R1128_00100 : CDS information

Location

Organism	Streptomyces sp.
Strain	R1128
Entry name	R1128
Contig	AF293442
Start / Stop / Direction	11,409 / 12,179 / + [in whole cluster] 11,409 / 12,179 / + [in contig]
Location	11409..12179 [in whole cluster] 11409..12179 [in contig]
Type	CDS
Length	771 bp (256 aa)

Annotation

Category	3.4 other modification
Product	putative cyclase
Product (GenBank)	cyclase
Gene
Gene (GenBank)	zhuJ
EC number
Keyword
Note
Note (GenBank)
Reference	ACC Q9F6D2 PmId [10931852] Cloning, nucleotide sequence, and heterologous expression of the biosynthetic gene cluster for R1128, a non-steroidal estrogen receptor antagonist. Insights into an unusual priming mechanism. (J Biol Chem. , 2000) comment R1128 gene clusterがあると予測されるStreptomyces sp. R1128の40kb領域をS.lividans K4-114で異種性発現し、産物としてR1128Cと新規産物HU235を検出。この領域をシークエンスして、生合成genesがすべて含まれていそうな17kb領域をサブクローニング、oligonucleotide walkingして正確な配列を得た。 zhuJ: Cyclase 配列解析から、C-5とC-14の間の2つめのアルドール縮合を触媒すると提唱されている。
Related Reference	ACC Q9RN54 NITE Nogl_00250 PmId [11683270] The entire nogalamycin biosynthetic gene cluster of Streptomyces nogalater: characterization of a 20-kb DNA region and generation of hybrid structures. (Mol Genet Genomics. , 2001) [12715874] Studies on a second and third ring cyclization in anthracycline biosynthesis. (J Antibiot (Tokyo). , 2003) comment Blast 10th, id46%, 2e-53 Streptomyces nogalater_snoaM Putative polyketide cyclase -- [PMID: 11683270](2001) S. nogalater genomic DNA fragmentの配列解析と、異種性発現による産物解析。 nogalamycin生合成に関する20ORFsが明らかになった。 snoaM: polyketide cyclase snoaMは、aknW, orf1, dpsY, mtmYなどpolyketide cyclaseと有意な類似性あり。 promoter下にsnoaMを含むplasmid pSYE66は、S.peucetius mutant D2を相補し、D2の特徴的な産物である間違って環化されたanthracycline代謝産物(UWM5)の代わりに、anthracycline glycosidesを産生させることができる。 --- [PMID: 12715874](2003) cyclase gene_dpsYにpoint mutationがあるanthracycline非産生Streptomyces peucetius mutant D2は、putative cyclase gene S. galilaeus_aknWまたはS. nogalater_snoaMを含んだplasmidで相補され、daunomycinsを産生した。内在性cyclaseを持つS. lividans TK24株でsnoaMを含んだplasmidを発現すると、10倍のauramycinoneを産生をもたらした。内在性活性による影響のないS. coelicolor CH999では、snoaMを含んだplasmidでのみ、auramycinoneが形成される。
	ACC O68500 NITE Adria_00160 PmId [9573189] The Streptomyces peucetius dpsY and dnrX genes govern early and late steps of daunorubicin and doxorubicin biosynthesis. (J Bacteriol. , 1998) [10419974] The Streptomyces peucetius dpsC gene determines the choice of starter unit in biosynthesis of the daunorubicin polyketide. (J Bacteriol. , 1999) comment Blast 25th, id46%, 2e-48 Streptomyces peucetius_dpsY Polyketide cyclase -- [PMID: 9573189](1998) daunorubicin(DNR),doxorubicin(DXR)生合成に関与。mutantが別の変換体であるUWM5を蓄積することから、合成系初期の12-deoxyaklanonic acid(aklanonic acid)形成反応を触媒すると考えられる。 -- 同じ著者らの続報 [PMID: 10419974](1999) pWHM1011: tcmJ+dpsABCDGEF = UWM5 pWHM1012: tcmJ+dpsABCDGEFY = AA dpsYがないとshunt産物UWM5産生。 dpsYがあるとaklanonic acid(AA)産生。
	ACC Q9L4U2 NITE Acla_00250 PmId [12715874] Studies on a second and third ring cyclization in anthracycline biosynthesis. (J Antibiot (Tokyo). , 2003) comment Blast 26th, id43%, 3e-48 Streptomyces galilaeus_aknW Putative cyclase 異種性遺伝子発現によるanthracycline生合成での2nd and 3rd ring cyclizationの研究に焦点を合わせた論文。 cyclase gene_dpsYにpoint mutationがあるanthracycline非産生Streptomyces peucetius mutant D2は、putative cyclase gene S. galilaeus_aknWまたはS. nogalater_snoaMを含んだplasmidで相補され、daunomycinsを産生した。

Sequence

>putative cyclase [cyclase]
MSGRKTFLDLSFATRDTPSEATPVVVDLLDHVTGATVLGLSPEDFPDGMAISNETVTLTT
HTGTHMDAPLHYGPLSGGVPAKSIDQVPLEWCYGPGVRLDVRHVPAGDGITVDHLNAALD
AAEHDLAPGDIVMLWTGADALWGTREYLSTFPGLTGKGTQFLVEAGVKVIGIDAWGLDRP
MAAMIEEYRRTGDKGALWPAHVYGRTREYLQLEKLNNLGALPGATGYDISCFPVAVAGTG
AGWTRVVAVFEQEEED

>putative cyclase [cyclase]
GTGAGCGGCCGCAAGACGTTCCTCGACCTGAGCTTCGCGACCCGGGACACCCCCAGCGAG
GCCACCCCGGTCGTCGTCGACCTGCTCGACCACGTGACCGGCGCGACGGTGCTCGGGCTG
AGCCCCGAGGACTTCCCCGACGGCATGGCCATCTCGAACGAGACGGTCACCCTCACCACG
CACACCGGCACGCACATGGACGCGCCGCTGCACTACGGCCCGCTCAGCGGCGGCGTGCCG
GCCAAGTCGATCGACCAGGTCCCGCTGGAGTGGTGCTACGGCCCGGGCGTGCGCCTGGAC
GTGCGGCACGTGCCGGCCGGCGACGGCATCACCGTCGACCACCTCAACGCCGCGCTCGAC
GCCGCCGAGCACGACCTGGCGCCCGGCGACATCGTCATGTTGTGGACCGGCGCGGACGCC
CTGTGGGGCACCCGCGAGTACCTGTCCACCTTCCCCGGACTGACCGGCAAGGGAACGCAG
TTCCTGGTCGAGGCGGGCGTGAAGGTGATCGGCATCGACGCGTGGGGCCTGGACCGGCCG
ATGGCCGCGATGATCGAGGAGTACCGGCGTACCGGCGACAAGGGCGCCTTGTGGCCGGCG
CACGTCTACGGGCGCACCCGCGAATACCTCCAGTTGGAGAAGCTCAACAACCTGGGCGCG
CTGCCCGGCGCCACCGGATACGACATCAGTTGCTTCCCGGTCGCCGTCGCGGGCACCGGT
GCGGGCTGGACCCGGGTGGTCGCCGTGTTCGAGCAGGAAGAGGAGGACTAG

Feature

BLASTP Database:UniProtKB:2011_09	show BLAST table
InterPro Database:interpro:38.0	IPR007325 Putative cyclase (Family) PF04199 Cyclase
SignalP	Eukaryota
TMHMM	No significant hit

R1128_00090 R1128_00110