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Actino_00060 : CDS information

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Organism
StrainA3(2) (=NBRC 15146)
Entry nameActinorhodin
Contig
Start / Stop / Direction4,737 / 5,657 / + [in whole cluster]
4,737 / 5,657 / + [in contig]
Location4737..5657 [in whole cluster]
4737..5657 [in contig]
TypeCDS
Length921 bp (306 aa)
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Category5.1 general function
Productputative oxidoreductase
Product (GenBank)
GeneactVI-ORF4
Gene (GenBank)ORF4
EC number
Keyword
Note
Note (GenBank)
Reference
ACC
PmId
[7929165] DNA sequence and functions of the actVI region of the actinorhodin biosynthetic gene cluster of Streptomyces coelicolor A3(2). (J Biol Chem. , 1994)
[10805574] Chemical characterisation of disruptants of the Streptomyces coelicolor A3(2) actVI genes involved in actinorhodin biosynthesis. (J Antibiot (Tokyo). , 2000)
comment
cluster論文の登録があるのは(Q53929)だが、entry Acc_numは新しい全ゲノム解析(2002)のものを採用。

---
[PMID: 7929165](1994)
actinorhodin biosynthetic gene clusterのactVI regionに関する報告。

ORF4: Alcohol dehydrogenase

ORF4の破壊はactinorhodin産生に明らかな変化を引き起こさない。
ORF2とORF4の産物は似ている。
enoyl reductasesに似ていて、高保存cofactor-binding domainもある。

--
[PMID: 10805574](2000)
ORF4破壊株でもactinorhodin産生はあるがwildの18%。
actinorhodinに関連した産物の蓄積なし。

ORF2破壊株は、actinorhodin産生なし、中間体(S)-DNPAを蓄積。

(S)-DNPAに含まれる部分構造(C-14, 15の二重結合含む)は、enoyl reductaseの基質motifに似ている。

以上から、actVI-ORF2が必須なC-15での還元を担うreductaseであると提唱している。
この反応はその後に続く異性化とcoupled stepsであるとも言っている。

このようにして15S 立体構造ができると言っているが、異性化を担うORFは不明。
ActVI-ORF4は異性化を補助すると提唱している。
Family/Domain
FD
IPR013154
comment
[IPR013154] Alcohol dehydrogenase GroES-like (Domain)
function; oxidoreductase activity
Conflict
Sequence
RTASTPP (204..210)
Comment
conflict with Q8CJS3 (PNGVDAA)

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selected fasta
>putative oxidoreductase
MPKAVAIHQFGGPDVLGLVDVPEPVPGPGQVTVRVRAAGVNGFDCRVRSGGMRGRYPVEF
PQIIGNEFAGVVERTGPEATGFAPGDEVLGFAVLQSGTELLAVGADQITVKPPELSWEVA
GSLSAVGQTADIALAELRVGPGDTVLVHAAAGGVGSLAVQLVRERGGTAIGSAGEHNHDY
LRSLGALPVAYGPGFADRVRALARTASTPPLDCHGGPEALAVSLELVADRARIATVANFR
AAAQEGIVMPRVVRSAERLAALAALCAEGRLRPHVEAVLPFAKAAEAHHRLEQGHVRGKL
VLVPDL
selected fasta
>putative oxidoreductase
ATGCCCAAGGCCGTAGCCATCCACCAGTTCGGCGGGCCGGACGTACTGGGCCTCGTCGAT
GTCCCCGAGCCGGTGCCGGGACCGGGCCAGGTGACCGTCCGAGTGCGGGCCGCCGGAGTC
AACGGGTTCGACTGCCGGGTGCGCTCCGGCGGCATGCGCGGTCGCTATCCGGTCGAGTTC
CCGCAGATCATCGGCAACGAGTTCGCCGGGGTCGTCGAGCGGACCGGACCGGAGGCGACC
GGGTTCGCGCCCGGCGACGAGGTGCTCGGGTTCGCCGTGCTTCAGTCCGGCACCGAGCTG
CTCGCCGTCGGCGCGGACCAGATCACCGTGAAACCGCCGGAGCTGTCGTGGGAGGTCGCG
GGATCCCTCTCGGCCGTCGGACAGACCGCCGACATCGCCCTGGCCGAACTGCGGGTCGGC
CCCGGGGACACCGTGCTCGTGCACGCCGCGGCCGGCGGCGTCGGCAGCCTCGCCGTCCAG
CTCGTCCGGGAGCGGGGCGGCACGGCGATCGGCAGCGCCGGCGAGCACAACCACGACTAC
CTGCGGTCGTTGGGCGCACTGCCCGTCGCCTACGGCCCGGGCTTCGCCGACCGGGTGCGG
GCCCTGGCCCGAACGGCGTCGACGCCGCCCCTCGACTGCCACGGCGGACCGGAAGCCCTC
GCCGTGTCGCTCGAACTCGTCGCGGACCGGGCCCGGATCGCCACCGTCGCCAACTTCCGC
GCCGCGGCCCAGGAGGGCATCGTCATGCCACGGGTGGTGCGGTCCGCCGAGCGGCTCGCC
GCGCTGGCCGCACTCTGCGCCGAGGGCCGGCTGCGGCCGCACGTCGAGGCCGTCCTGCCC
TTCGCCAAGGCGGCCGAGGCCCATCACCGGCTGGAGCAGGGCCATGTCCGGGGCAAGCTC
GTCCTGGTGCCGGACCTGTGA

close this sectionFeature

BLASTP
Database:UniProtKB:2011_09 		show BLAST table
InterPro
Database:interpro:38.0
IPR002364 Quinone oxidoreductase/zeta-crystallin, conserved site (Conserved_site)
[142-163] PS01162
PS01162   QOR_ZETA_CRYSTAL
IPR011032 GroES-like (Domain)
[1-151] 2.80000504261099e-35 SSF50129
SSF50129   GroES_like
IPR013154 Alcohol dehydrogenase GroES-like (Domain)
[28-94] 6.80000000000001e-13 PF08240
PF08240   ADH_N
IPR016040 NAD(P)-binding domain (Domain)
[151-257] 7.4e-16 G3DSA:3.40.50.720
G3DSA:3.40.50.720   NAD(P)-bd
SignalP No significant hit
TMHMM No significant hit
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