Sch475_00340 : CDS information

Location

Organism	Streptomyces sp.
Strain	SCC-2136
Entry name	Sch 47554
Contig	AJ628018
Start / Stop / Direction	48,908 / 47,970 / - [in whole cluster] 48,908 / 47,970 / - [in contig]
Location	complement(47970..48908) [in whole cluster] complement(47970..48908) [in contig]
Type	CDS
Length	939 bp (312 aa)

Annotation

Category	3.4 other modification
Product	putative cyclase/dehydratase
Product (GenBank)	putative aromatase
Gene
Gene (GenBank)	schP4
EC number
Keyword	1st ring
Note
Note (GenBank)
Reference	ACC Q2HR24 PmId [17085966] Angucyclines Sch 47554 and Sch 47555 from Streptomyces sp. SCC-2136: cloning, sequencing, and characterization. (Mol Cells. , 2006) comment angucyclines Sch 47554 and Sch 47555の生合成に関連したentire gene clusterのクローニング、シークエンス、配列解析からの特徴づけ。 SchP4(312aa): Aromatase schP4-schP5のC末をtsrで置換して不活化したplasmidをStreptomyces sp. SCC-2136に移入。このmutantがSch47554もSch47555も産生していないことを確認。
Related Reference	ACC Q54221 NITE Griseu_00050 PmId [8169211] Cloning, sequencing, and analysis of the griseusin polyketide synthase gene cluster from Streptomyces griseus. (J Bacteriol. , 1994) [9195917] Domain analysis of the molecular recognition features of aromatic polyketide synthase subunits. (J Biol Chem. , 1997) [10467128] Heterologous expression, purification, reconstitution and kinetic analysis of an extended type II polyketide synthase. (Chem Biol. , 1999) comment Blast 8th, id70%, 1e-122 Streptomyces griseus Putative cyclase/dehydrase --- [PMID: 8169211](1994) griseusin PKS gene clusterの報告。 ORF4 for a cyclase-dehydrase actVII領域との比較によりcyclaseと推定される。 act PKS genesに対応しているORF1-ORF4までの5ORFsを2回組み換えしてermEにすると、griseucinA, Bを産生しない。 -- [PMID: 9195917](1997) TcmN-N末monodomain ARO/CYCとdidomain ARO/CYCsとの組み合わせで産物解析。 monodomain ARO/CYCsは配列はとても似ているのに、didomain ARO/CYCsのN末domainの代わりをできない。 didomain actinorhodin or griseusin ARO/CYCは、N末domainもC末domainも、それぞれ単独発現ではaromatase活性がない。 gris ARO/CYCのC末domainはaromtase活性がない状況で発現されたときtetracenomycin (tcm) minimal PKSの鎖長特異性を変調し、予想された20C産物に加えて、新規の18C産物の形成を導いた。 -- [PMID: 10467128](1999) abstract act minimal PKS + act KR + gris ARO/CYCで構成された拡張PKSが、act minimal PKS + act KR または act minimal PKSのみより高い代謝回転数を持つことが明らかになった。
Related Reference	ACC Q56167 NITE Jado_00120 PmId [7881555] Cloning and characterization of polyketide synthase genes for jadomycin B biosynthesis in Streptomyces venezuelae ISP5230. (Microbiology. , 1994) [9224566] Iterative type II polyketide synthases, cyclases and ketoreductases exhibit context-dependent behavior in the biosynthesis of linear and angular decapolyketides. (Chem Biol. , 1997) comment Blast 16th, id69%, 1e-117 Streptomyces venezuelae_jadD Bifunctional cyclase/dehydrase -- [PMID: 7881555](1994) ORF4(=jadDに相当)は配列解析からbifunctional cyclase/dehydraseであると提唱されている。 ORF2-ORF4領域を含んだplasmidの染色体DNAへの組み込みは、jadomycin B産生を激しく抑制したが、成長や胞子色素沈着には影響なし。 -- [PMID: 9224566](1997) minimal PKS + KR + CYCをjadomycin, daunorubicin, tetracenomycinのgenesで構成し、そのplasmid発現株での産物を解析。 JadD, DpsFの両cyclasesはC-9で還元された10-ketidesの位置特異的なfirst-ring cyclase/dehydrasesであることが示された。

Sequence

>putative cyclase/dehydratase [putative aromatase]
MTVREVEHEITVEAPAAEVYRLIAEVGNWPLIFPPTVHVDHLERGAREERIRIWATANGA
AKGWTSRRTLDPEARRITFRQEVSAPPVASMGGTWIIEPAGEGASRVRLLHDYRAVDDDP
EGLEWIDQAVDRNSRSELAALKGNVERVTGSAELTLSFTDSLEIKGAAKDVYDFINEAQL
WSERLPHVKQVSLTEDSPGLQVLRMDTLTKDGSVHTTESIRVCFPHSRIVYKQTTLPALM
NLHTGYWQLDESADGVTTATSQHTVILNTENITKILGEEAGIPEAREFIRNALGNNSRAT
LGHAKAYAEARR

>putative cyclase/dehydratase [putative aromatase]
ATGACCGTCCGTGAGGTCGAGCACGAGATCACTGTCGAAGCCCCGGCCGCCGAGGTGTAC
CGGCTGATCGCGGAGGTCGGGAACTGGCCGCTGATCTTCCCGCCGACCGTCCACGTCGAC
CACCTCGAACGCGGCGCGCGCGAGGAGCGCATCCGCATCTGGGCCACCGCCAACGGCGCG
GCCAAGGGCTGGACTTCGCGCCGCACGCTCGACCCCGAGGCCCGGCGCATCACGTTCCGG
CAGGAGGTGTCCGCCCCGCCGGTGGCGTCGATGGGCGGCACGTGGATCATCGAGCCGGCC
GGCGAGGGCGCGTCCCGCGTGCGCCTGCTGCACGACTACCGGGCCGTCGACGACGATCCC
GAGGGCCTGGAGTGGATCGACCAGGCCGTCGACCGCAACAGCCGGTCCGAGCTGGCCGCG
CTGAAGGGCAACGTCGAACGCGTCACCGGCTCCGCCGAGCTGACCCTGTCGTTCACCGAC
AGTCTGGAGATCAAGGGCGCCGCCAAGGACGTCTACGACTTCATCAACGAGGCCCAGCTG
TGGAGCGAGCGGCTGCCGCACGTCAAGCAGGTCTCGCTGACCGAGGACTCGCCCGGCCTG
CAGGTCCTGCGGATGGACACGCTGACCAAGGACGGCTCGGTCCACACCACCGAGTCGATC
CGGGTGTGCTTCCCGCACTCCCGGATCGTCTACAAGCAGACGACGCTGCCCGCGCTGATG
AACCTGCACACCGGTTACTGGCAGCTCGACGAGTCGGCCGACGGCGTCACCACCGCCACC
TCGCAGCACACGGTGATCCTCAACACGGAGAACATCACCAAGATCCTGGGCGAGGAGGCC
GGGATTCCGGAGGCCCGCGAGTTCATCCGCAACGCGCTGGGCAACAACAGCCGGGCGACG
CTCGGCCACGCCAAGGCGTACGCCGAAGCGCGGCGCTGA

Feature

BLASTP Database:UniProtKB:2011_09	show BLAST table
InterPro Database:interpro:38.0	IPR019587 Polyketide cyclase/dehydrase (Family) PF10604 Polyketide_cyc2 IPR023393 START-like domain (Domain) G3DSA:3.30.530.20 G3DSA:3.30.530.20
SignalP	No significant hit
TMHMM	No significant hit

Sch475_00330 Sch475_00350