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Actino_00090 : CDS information

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Organism
StrainA3(2) (=NBRC 15146)
Entry nameActinorhodin
Contig
Start / Stop / Direction7,782 / 8,627 / + [in whole cluster]
2,112 / 2,957 / + [in contig]
Location7782..8627 [in whole cluster]
2112..2957 [in contig]
TypeCDS
Length846 bp (281 aa)
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Category5.4 hypothetical protein
Producthypothetical protein
Product (GenBank)
GeneactVA-ORF3
Gene (GenBank)actVA 3
EC number
Keyword
Note
Note (GenBank)
Reference
ACC
PmId
[1766437] Organisation and functions of the actVA region of the actinorhodin biosynthetic gene cluster of Streptomyces coelicolor. (Mol Gen Genet. , 1991)
comment
cluster論文の登録があるのは(Q53905)だが、entry Acc_numは新しい全ゲノム解析(2002)のものを採用。

---
[PMID: 1766437](1991)
actinorhodin biosynthetic gene clusterのactVA領域の配列解析。

actVA-ORF3とactVA-ORF5(たぶんactVA-ORF4も)は、act mutantsの相補実験からC-6 hydroxylationに関与するとされている。ただ、ここで使用しているactVA-ORF3のN末は欠損していて、実験的に微妙。

actVA-ORF1-5を含むpIJ2315をmedermycin産生株に導入するとhybrid化合物mederrhodin A(8-hydroxymedermycin)を産生するので、C-8 hydroxylationへの関与についても述べられている。
Related Reference
ACC
B6SEG3
NITE
Alnu_00180
PmId
[22474343] Biosynthetic pathway toward carbohydrate-like moieties of alnumycins contains unusual steps for C-C bond formation and cleavage. (Proc Natl Acad Sci U S A. , 2012)
comment
Blast 10th, id37%, 1e-29
Streptomyces sp. CM020_aln6
Aln6
[Alnu_00180]oxidase

cluster論文のグループがdioxane部分の形成について調査した続報。

aln6 mutantは、
・K1115A
・furanose型ribose unitを含むAlnumycin Cs(epimeric pair)
・pyranose型ribose unitを含むAlnumycin D (shunt産物)
を蓄積、Alnumycin A非産生。

Alnumycin Cs + Aln6 から Alnumycin Bs が産生された。
この反応でAlnumycin Bs形成に伴い、O2消費、H2O2形成が見られたので、Aln6をoxidaseとして同定。

[5-13C] and [1-13C] D-ribose取り込みによりC1'-C2' cleavage siteを検証。
Alnumycin Bsにおけるpositions 5' and 1' でそれぞれ濃縮が見られた。

以上の結果から提唱されているAlnumycin Cs→Alnumycin Bsへの酸化的再編成過程は非常に複雑で、さらなる詳細な生化学的、構造的特徴づけを必要とするとのこと。
しかし自分たちのデータから、Aln6をalnumycin oxidase/riboisomeraseとして明解に同定できるとも言っている。
Conflict
Sequence
S (179..179)
Comment
conflict with Q93IZ2 (Y)

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selected fasta
>hypothetical protein
MSTEIFHEEFAGGLVTEGPGAPWRLRPVDGLEAGDGLVRGGPDGLVVVPSAAHPGTRRPA
FTEPKPGPDGTPLHLRWGAFTTGGTTGGTAGARAAFTAVPGERLSVRAEMGLRGFGLRSH
PYDDVTEPDADARLGAGGLISVDLESGIIFDFFLTHSRLYAVYERLALRPDAEFAAFTSC
VPVADRTPGTLHRLEVGYDVAAGTAHWTADGQEVLSVDRIGFRALDARWLRRDNGGREEA
VRPRGLSFGLGLFLERHFGQGVRLSVRRLSVLTSPAGSRDS
selected fasta
>hypothetical protein
ATGAGTACAGAGATCTTCCATGAGGAGTTCGCCGGGGGGCTGGTGACCGAGGGGCCGGGC
GCGCCGTGGCGGCTTCGCCCGGTCGACGGTCTCGAGGCGGGAGACGGGCTGGTCCGCGGG
GGACCGGACGGCCTGGTGGTCGTGCCGAGCGCCGCCCACCCGGGGACCCGGCGGCCGGCG
TTCACCGAGCCCAAGCCCGGGCCGGACGGCACCCCGCTGCATCTGCGGTGGGGTGCCTTC
ACCACCGGCGGCACCACCGGCGGCACCGCCGGCGCGCGGGCGGCGTTCACCGCCGTGCCC
GGCGAACGGCTCTCGGTCAGGGCCGAGATGGGGCTGCGCGGCTTCGGTCTGCGCTCCCAT
CCGTACGACGACGTGACCGAACCCGACGCGGACGCCCGGCTCGGCGCGGGCGGTCTGATC
TCGGTCGATCTCGAGTCCGGGATCATCTTCGACTTCTTCCTCACACACAGCCGGCTCTAC
GCGGTCTACGAGCGGCTCGCGCTGCGGCCGGACGCCGAGTTCGCGGCCTTCACCTCATGC
GTCCCGGTCGCGGACCGCACCCCCGGCACGCTCCACCGGCTCGAGGTCGGATACGACGTC
GCGGCCGGCACCGCCCACTGGACGGCCGACGGGCAGGAGGTCCTGTCCGTGGACCGGATC
GGCTTCCGCGCACTGGACGCGCGCTGGCTCCGGCGGGACAACGGCGGCCGCGAGGAGGCC
GTACGGCCGCGCGGACTCAGCTTCGGCCTCGGGCTCTTCCTGGAGCGCCACTTCGGCCAG
GGGGTGCGGCTGTCGGTGCGAAGGCTGTCGGTGCTCACCTCGCCCGCCGGCTCCCGCGAC
TCGTGA

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BLASTP
Database:UniProtKB:2011_09 		show BLAST table
InterPro No significant hit
SignalP No significant hit
TMHMM No significant hit
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