-methyltransferase

PokMT3はSAM-dependent methyltransferaseであると配列解析から提唱される。
FdmN, TcmN, ElmNII などO-methyltransferaseに似ている。

pokMT3不活化mutantはpolyketomycin非産生。
中間体、派生体も検出されず。

提唱されているのはpolyketomycinのringD(1st ring)のC-8 OH基へのO-methylationと、機能的な酵素複合体のために重要な構造的役割。

他のmutant産物解析の結果から、8-O-methylationはpolyketideの完全な環化の後に起こると考えられる。
Related Reference
ACC
P16559
PmId
[1548230] Nucleotide sequence of the tcmII-tcmIV region of the tetracenomycin C biosynthetic gene cluster of Streptomyces glaucescens and evidence that the tcmN gene encodes a multifunctional cyclase-dehydratase-O-methyl transferase. (J Bacteriol. , 1992)
comment
Blast 3rd, id52%, 3e-81, C-term側にhit[176-494/494aa]
Streptomyces glaucescens_tcmN
Multifunctional cyclase-dehydratase-3-O-methyl transferase tcmN

S.glaucescens由来の抗生剤tetracenomycin C (Tcm C)合成に関わる遺伝子の一つ、tcmNに関する実験論文。

Tcm CのC-3 OH基のメチル化に影響のあるtcmII, IV mutantでは、tcmII, IV領域に不全がある。
この領域からORF(tcmN)を同定。
tcmNを含むfragmentでこれらmutantsは相補される。

tcmNのN末側は117codonsまで削除されてもレベルは低下するものの相補が可能。
逆にC末側の削除は21codonsでも両mutantsの相補が激減する。
（と、本文にあるが、結果を示すTABLE 2からはそれを読み取れない。）

以上から、
・tcmNの翻訳が1つ以上の内部positionで開始できること、
・vivoではposition 118がstart siteとして使用されること、
・C末側は3-O-methyltransferaseをコードすること、
・N末側は3-O-methyltransferase不全の相補に関連しないこと、
が示唆されている。

TcmNのN末は非還元polyketide鎖のcyclaseであるが、その反応産物はTcmNのC末にあるmethyltransferaseの直接的な基質ではない。
ACC
Q7X2G8
NITE
Gilvo_00100
PmId
[22800463] Roles of the synergistic reductive O-methyltransferase GilM and of O-methyltransferase GilMT in the gilvocarcin biosynthetic pathway. (J Am Chem Soc. , 2012)
comment
Blast 54th, id36%, 7e-46
Streptomyces griseoflavus_gilMT
Putative O-methyltransferase

GilMT and GilMの調査。
recombinant enzymesを使った合成中間体とのin vitro実験。

モデル基質として2-aryl-5-hydroxy-1,4-naphthoquinoneを使用。
E.coliで発現、精製されたGilMTは、SAM存在下でこの基質のphenyl環のOH基がメチル化された化合物5を蓄積することを確認している。SAMがないとこの反応は起こらない。

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selected fasta
>putative O-methyltransferase [PokMT3]
MTDDIQVHTRGAQAAPGESDAGDTGPVAAYSFVDRPDVPPRQRLMLLANGQRFSAVVYAL
AELNVADQLVKGPRTVSELADAVGADEAALYRMLRCAALLGVFQELDGRQFALTPLAEGL
RTDLPDGVRDAVLLDGSGFFWGSFGSILHSARTGRPGFDAAHGMSFWEYLQGNPEAGEVF
DDAMTTISRRLGGLYLDRVDFSRFPVVADVGGGRGYFLAEILRRNPGVRGVLFDRAQVAD
TAGELLSEREVAHRVEVVGGDFFTDPVPAGCDAYVLKTVLHDWPDEKAVEILRGVRRAIG
DSAARLLVLEQVVAPGNTWDTAKFLDVDMLVVMGGRERNLDEWRALLAAGGFALDCEPAV
GDWAVLECRPC
selected fasta
>putative O-methyltransferase [PokMT3]
ATGACCGACGACATCCAGGTGCATACGCGCGGGGCCCAGGCGGCGCCGGGCGAGAGCGAC
GCGGGCGACACCGGGCCGGTGGCGGCGTACTCCTTCGTCGACCGGCCGGACGTCCCGCCG
CGCCAGCGGCTCATGCTGCTCGCCAACGGGCAGCGCTTCTCCGCCGTCGTGTACGCGCTC
GCCGAACTCAACGTCGCCGACCAGCTGGTCAAGGGACCCCGCACGGTCTCCGAACTGGCC
GACGCGGTCGGCGCCGACGAGGCGGCGCTCTACCGCATGCTGCGCTGTGCCGCCCTGCTC
GGTGTGTTCCAGGAGCTCGACGGGCGGCAGTTCGCCCTCACCCCCCTCGCCGAGGGGCTG
CGCACCGACCTGCCCGACGGGGTGCGGGACGCCGTGCTGCTCGACGGATCCGGTTTCTTC
TGGGGCTCGTTCGGCTCGATCCTGCACTCCGCGCGGACCGGCCGGCCCGGCTTCGACGCC
GCGCACGGTATGTCGTTCTGGGAGTACCTCCAGGGCAACCCGGAGGCGGGCGAGGTCTTC
GACGACGCCATGACCACCATCAGCCGGCGGCTCGGCGGGCTCTATCTGGACCGCGTCGAC
TTCTCCCGGTTCCCCGTCGTCGCCGACGTCGGCGGAGGCCGGGGCTACTTCCTCGCCGAG
ATCCTGCGGCGCAACCCCGGCGTCCGCGGTGTGCTCTTCGACCGTGCGCAAGTAGCCGAC
ACCGCAGGTGAGTTGCTGAGCGAGCGTGAGGTCGCCCACCGCGTGGAGGTGGTCGGCGGC
GACTTCTTCACCGACCCGGTCCCGGCCGGCTGCGACGCGTACGTCCTGAAGACCGTGCTG
CACGACTGGCCGGACGAGAAGGCCGTGGAGATCCTGCGCGGCGTACGACGGGCCATCGGC
GACTCCGCGGCGCGCCTGCTCGTCCTCGAACAGGTCGTGGCACCCGGCAACACCTGGGAC
ACCGCCAAGTTCCTGGACGTCGACATGCTCGTGGTGATGGGCGGGCGCGAGCGCAACCTC
GACGAATGGCGCGCGCTGCTCGCCGCCGGCGGCTTCGCCCTGGACTGCGAACCGGCCGTC
GGCGACTGGGCGGTACTGGAATGCAGGCCGTGCTGA

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BLASTP
Database:UniProtKB:2011_09 		show BLAST table
InterPro
Database:interpro:38.0
IPR001077 O-methyltransferase, family 2 (Domain)
[109-347] 1.09999999999999e-62 PF00891
PF00891   Methyltransf_2
IPR011991 Winged helix-turn-helix transcription repressor DNA-binding (Domain)
[41-118] 1e-12 G3DSA:1.10.10.10
G3DSA:1.10.10.10   Wing_hlx_DNA_bd
IPR016461 O-methyltransferase, caffeic acid-type (Family)
[24-370] 1.89999859865864e-13 PIRSF005739
PIRSF005739   O-mtase
SignalP
[1-14] 0.099 Signal
Bacteria, Gram-negative   
TMHMM No significant hit
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