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Actino_00070 : CDS information

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Organism
StrainA3(2) (=NBRC 15146)
Entry nameActinorhodin
Contig
Start / Stop / Direction5,689 / 7,290 / + [in whole cluster]
19 / 1,620 / + [in contig]
Location5689..7290 [in whole cluster]
19..1620 [in contig]
TypeCDS
Length1,602 bp (533 aa)
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Category4.3 transport
Productdrug resistance transporter
Product (GenBank)
GeneactVA-ORF1
Gene (GenBank)actVA 1
EC number
Keyword
Note
Note (GenBank)
Reference
ACC
PmId
[1766437] Organisation and functions of the actVA region of the actinorhodin biosynthetic gene cluster of Streptomyces coelicolor. (Mol Gen Genet. , 1991)
[8636024] Production of actinorhodin-related "blue pigments" by Streptomyces coelicolor A3(2). (J Bacteriol. , 1996)
comment
[PMID: 1766437](1991)
actinorhodin biosynthetic gene clusterのactVA領域の配列解析。

actVA-ORF1はactII-ORF2に似ている。
どちらも13TMSsが予測されるが13番目の位置だけ異なる。
これらはactinorhodin排出、自己防衛に関与するかもしれない。

--
[PMID: 8636024](1996)
actinorhodinはpH5付近で大量形成され、細胞内にのみ蓄積。pH8以上でのみ青。
gamma-actinorhodin(actinorhodinのlactone型)はpH7付近で大量形成され、細胞内外に蓄積。pH7でも青。
これら青色色素はact mutantsで形成されないので、act生合成経路に由来する。

actinorhodin排出に関連するとされるactII-ORF2, actII-ORF3, or actVA-ORF1に傷害のある各mutantsは、gamma-actinorhodinの産生が損なわれる。よってactinorhodin→gamma-actinorhodinの合成は、細胞からのactinorhodin排出と共役であると示唆される。

actVA-ORF1にmutationがあると青色色素産生は減り、細胞外の量が特に減る。
actVA-ORF1はgamma-actinorhodinの排出に必須であるようだ。

一方、actII-ORF3 mutationによるgamma-actinorhodin欠損mutantsでも青色色素の産生、排出がある。
この青色色素物質は同定できていない。

actVA-ORF1 and actII-ORF2によってコードされるputative membrane proteinsはどちらも単独では青色色素排出できないので、これらは排出複合体の一部を形成するかもしれない。

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selected fasta
>drug resistance transporter
MTANPGRPGGPADQGHPRRWAILGVLVLSLVGIILDNTVLNVTLRTLTDPEQGLGASHSQ
VEWVLSAYTLAFAATLFTWGVLGDRLGRRRVLLLGLGLFGLSSLAGAYAGSPEQLIAARA
CMGVSGAAVLPSTLATIAAVFPLRERPKALGIWAASVGFALGIGPVTGGILLAHFWWGSV
LLVNVPLMAGCLVAVVLVVPETRGTAGRRVDAAGLLLSIAGVVPLVYAIIEAGRSGGVTR
PAVWAAGLAGLGLLLVFLWHERRTPEPSLELGFFRMKAFSTAVAAVGFVSFAMMGFLFFS
AFYLQSVRGYTPLQAGGCTVALAVANVVCGPLSTVLVRSIGPRNVCAAGMLAVTASLCGV
TFVTQHAPVWLILVLFAALGAGVACVMPTAAVSIMNAIPREKAGVASAMNNTVRQLGGAL
GVAVLGSLMGAAYRRGIEDELAVLPPSARHQAGESLDATLLAATRLGESGLVGPARQAFL
DAMHLAAGAAAAVALVGALAVLRWLPSSVTTPTPPAGAVPGREHSDHLKVQGS
selected fasta
>drug resistance transporter
GTGACGGCGAACCCCGGCCGTCCGGGCGGCCCGGCGGACCAGGGCCACCCGCGCCGCTGG
GCCATCCTCGGGGTGCTGGTCCTCAGCCTGGTCGGCATCATCCTCGACAACACCGTGCTC
AACGTGACGCTGCGCACCCTCACCGACCCCGAGCAGGGCCTGGGCGCCTCGCACAGCCAG
GTGGAATGGGTGCTCAGCGCCTACACCCTGGCCTTCGCGGCGACGCTGTTCACCTGGGGA
GTGCTGGGCGACCGACTGGGCCGCAGGCGGGTACTCCTGCTGGGCCTCGGCCTGTTCGGA
CTGTCGTCCCTGGCCGGGGCCTACGCCGGGTCGCCGGAGCAGCTCATCGCCGCCCGTGCC
TGCATGGGGGTGAGCGGCGCGGCGGTGCTGCCGAGCACACTCGCCACCATCGCCGCCGTC
TTCCCGCTGCGCGAGCGGCCCAAGGCCCTCGGGATCTGGGCGGCCTCGGTCGGCTTCGCC
CTCGGCATCGGGCCCGTCACCGGCGGGATACTGCTCGCGCACTTCTGGTGGGGCTCGGTC
CTGCTGGTCAACGTGCCCCTCATGGCCGGGTGCCTGGTCGCGGTGGTGCTGGTGGTGCCC
GAGACCCGGGGCACGGCGGGCAGGCGCGTCGACGCGGCCGGACTGCTGCTCTCGATCGCG
GGTGTCGTGCCGCTCGTCTACGCGATCATCGAGGCCGGCCGGAGCGGCGGGGTCACCCGG
CCCGCGGTCTGGGCAGCCGGCCTGGCGGGCCTCGGCCTGCTCCTCGTGTTCCTGTGGCAC
GAGCGCCGTACCCCGGAACCCTCGCTGGAGCTCGGCTTCTTCCGGATGAAGGCCTTCTCC
ACCGCCGTCGCGGCCGTCGGCTTCGTCAGCTTCGCGATGATGGGCTTCCTCTTCTTCAGC
GCCTTCTACCTGCAGAGCGTGCGCGGCTACACACCCCTGCAGGCCGGGGGATGCACCGTG
GCACTGGCCGTCGCGAACGTGGTCTGCGGACCGCTCAGCACGGTCCTGGTGCGTTCGATC
GGCCCCCGGAACGTGTGCGCGGCGGGCATGCTGGCCGTCACCGCATCGCTCTGCGGGGTC
ACCTTCGTGACCCAGCACGCACCCGTATGGCTGATCCTCGTCCTGTTCGCCGCGCTGGGG
GCGGGCGTAGCATGCGTCATGCCGACCGCGGCCGTGTCCATCATGAACGCGATCCCACGC
GAGAAGGCGGGCGTCGCCTCGGCGATGAACAACACCGTGCGCCAGCTGGGCGGCGCCCTG
GGCGTCGCGGTGCTCGGTTCCCTCATGGGCGCCGCGTACCGCCGCGGCATCGAGGACGAG
CTCGCCGTACTGCCGCCCTCCGCGCGGCACCAGGCCGGCGAGTCCCTGGATGCCACCCTG
CTGGCCGCGACTAGGCTGGGGGAGAGCGGACTTGTCGGCCCCGCGCGCCAGGCATTCCTG
GACGCCATGCACCTGGCCGCCGGGGCCGCTGCCGCGGTGGCGCTCGTGGGGGCCCTTGCC
GTGCTCCGCTGGCTGCCCTCCTCCGTCACGACTCCGACGCCCCCGGCAGGGGCCGTGCCC
GGCCGGGAGCATTCCGATCACCTCAAGGTCCAAGGAAGCTGA

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BLASTP
Database:UniProtKB:2011_09 		show BLAST table
InterPro
Database:interpro:38.0
IPR001411 Tetracycline resistance protein TetB/drug resistance transporter (Family)
[25-49] 1e-05 PR01036 [88-110] 1e-05 PR01036 [149-173] 1e-05 PR01036 [412-431] 1e-05 PR01036
PR01036   TCRTETB
IPR011701 Major facilitator superfamily (Family)
[28-421] 5.8e-55 PF07690
PF07690   MFS_1
IPR016196 Major facilitator superfamily domain, general substrate transporter (Domain)
[1-506] 6e-74 SSF103473
SSF103473   MFS general substrate transporter
IPR020846 Major facilitator superfamily domain (Domain)
[22-509] 35.219 PS50850
PS50850   MFS
SignalP
[1-35] 0.426 Signal
Eukaryota   
TMHMM
[21-43] Transmembrane (i-o) [63-83] Transmembrane (o-i) [90-109] Transmembrane (i-o) [124-143] Transmembrane (o-i) [150-172] Transmembrane (i-o) [177-199] Transmembrane (o-i) [212-231] Transmembrane (i-o) [241-258] Transmembrane (o-i) [278-300] Transmembrane (i-o) [315-337] Transmembrane (o-i) [344-363] Transmembrane (i-o) [373-395] Transmembrane (o-i) [416-433] Transmembrane (i-o) [483-505] Transmembrane (o-i)
Transmembrane 14   
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