Pyrlo_00260 : CDS information

Location

Organism	Actinosporangium vitaminophilum
Strain	ATCC 31673 (=NBRC 14294)
Entry name	Pyrrolomycin
Contig	EF140901
Start / Stop / Direction	44,146 / 45,054 / + [in whole cluster] 44,146 / 45,054 / + [in contig]
Location	44146..45054 [in whole cluster] 44146..45054 [in contig]
Type	CDS
Length	909 bp (302 aa)

Annotation

Category	1.4 Other
Product	putative type II thioesterase
Product (GenBank)	thioesterase
Gene
Gene (GenBank)	pyr26
EC number
Keyword	type II thioesterase
Note
Note (GenBank)
Reference	ACC A3R4R7 PmId [17158935] Cloning and characterization of the pyrrolomycin biosynthetic gene clusters from Actinosporangium vitaminophilum ATCC 31673 and Streptomyces sp. strain UC 11065. (Antimicrob Agents Chemother. , 2007) comment pyrrolomycin biosynthetic gene clustersに関する文献。 pyr26(302 a.a.): thioesterase pyr26自体の機能実験は行われていないが、相同性よりtype II thioesteraseと予測している。
Related Reference	ACC Q9ZGI1 NITE Pikro_00070 PmId [9770448] A gene cluster for macrolide antibiotic biosynthesis in Streptomyces venezuelae: architecture of metabolic diversity. (Proc Natl Acad Sci U S A. , 1998) [10421766] Elucidating the mechanism of chain termination switching in the picromycin/methymycin polyketide synthase. (Chem Biol. , 1999) [10676969] Alternative modular polyketide synthase expression controls macrolactone structure. (Nature. , 2000) [10713461] Genetic architecture of the polyketide synthases for methymycin and pikromycin series macrolides. (Gene. , 2000) [11223265] The Streptomyces venezuelae pikAV gene contains a transcription unit essential for expression of enzymes involved in glycosylation of narbonolide and 10-deoxymethynolide. (Gene. , 2001) [12368286] Biochemical evidence for an editing role of thioesterase II in the biosynthesis of the polyketide pikromycin. (J Biol Chem. , 2002) comment BLAST id39% Streptomyces venezuelae_pikAV Thioesterase II PikAV --- [PMID: 9770448](1998) 12員環骨格を持つMethymycin and Neomethymycinと、14員環骨格を持つNarbomycin and Pikromycinの生合成で共有されるclusterの同定。 PikAV: TEII pikAV deletion/replacement mutantはmethymycin, neomethymycin or pikromycinを、wild-type S.venezuelaeと比べて5%以下しか産生しなかった。それらの中間体である10-deoxymethynolide or narbonolideの蓄積も検出されなかった。 --- [PMID: 10421766](1999) pikAI-AIVをS. lividansで異種性発現し、12員環前駆体10-deoxymethynolideと14員環前駆体narbonolideの産生を確認。Pik TEII thioesterase(pikAV)も同時に発現させると産生レベルは増加するが、2つの化合物の比率は変わらない。 --- [PMID: 10676969](2000) PikAIVのTE domain, TEII gene(pikAV)に関するmutantを作成。 TEII 単独ではpolyketide終結に十分でない。 --- [PMID: 10713461](2000) ・12員環＋14員環マクロライドを産生するS. venezuelae ATCC 15439 ・主に12員環マクロライドを産生するS. venezuelae ATCC 15068 ・14員環マクロライドのみを産生するS. narbonensis ATCC 19790 の3株のPKSの配列解析から、その産生調節の違いを検討している。 S. venezuelae ATCC 15439のpik clusterの5つの遺伝子座のうちPKSのpikAをシークエンスし、遺伝子構成を示している。 pik TEII 単独ではpolyketide鎖長を決定する因子になりえない。 --- [PMID: 11223265](2001) pikAV in-frame deletionするとaglycone formだがpolyketide産物量は正常のまま。このdeletion株にdesVIII-VI and desRをplasmidで発現させると、機能的なPikAVはなくてもglycosylated products産生を完全に回復。したがって、PikAV TE II はpolyketide生合成において重要な役割をしておらず、削除されたpikAV DNAの領域はdes genesの発現のために必須の転写unitを含む。 --- [PMID: 12368286](2002) 精製されたrecombinant TEIIでvitro enzyme assays. TEII(PikAV)はacyl-ACP thioestersを加水分解できる。長い半減期をもつ異常なacyl-ACP種を優先的に取り除く。

Sequence

>putative type II thioesterase [thioesterase]
MNSYVRSLATVTQAACAALEAVGKAPRRGKEPDPEGPLTTPVSPDPGATRDDANSLTLYC
LAHAGGSAIPYTRWNRFLPAGVRVEPLELPGHGARLREPLLEQVEPIVADLLRTVGPRRG
APFALFGHSFGAVLAFELTRRLVRLGTPPAALLVAGRNGPTQPLAHRPIHNLDDEAFVAA
LIRFGGMPQALLEQPELLRIYLPVLRVDLRLAETHPRPPGPPFDVPVTAFGGRRDVLADP
EGLLTWERETTGEFELALLPGGHFFLDEPAFHSLLLSRLARLTPRATGNDPLSRGTTPAA
RR

>putative type II thioesterase [thioesterase]
ATGAATTCGTACGTGAGATCGCTCGCCACCGTTACTCAAGCCGCTTGCGCCGCACTAGAG
GCAGTGGGGAAGGCCCCCAGGCGGGGCAAGGAACCAGACCCGGAGGGCCCGTTGACCACA
CCTGTCTCCCCCGATCCCGGCGCGACCAGGGACGACGCCAACTCACTCACGCTGTACTGC
CTGGCCCACGCGGGCGGCAGCGCCATCCCCTACACGCGGTGGAACCGGTTCCTGCCGGCC
GGTGTCAGGGTCGAACCCCTGGAACTCCCGGGCCACGGCGCGCGGCTGCGCGAGCCGCTG
CTCGAGCAGGTGGAGCCCATCGTGGCGGACCTGTTGCGCACCGTGGGGCCGCGCCGGGGA
GCGCCGTTCGCACTCTTCGGTCACAGTTTCGGCGCGGTACTCGCGTTCGAGTTGACCCGC
CGGCTGGTCCGCCTCGGCACTCCGCCCGCCGCCCTCCTGGTCGCCGGGCGCAACGGCCCG
ACCCAGCCGCTGGCCCACCGCCCGATCCACAACCTGGACGACGAGGCGTTCGTCGCGGCG
CTCATCCGGTTCGGCGGCATGCCGCAGGCCCTGTTGGAGCAGCCGGAACTGCTGCGGATC
TACCTGCCGGTGCTGCGGGTGGACCTACGGCTCGCCGAAACCCATCCGCGCCCGCCGGGG
CCGCCGTTCGACGTGCCGGTGACGGCCTTCGGCGGCCGGCGGGACGTGCTCGCCGACCCG
GAGGGCCTGTTGACCTGGGAGCGGGAGACCACCGGGGAGTTCGAGCTCGCCCTGCTTCCC
GGCGGTCACTTCTTCCTCGACGAACCGGCGTTCCACTCCCTGCTGCTGTCCCGGCTGGCC
CGCCTGACCCCACGGGCCACCGGGAACGATCCGCTCAGCCGCGGAACGACACCGGCAGCG
CGCCGGTGA

Feature

BLASTP Database:UniProtKB:2011_09	show BLAST table
InterPro Database:interpro:38.0	IPR001031 Thioesterase (Domain) PF00975 Thioesterase
SignalP	Bacteria, Gram-negative Bacteria, Gram-positive
TMHMM	No significant hit

Pyrlo_00250 Pyrlo_00270