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Polk_00340 : CDS information

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Organism
StrainTü6028
Entry namePolyketomycin
Contig
Start / Stop / Direction42,076 / 41,747 / - [in whole cluster]
42,076 / 41,747 / - [in contig]
Locationcomplement(41747..42076) [in whole cluster]
complement(41747..42076) [in contig]
TypeCDS
Length330 bp (109 aa)
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Category3.3 modification reduction
Productputative oxidoreductase
Product (GenBank)PokO3
Gene
Gene (GenBank)pokO3
EC number
Keyword
  • quinone formation
Note
Note (GenBank)
  • putative monooxygenase
Reference
ACC
PmId
[19266534] Organisation of the biosynthetic gene cluster and tailoring enzymes in the biosynthesis of the tetracyclic quinone glycoside antibiotic polyketomycin. (Chembiochem. , 2009)
comment
polyketomycin生合成clusterの解析論文。

pokO3: mono-oxygenase

配列解析とPOK-IP3の構造から、putative anthrone oxygenase PokO3によって触媒されるringDでのp-quinone形成はpolyketomycin生合成の際に最終ステップである、と提唱。
Related Reference
ACC
Q8VWB4
PmId
[12399480] Expression, purification, and characterization of AknX anthrone oxygenase, which is involved in aklavinone biosynthesis in Streptomyces galilaeus. (J Bacteriol. , 2002)
comment
Blast 8th, id34%, 1e-09
Streptomyces galilaeus_aknX
AknX

AknXをE.coliで過剰発現、精製、酵素活性測定。
emodinanthrone → anthraquinone emodinへ変換するanthrone oxygenase activity確認あり。
TcmHのようなoxygen activationのための補欠分子族を持たないので、peroxy anion intermediateを介した異なるメカニズムが提唱されている。

anthranol anionの形成で反応は始まり、それは固定された向きでTrp-67とのπ-π複合体形成によって安定化される。それからhydroperoxyanthroneがdioxygen添加によって形成され、続いてanthraquinone形成のためにdehydrateされる、と提唱されている(Fig9)。
ACC
O54259
NITE
Nogl_00350
PmId
[19255477] Expression, purification and crystallization of the cofactor-independent monooxygenase SnoaB from the nogalamycin biosynthetic pathway. (Acta Crystallogr Sect F Struct Biol Cryst Commun. , 2009)
[20052967] Crystal structure of the cofactor-independent monooxygenase SnoaB from Streptomyces nogalater: implications for the reaction mechanism. (Biochemistry. , 2010)
comment
Blast 14th, id34%, 2e-07
Streptomyces nogalater_snoaB
SnoaB
[DoBISCUIT]12-deoxynogalonic acid C-12 oxygenase

--
[PMID: 19255477](2009)
SnoaBは、
12-deoxy-nogalonic acid → nogalonic acid
へのposition12でのoxygenationを触媒する12-deoxy-nogalonic acid oxygenaseである。

prosthetic group, cofactor or metal ionの助けなしにoxygenation反応を実行するsmall cofactor-free oxygenasesのfamilyに属する。
methinonine→selenomethionine置換したmutantでoxygenase activityを測定して、wildと比較している。

--
[PMID: 20052967](2010) abstract
vitroでの(18)O2実験で、基質に取り込まれた酸素原子が酸素分子に由来することを確認。
結晶構造解析、site-directed mutagenesis実験により酵素反応に重要な残基を同定し、反応メカニズムを提唱。

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selected fasta
>putative oxidoreductase [PokO3]
MTPDHHRPRPRSTTMVTLINKFTVTGEVDAFRRAIAEVSAYMQAQPGFISHEVYRSISKP
NIFVETAHWDDPDSHKRAVQSEEFRNRVRGLAGLATPDADLYAPVGEDR
selected fasta
>putative oxidoreductase [PokO3]
ATGACACCGGACCACCACCGACCCCGACCAAGGAGTACGACCATGGTGACCCTGATCAAC
AAGTTCACGGTGACGGGCGAAGTAGACGCGTTCCGGCGCGCCATCGCCGAGGTCAGCGCC
TACATGCAGGCGCAGCCGGGCTTCATCAGCCACGAGGTCTACCGCTCGATCAGCAAGCCG
AACATCTTCGTGGAGACCGCCCACTGGGACGACCCCGACTCGCACAAAAGGGCGGTGCAG
AGCGAGGAGTTCCGCAACCGTGTCCGCGGCCTGGCCGGTCTCGCCACGCCCGACGCCGAC
CTGTACGCGCCGGTCGGCGAGGATCGCTGA

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BLASTP
Database:UniProtKB:2011_09 		show BLAST table
InterPro
Database:interpro:38.0
IPR007138 Antibiotic biosynthesis monooxygenase (Domain)
[15-87] 7.1e-16 PF03992
PF03992   ABM
IPR011008 Dimeric alpha-beta barrel (Domain)
[15-101] 1.60000240695997e-17 SSF54909
SSF54909   Dimer_A_B_barrel
SignalP No significant hit
TMHMM No significant hit
Polk_00330 Polk_00330   Polk_00350 Polk_00350
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