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Actino_00020 : CDS information

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Organism
StrainA3(2) (=NBRC 15146)
Entry nameActinorhodin
Contig
Start / Stop / Direction2,009 / 1,569 / - [in whole cluster]
2,009 / 1,569 / - [in contig]
Locationcomplement(1569..2009) [in whole cluster]
complement(1569..2009) [in contig]
TypeCDS
Length441 bp (146 aa)
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Category5.4 hypothetical protein
Producthypothetical protein
Product (GenBank)hydroxylacyl-CoA dehydrogenase
GeneactVI-ORFA
Gene (GenBank)ORFA
EC number
Keyword
Note
Note (GenBank)
Reference
ACC
PmId
[7929165] DNA sequence and functions of the actVI region of the actinorhodin biosynthetic gene cluster of Streptomyces coelicolor A3(2). (J Biol Chem. , 1994)
[17227452] Possible involvement of ActVI-ORFA in transcriptional regulation of actVI tailoring-step genes for actinorhodin biosynthesis. (FEMS Microbiol Lett. , 2007)
comment
[PMID: 7929165](1994)
actinorhodin biosynthetic gene clusterのactVI regionに関する報告。

ORFA: Unknown

--
ref.[PMID: 10805574](2000)
ORFA破壊株はactinorhodinと共に(S)-DNPAを産生することから、multicomponentであるtype II PKS complexを安定化するような役割を示唆。

同じ年、同じ人たちの他の論文で、この安定化がピラン環形成で補助をすると提唱。

--
[PMID: 17227452](2007)
pyran環を持たないStreptomyces aromatic polyketides gene clusterでも多くのActVI-ORFA homologuesが存在することから、他の機能を想定。

actVI-ORFA mutantはactinorhodin産生減少、中間体(S)-DNPAとshunt産物(S)-NHABを蓄積。相補で回復。
また、同じmutantでactVI-ORF1発現量が減少。相補で回復。
よってActVI-ORFAは、post-PKS tailoring enzymeであるactVI-ORF1の発現を通してactinorhodin産生に影響を与えるregulatory roleを持つ可能性あり。

---
これらの論文を出してきた東大グループの公募研究サマリーで、

・タンパク機能を直接的に証明する実験データは得られていない。
・機能既知タンパクとの配列相同性が認められない。
・転写制御因子には容易に見出されるDNA結合領域配列も見出されない。
・相同遺伝子med-ORF10でactVI-ORFA欠損相補は部分的にしか確認できない。

を理由に挙げ、多段階生合成系全体の制御に関わると考えられる機能未知タンパクActVI-ORFAの機能解析は達成されなかった、と述べられている。

close this sectionSequence

selected fasta
>hypothetical protein [hydroxylacyl-CoA dehydrogenase]
MTITALPTGLYAEVLSFYGHQMQKLDGRDFAGYAATFTEDGEFRHSPSLPAAHTRAGITA
VLEDFHRKFDARKIQRRHWFDHTALSQASDGSITATSYCLVLTVHADVKAPEFGPSCLVH
DVLVRGADGELLLRSRHVTHDHVFPA
selected fasta
>hypothetical protein [hydroxylacyl-CoA dehydrogenase]
ATGACCATCACCGCGCTTCCCACCGGCCTGTACGCCGAGGTCCTGTCGTTCTACGGCCAC
CAGATGCAGAAGCTGGACGGCCGTGACTTCGCCGGCTACGCCGCGACCTTCACCGAGGAC
GGCGAGTTCAGGCACTCGCCCTCGCTGCCTGCCGCCCACACCCGTGCCGGGATCACCGCC
GTCCTGGAGGACTTCCACCGCAAGTTCGACGCCCGCAAAATCCAGCGCAGGCACTGGTTC
GACCACACGGCGCTGAGCCAGGCGTCCGACGGCTCGATCACGGCGACCAGCTACTGCCTG
GTGCTCACCGTCCACGCCGACGTCAAGGCGCCGGAGTTCGGGCCGAGTTGCCTCGTGCAC
GACGTCCTGGTCCGGGGGGCGGACGGCGAGTTGCTGCTGCGCTCCCGCCACGTCACCCAT
GACCACGTCTTCCCGGCCTGA

close this sectionFeature

BLASTP
Database:UniProtKB:2011_09 		show BLAST table
InterPro
Database:interpro:38.0 		No significant hit
SignalP No significant hit
TMHMM No significant hit
Actino_00010 Actino_00010   Actino_00030 Actino_00030
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