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Polk_00330 : CDS information

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Organism
StrainTü6028
Entry namePolyketomycin
Contig
Start / Stop / Direction41,211 / 41,663 / + [in whole cluster]
41,211 / 41,663 / + [in contig]
Location41211..41663 [in whole cluster]
41211..41663 [in contig]
TypeCDS
Length453 bp (150 aa)
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Category5.4 hypothetical protein
Producthypothetical protein
Product (GenBank)PokC1
Gene
Gene (GenBank)pokC1
EC number
Keyword
Note
Note (GenBank)
  • putative cyclase
Reference
ACC
PmId
[19266534] Organisation of the biosynthetic gene cluster and tailoring enzymes in the biosynthesis of the tetracyclic quinone glycoside antibiotic polyketomycin. (Chembiochem. , 2009)
comment
polyketomycin生合成clusterの解析論文。

機能推定は配列解析から。
pokC1: cyclase
Related Reference
ACC
Q2PA04
NITE
Stref_00110
PmId
[16751529] Isolation, characterization, and heterologous expression of the biosynthesis gene cluster for the antitumor anthracycline steffimycin. (Appl Environ Microbiol. , 2006)
comment
Blast 8th, id50%, 1e-27
Streptomyces steffisburgensis_stfX
Cyclase
[DoBISCUIT]hypothetical protein

StfXはpolyketideの4番目の環化をすると考えられていたが、stfX不活化mutantでも4th ring cyclizationされたcompound 1を検出。
よってこの環化は自発的に発生し、StfXはこの過程を促進するとされている。
ACC
Q9ZAT9
NITE
Adria_00050
PmId
[9864344] Doxorubicin overproduction in Streptomyces peucetius: cloning and characterization of the dnrU ketoreductase and dnrV genes and the doxA cytochrome P-450 hydroxylase gene. (J Bacteriol. , 1999)
[10631513] A two-plasmid system for the glycosylation of polyketide antibiotics: bioconversion of epsilon-rhodomycinone to rhodomycin D. (Chem Biol. , 1999)
comment
Blast 15th, id47%, 1e-24, N末約40aa余る
Streptomyces peucetius_dpsH
Daunorubicin biosynthesis enzyme
[DoBISCUIT]hypothetical protein

---
[PMID: 9864344](1999)
dpsH::aphII mutantは、有意な量のRHOを蓄積したが、daunorubicin (DNR) or doxorubicin (DXR)はしなかった。(TLC and HPLC analysis)
このmutantでの相補実験もしたがdpsH geneの役割についての明白な結論に到達できなかった。
dpsHはdaunosamine生合成またはRHOへのdaunosamine付着に関連する可能性あり？

---
[PMID: 10631513](1999)
dpsH(dnmW) geneの役割の再評価をしている。
dpsH in-frame mutantは、RHOの蓄積が増える(160-273%)が、DNR(23-34%) and DXR(10-24%)の産生もまだいくらかある。
よってdpsHは、anthracycline glycosides RHOD, DNR and DXRの形成において、重要ではあるが絶対的に必要ではない。これを受けてdpsH→dnmWへ改名している。

DiscussionにdnmQ or dnmWどちらかの欠損は厳しくdTDP-daunosamineの形成を減らす、との記述があるがdTDP-daunosamine量を測定している実験の記載はなく由来不明。
ACC
Q53925
NITE
Actino_00020
PmId
[17227452] Possible involvement of ActVI-ORFA in transcriptional regulation of actVI tailoring-step genes for actinorhodin biosynthesis. (FEMS Microbiol Lett. , 2007)
comment
Blast 37th, id38%, 6e-13
Streptomyces coelicolor_ORFA
Hydroxylacyl-CoA dehydrogenase
[DoBISCUIT]hypothetical protein

actVI-ORFA mutantはactinorhodin産生減少、中間体(S)-DNPAとshunt産物(S)-NHABを蓄積。相補で回復。
また、同じmutantでactVI-ORF1発現量が減少。相補で回復。
よってActVI-ORFAは、post-PKS tailoring enzymeであるactVI-ORF1の発現を通してactinorhodin産生に影響を与えるregulatory roleを持つ可能性あり。

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selected fasta
>hypothetical protein [PokC1]
MTDTTLDAAPAQEALYTEVQQFYARHMQLLDSGRAEEWAQTFTEDGEFAPEHRPEPVVGR
TALARAVRSAHEALVAAGEVRRHWHGMVAVDSAADGSLHVRCYALIIGTVLGGDPQVRMS
CVCEDVLVREDGELKVSRRRVTKDGVGAPG
selected fasta
>hypothetical protein [PokC1]
ATGACCGACACCACCCTCGACGCGGCGCCCGCTCAGGAGGCGCTCTACACCGAGGTGCAG
CAGTTCTACGCCCGCCACATGCAGCTCCTGGACAGCGGCAGGGCCGAGGAGTGGGCGCAG
ACCTTCACCGAGGACGGGGAGTTCGCGCCGGAGCACCGGCCCGAACCCGTCGTCGGCAGG
ACCGCCCTGGCGCGCGCCGTGCGTTCCGCCCACGAGGCGCTGGTGGCCGCCGGCGAGGTG
CGACGCCACTGGCACGGCATGGTCGCGGTGGACTCCGCGGCCGACGGTTCGCTGCACGTT
CGGTGCTACGCGCTCATCATCGGCACCGTGCTGGGCGGCGATCCCCAGGTCAGGATGAGC
TGTGTGTGCGAGGACGTGCTCGTCCGCGAGGACGGCGAGCTGAAGGTCAGCCGACGGCGC
GTGACCAAGGACGGTGTGGGCGCGCCCGGCTGA

close this sectionFeature

BLASTP
Database:UniProtKB:2011_09 		show BLAST table
InterPro
Database:interpro:38.0 		No significant hit
SignalP No significant hit
TMHMM No significant hit
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