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Ansam_00160 : CDS information

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Organism
StrainATCC 31565
Entry nameAnsamitocin
Contig
Start / Stop / Direction31,585 / 31,857 / + [in whole cluster]
51,162 / 50,890 / - [in contig]
Location31585..31857 [in whole cluster]
complement(50890..51162) [in contig]
TypeCDS
Length273 bp (90 aa)
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Category2.1 modification addition of extender units
Productacyl carrier protein
Product (GenBank)acyl carrier protein
Gene
Gene (GenBank)asm14
EC number
Keyword
  • methoxymalonyl-ACP
Note
Note (GenBank)
Reference
ACC
PmId
[11960423] Identification of a set of genes involved in the formation of the substrate for the incorporation of the unusual "glycolate" chain extension unit in ansamitocin biosynthesis. (J Am Chem Soc. , 2002)
[11996558] Functional expression of genes involved in the biosynthesis of the novel polyketide chain extension unit, methoxymalonyl-acyl carrier protein, and engineered biosynthesis of 2-desmethyl-2-methoxy-6-deoxyerythronolide B. (J Am Chem Soc. , 2002)
[12060743] The biosynthetic gene cluster of the maytansinoid antitumor agent ansamitocin from Actinosynnema pretiosum. (Proc Natl Acad Sci U S A. , 2002)
comment
[PMID:11960423](2002)
CoAの代わりにSNACを使い13C-labelした2-hydroxymalonyl-SNAC or 2-methoxymalonyl-SNACを用いて取り込みを測定。側鎖前駆体isobutyrateと共にA. pretiostmz ATCC 31565に与えたが、ansamitocin P-3での同位体濃縮はなかった。したがって珍しいunitによる3つめの鎖伸長stepは、2-hydroxymalonyl-CoA or 2-methoxymalonyl-CoAを基質として使用しない。

珍しい伸長unitの合成に関連しそうなsubclusterにはACPであると予測されるORFが含まれた。これをコードするasm14を不活化するとansamitocin産生や新規化合物蓄積ができなかった。

よって鎖伸長反応の基質は、おそらく2-hydroxy- or 2-methoxymalonyl-ACPである。

また、asm15 mutantでは珍しい伸長unitの代わりにmalonate unitを取り込んだ10-desmethoxy-ansamitocin P-3が見られた。asm14 mutantではこの化合物が検出されなかったので、asm14によってコードされるACPはmalonateの異常な取り込みにも必要である。これは機能的に能力のある立体構造でPKSを維持するため、またはPKSのAT3にmalonateを実際に運搬するためと考えられる。

---
[PMID:11996558](2002) abstract
S. lividansで、AT domainsのひとつがmethoxymalonateに特異的なATで置換されているerythromycin PKSのカセットとasm13-17を同時発現すると、予測された位置にmethoxymalonateが取り込まれた6-deoxyerythronolide Bの派生体が産生された。よって、asm13-17はmethoxymalonyl-ACP生合成に十分である。

また、methyltransferaseをコードするasm17を削除すると、そのhydroxy類似体ではなく6-deoxyerythronolide Bが得られたので、伸長unitのmethylationはその取り込みのために必要である。


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[PMID:12060743](2002)
Actinosynnema pretiosum ssp. auranticum ATCC 31565のcosmid libraryから、ansamitocin生合成に必要な2つのgene clustersをクローニング。

<cluster I>
Asm14(90aa, 9.7 kDa) : ACP

Asm14はACP、特にD-alanyl-lipoteichoic acid合成に関するD-alanyl carrier proteinsに似ていて、ansamitocin生合成に必須であることが遺伝子不活化によって既に示されている。

asm13-17はオペロンを形成。asm13 と asm14はoverlapsがあるので転写共役するかもしれない。
稀なpolyketide鎖伸長unit methoxymalonayl-ACPの形成に関連すると提唱されている。
Family/Domain
FD
IPR009081
comment
[IPR009081] Acyl carrier protein-like (Domain)

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selected fasta
>acyl carrier protein [acyl carrier protein]
MTSGTESRTDDVQGAVLDFLRARTGAEWDAERDLFAEGGLSSLFAMELVVHLEQCFDVEI
AGPDLRLDNFRTVRAMTALVDRLRAGGAGG
selected fasta
>acyl carrier protein [acyl carrier protein]
ATGACCTCGGGCACGGAGTCGCGGACCGACGACGTCCAGGGCGCGGTGCTGGACTTCCTG
CGCGCCCGCACCGGCGCCGAGTGGGACGCCGAGCGGGACCTGTTCGCCGAGGGCGGCCTG
TCGTCGCTGTTCGCGATGGAGCTGGTCGTGCACCTGGAGCAGTGCTTCGACGTCGAGATC
GCGGGCCCCGACCTGCGGCTGGACAACTTCCGCACGGTGCGCGCCATGACCGCGCTCGTG
GACCGGCTCCGCGCGGGCGGCGCCGGTGGCTGA

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BLASTP
Database:UniProtKB:2011_09 		show BLAST table
InterPro
Database:interpro:38.0
IPR009081 Acyl carrier protein-like (Domain)
[8-81] PS50075
PS50075   ACP_DOMAIN
[8-84] 5.59999989417023e-13 SSF47336
SSF47336   ACP_like
[15-80] 6.4e-08 PF00550
PF00550   PP-binding
[10-82] 8.60000000000001e-14 G3DSA:1.10.1200.10
G3DSA:1.10.1200.10   ACP_like
SignalP No significant hit
TMHMM No significant hit
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