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Pyrlo_00290 : CDS information

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Organism
StrainATCC 31673 (=NBRC 14294)
Entry namePyrrolomycin
Contig
Start / Stop / Direction46,328 / 47,671 / + [in whole cluster]
46,328 / 47,671 / + [in contig]
Location46328..47671 [in whole cluster]
46328..47671 [in contig]
TypeCDS
Length1,344 bp (447 aa)
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Category2.2 modification addition of starter unit
Productputative FADH2-dependent L-pyrrolyl-PCP halogenase
Product (GenBank)halogenase
Gene
Gene (GenBank)pyr29
EC number
Keyword
  • dichlorination
  • pyrrole ring moiety
Note
Note (GenBank)
Reference
ACC
PmId
[17158935] Cloning and characterization of the pyrrolomycin biosynthetic gene clusters from Actinosporangium vitaminophilum ATCC 31673 and Streptomyces sp. strain UC 11065. (Antimicrob Agents Chemother. , 2007)
comment
pyrrolomycin biosynthetic gene clustersに関する文献。

pyr29(447 a.a.): halogenase

pyr29自体の機能実験は行われていないが、相同性よりhalogenaseと予測している。
通常のhalogenaseに存在する2つのmotifも保存されている。

Pyr29はPltAとの相同性より、pyrrolomycinの4,5-dichloropyrrole moietyを形成すると予想されている。
Related Reference
ACC
Q9X3R1
NITE
Pyolu_00040
PmId
[10094695] Characterization of the pyoluteorin biosynthetic gene cluster of Pseudomonas fluorescens Pf-5. (J Bacteriol. , 1999)
[16162666] Dichlorination of a pyrrolyl-S-carrier protein by FADH2-dependent halogenase PltA during pyoluteorin biosynthesis. (Proc Natl Acad Sci U S A. , 2005)
comment
Blast 4th, id66%, 1e-175
Pseudomonas fluorescens_pltA
Putative halogenase

---
[PMID: 10094695](1999)
pyoluteorin生合成clusterの5'側 pltM-pltGについての論文
pltA: halogenase @pyrrole chlorination

PltA, PltD, and PltMは、二次代謝産物をchlorinateするhalogenase enzymesの新しいクラスに属する。
(fig5では、PKSに取り込まれる前のstarter unit prolineがchlorinateされる経路も示されている。)

NADH cofactor bindingに必要な構造を担うmotifをPltAとPltMは持っているが、PltDは持っていない。
pltMはRBSが見当たらず、上流pltRとoverlapもあることから、pltMとpltRは翻訳共役であると考えられる。

pltAを挿入不活化するとpyoluteorin産生されないので、PltAはpyoluteorin合成に必須。

---
[PMID: 16162666](2005)
PltAとPltMについて検討した論文。

PltAはpyrrolyl-S-PltLのpyrrole環をdichlorinationを触媒するFADH2-dependent halogenaseである。
先にposition 5で、次にposition 4でchlorinationすることを、HPLCによる中間体の解析で確認している。
PltA活性は、NAD(P)Hを使用してFADH2を産生する異種性のflavin reductaseに依存する。

dichlorinationのメカニズムは、heteroaromatic pyrrole部分のelectron rich C4 and C5による捕獲のためのFAD-4a-OCl中間体形成に関連することが提唱されている。

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selected fasta
>putative FADH2-dependent L-pyrrolyl-PCP halogenase [halogenase]
MDAEFDIGIIGGGPAGSTAASYLAKAGLKVAVFEAETFPREHVGESLVPATTPVLIETGA
MPKVEAANFPKKFGAAWTSAEDRNIDHNGFRGLTHDFRAAEILFNERDQDGVDRDYTFHV
DRGKFDQILLQHAESLGAKVFHGIRIGKVDFDGEMPVLEAKIGSKSVDIPVRMVVDASGR
QTRLGNQLKFKVPDPIFNQYAVHSWFDNFDRKALAVNKDQADYIFIHFLPVTDTWVWQIP
ITDTITSIGVVSQKKRFQEFAGDREKFFWDTVASRPELLDALKNSDQVRPFKTEGDYSYG
MSQIAGDNFVLIGDAARFVDPIFSSGVSVALNSARLACKDIIAAAEAGDFKKERFGTYER
KLRKGVSNWYEFIQIYYRLNILFTAFVQDDRYRLDVLKMLQGDVYDDEEPKALAAMREIV
KAVEDDPTHLWHPYLGSLKAPSAKPQF
selected fasta
>putative FADH2-dependent L-pyrrolyl-PCP halogenase [halogenase]
GTGGACGCAGAGTTCGACATTGGCATCATCGGCGGCGGCCCGGCCGGCTCAACGGCTGCT
TCCTATCTCGCCAAAGCTGGCCTGAAAGTCGCAGTCTTCGAAGCCGAAACGTTCCCCAGG
GAGCATGTGGGCGAATCCCTGGTCCCCGCCACCACTCCCGTCCTCATCGAGACCGGCGCC
ATGCCCAAGGTGGAGGCGGCGAACTTCCCCAAGAAGTTCGGTGCCGCCTGGACCTCGGCC
GAAGACCGGAACATCGACCACAACGGCTTCCGCGGACTCACCCACGACTTCCGCGCCGCT
GAGATCCTGTTCAACGAGCGCGACCAGGACGGTGTGGACCGCGACTACACCTTCCACGTG
GACCGGGGCAAGTTCGACCAGATCCTCCTCCAGCACGCGGAGAGCCTCGGGGCCAAGGTG
TTCCACGGCATCCGCATCGGCAAGGTGGACTTCGACGGCGAGATGCCGGTGCTCGAGGCC
AAGATCGGCAGCAAGTCGGTCGACATCCCGGTCCGCATGGTCGTGGACGCCAGCGGCCGG
CAGACCCGCCTCGGCAACCAGCTCAAGTTCAAGGTCCCGGACCCGATCTTCAACCAGTAC
GCGGTCCACTCGTGGTTCGACAACTTCGACCGCAAGGCCCTGGCGGTCAACAAGGACCAG
GCGGACTACATCTTCATCCACTTCCTGCCGGTCACCGACACCTGGGTGTGGCAGATCCCC
ATCACCGACACCATCACCTCGATCGGTGTGGTCAGCCAGAAGAAGCGGTTCCAGGAGTTC
GCCGGGGACCGGGAGAAGTTCTTCTGGGACACCGTCGCCAGCCGCCCCGAACTGCTCGAC
GCCCTGAAGAACTCGGACCAGGTCCGGCCCTTCAAGACCGAGGGTGACTACAGCTACGGC
ATGTCGCAGATCGCGGGCGACAACTTCGTCCTCATCGGCGACGCGGCCCGCTTCGTGGAC
CCGATCTTCTCCAGCGGTGTGTCCGTGGCGCTCAACAGCGCCCGCCTCGCCTGCAAGGAC
ATCATCGCCGCCGCCGAGGCGGGCGACTTCAAGAAGGAGCGCTTCGGGACCTACGAGCGC
AAGCTGCGCAAGGGCGTCTCGAACTGGTACGAGTTCATCCAGATCTACTACCGGCTCAAC
ATCCTGTTCACCGCGTTCGTCCAGGACGACCGGTACCGCCTGGACGTGCTGAAGATGCTC
CAGGGCGACGTCTACGACGACGAGGAGCCCAAGGCCCTCGCCGCCATGCGGGAGATCGTC
AAGGCGGTGGAGGACGACCCCACCCACCTGTGGCACCCGTACCTCGGCAGCCTCAAGGCC
CCGTCGGCGAAGCCCCAGTTCTGA

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BLASTP
Database:UniProtKB:2011_09 		show BLAST table
InterPro
Database:interpro:38.0
IPR003042 Aromatic-ring hydroxylase-like (Domain)
[6-28] 1.19999985703101e-07 PR00420 [306-321] 1.19999985703101e-07 PR00420
PR00420   RNGMNOXGNASE
IPR006905 Tryptophan halogenase (Family)
[6-78] 1.7e-11 PF04820 [112-380] 1.69999999999999e-20 PF04820
PF04820   Trp_halogenase
SignalP No significant hit
TMHMM No significant hit
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