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Actino_00210 : CDS information

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Organism
StrainA3(2) (=NBRC 15146)
Entry nameActinorhodin
Contig
Start / Stop / Direction20,888 / 21,838 / + [in whole cluster]
2,883 / 3,833 / + [in contig]
Location20888..21838 [in whole cluster]
2883..3833 [in contig]
TypeCDS
Length951 bp (316 aa)
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Category3.4 other modification
Productcyclase/dehydratase
Product (GenBank)Cyclase/dehydrase
GeneactVII
Gene (GenBank)actIORF4
EC number
Keyword
  • 1st ring
Note
Note (GenBank)
Reference
ACC
PmId
[1527048] Nucleotide sequence and deduced functions of a set of cotranscribed genes of Streptomyces coelicolor A3(2) including the polyketide synthase for the antibiotic actinorhodin. (J Biol Chem. , 1992)
[11851466] Genetic Contributions to Understanding Polyketide Synthases. (Chem Rev. , 1997)
comment
[PMID: 1527048](1992)
actinorhodin biosynthetic gene clusterのactI領域の配列解析。

putative cyclase/dehydrase (ORF4)

--
[Pubmed登録なし]Engineered Biosynthesis of Novel Polyketides: actVII and actIV Genes Encode Aromatase and Cyclase Enzymes, Respectively. J. Am. Chem. Soc., 1994, 116 (24), pp 10855-10859

act minimal PKS, KR(actIII ), actVII, actIV の様々な組み合わせのrecombinantsによって産生されたpolyketides構造を測定。

minimal PKS = SEK4
minimal PKS + act KR = mutactin
minimal PKS + act KR + actVII = SEK34
minimal PKS + act KR + actVII + actIV = DMAC

ActVII は1st carbocyclic ringの2つのdehydrationsを触媒することを担うaromataseとして機能する。
ActIV は2つめのringを形成するための分子内aldol縮合を触媒するcyclaseである。

ActVII homologsは、gra, fren, tcm, gris生合成clusterにある。
ActIV homologsは、gra, fren, gris生合成clusterにある。

--
[PMID:11851466](1997)
上記PMIDなし論文がRef採用されているレビュー。

ActVII とgra, fren homologsはdidomain aromataseで、9-KRで還元されたC9-OH基を含み、2分子の水を除去をする。
対して、N末だけActVII と似ているmonodomain aromatase_tcmNは、非還元polykeideを合成するPKSのcomponentである。

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selected fasta
>cyclase/dehydratase [Cyclase/dehydrase]
MSRPGEHRVVHTLRTQAPARRLYELVARVEDWPAVFEPTVHVQVLERGPGTERFRIWARV
GGRVKTWTSRRTLDPDTLRVTFRQELTQPPIASMGGSWEFRGDGDGTEVVLTHDFAAVDE
AALPGLREALDANSGKELAALVALAERRQPPEELVFTFEDTLRVPSGDDAYAFIERSDLW
QERLPHVRKVTLTEEAAGTGPAETRDMTVQDMTMETVTTDGGTHTTRSIRLCVPARSIVY
KQLVPPALLSGHCGAWTFGEDTVTARHTVAIDPARVEEVLGKGATVADARTHLREVLGAN
SRATLRHAAAAAGPAS
selected fasta
>cyclase/dehydratase [Cyclase/dehydrase]
ATGAGCCGGCCGGGAGAACACCGGGTGGTCCACACCCTGAGGACCCAGGCCCCGGCGCGG
CGGCTCTACGAGCTGGTCGCACGCGTCGAAGACTGGCCGGCCGTCTTCGAACCCACCGTG
CACGTACAGGTCCTGGAGCGCGGCCCGGGCACCGAACGCTTCCGGATCTGGGCGCGCGTG
GGCGGCCGGGTGAAGACCTGGACGTCCCGCCGGACGCTGGATCCCGACACCCTGAGGGTG
ACGTTCCGCCAGGAGCTCACCCAGCCGCCCATCGCCTCGATGGGCGGGAGCTGGGAGTTC
CGGGGCGACGGCGACGGCACCGAAGTCGTGCTGACCCACGACTTCGCCGCGGTCGACGAA
GCCGCCCTGCCGGGACTGCGCGAGGCGCTGGACGCGAACAGCGGGAAGGAGCTGGCCGCG
CTGGTCGCGCTGGCGGAGCGCCGGCAGCCGCCCGAGGAGCTGGTCTTCACGTTCGAGGAC
ACGCTCCGGGTGCCGTCCGGGGACGACGCCTACGCCTTCATCGAGCGCAGCGACCTGTGG
CAGGAACGGCTGCCGCACGTGCGGAAGGTGACACTCACCGAGGAGGCGGCGGGTACCGGC
CCCGCCGAGACGCGGGACATGACCGTCCAGGACATGACCATGGAGACGGTGACCACCGAC
GGCGGTACCCACACCACCCGTTCGATCCGGCTCTGCGTCCCCGCGAGGAGCATCGTGTAC
AAGCAGCTCGTCCCGCCCGCCCTGCTCTCCGGGCACTGCGGCGCCTGGACCTTCGGCGAG
GACACGGTCACCGCCCGCCACACCGTGGCGATCGACCCGGCCCGCGTGGAAGAGGTCCTG
GGCAAAGGCGCGACCGTCGCGGACGCCCGTACCCATCTGCGCGAGGTGCTCGGTGCCAAC
AGCCGGGCCACGCTCCGCCACGCGGCGGCCGCCGCCGGGCCGGCGTCATGA

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BLASTP
Database:UniProtKB:2011_09 		show BLAST table
InterPro
Database:interpro:38.0
IPR005031 Streptomyces cyclase/dehydrase (Family)
[16-125] 4.6e-11 PF03364
PF03364   Polyketide_cyc
IPR023393 START-like domain (Domain)
[9-116] 1e-14 G3DSA:3.30.530.20
G3DSA:3.30.530.20   G3DSA:3.30.530.20
SignalP No significant hit
TMHMM No significant hit
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