Ansam_00180 : CDS information

Location

Organism	Actinosynnema pretiosum subsp. auranticum
Strain	ATCC 31565
Entry name	Ansamitocin
Contig	AF453501
Start / Stop / Direction	33,046 / 34,359 / + [in whole cluster] 49,701 / 48,388 / - [in contig]
Location	33046..34359 [in whole cluster] complement(48388..49701) [in contig]
Type	CDS
Length	1,314 bp (437 aa)

Annotation

Category	2.1 modification addition of extender units
Product	putative glyceroyl-ACP biosynthesis protein putative 1,3-bisphospho-D-glycerate phosphatase/glyceroyltransferase
Product (GenBank)	unknown
Gene
Gene (GenBank)	asm16
EC number
Keyword	methoxymalonyl-ACP
Note
Note (GenBank)
Reference	ACC Q8KUG4 PmId [11996558] Functional expression of genes involved in the biosynthesis of the novel polyketide chain extension unit, methoxymalonyl-acyl carrier protein, and engineered biosynthesis of 2-desmethyl-2-methoxy-6-deoxyerythronolide B. (J Am Chem Soc. , 2002) [12060743] The biosynthetic gene cluster of the maytansinoid antitumor agent ansamitocin from Actinosynnema pretiosum. (Proc Natl Acad Sci U S A. , 2002) [17076505] On the biosynthetic origin of methoxymalonyl-acyl carrier protein, the substrate for incorporation of "glycolate" units into ansamitocin and soraphen A. (J Am Chem Soc. , 2006) comment [PMID:11996558](2002) abstract S. lividansで、AT domainsのひとつがmethoxymalonateに特異的なATで置換されているerythromycin PKSのカセットとasm13-17を同時発現すると、予測された位置にmethoxymalonateが取り込まれた6-deoxyerythronolide Bの派生体が産生された。よって、asm13-17はmethoxymalonyl-ACP生合成に十分である。また、methyltransferaseをコードするasm17を削除すると、そのhydroxy類似体ではなく6-deoxyerythronolide Bが得られたので、伸長unitのmethylationはその取り込みのために必要である。 --- [PMID:12060743](2002) Actinosynnema pretiosum ssp. auranticum ATCC 31565のcosmid libraryから、ansamitocin生合成に必要な2つのgene clustersをクローニング。 <cluster I> Asm16(437aa) : Unknown asm13-17はオペロンを形成。稀なpolyketide鎖伸長unit methoxymalonayl-ACPの形成に関連すると提唱されている。 --- [PMID:17076505](2006) ansamitocin producerであるActinosynnema pretiosumと、soraphen producerであるSorangium cellulosumを使った追加のfeeding実験。ラベルした基質を用いた実験に基づき、1,3-bisphospho-D-glycerateからmehoxymalonyl-ACPが合成されると結論付けている。 methoxymalonyl-ACP生合成のproposed pathway: 1,3-bisphospho-D-glycetateは、Asm16によってACP(Asm14)のthiol基(-SH)へ移される。その結果できた3-phosphoglyceryl-ACPのphosphate ester基の切断もまた、Asm16によって触媒されるかもしれない。その理由→Asm16はタンパクレベルで少なくとも25-30%の相同性をaspartate-dependent hydrolasesのHAD superfamilyのIIIC subgroup(interpro IPR010033)のメンバーに示す。これらの酵素の多くの機能は不明だが、HAD III subfamilyの特徴付けられたメンバーは明らかに大きな基質(phosphorylated proteins)を使うphosphatases（脱リン酸化酵素）である。したがって、Asm16により1,3-bisphospho-D-glycetate→glyceryl-ACPが形成される。
Related Reference	ACC Q1G727 NITE Oxzol_00080 PmId [16895402] The bifunctional glyceryl transferase/phosphatase OzmB belonging to the HAD superfamily that diverts 1,3-bisphosphoglycerate into polyketide biosynthesis. (J Am Chem Soc. , 2006) comment Blast 13th, id64%, 1e-100 Streptomyces albus_ozmB Glyceroyl transferase/phosphatase OzmBは、まずD-3-phosphoglyceryl-S-OzmB中間体を形成するため、glycolytic poolからD-1,3-bisphosphoglycerateを隔離し、それからD-3-glyceryl-S-OzmB種を産出するためリン酸基を除去する（phosphataseとして働く）、そして最後にpolykeide生合成のためのステージをセットするためACPにglycoryl基を移動する（glyceryl transferaseとして働く）ことが実証された。・D-3-phosphoglycerate, ATP, Mg2+, and D-3-phosphoglycerate kinaseとOzmBのインキュベーションは、glyceryl-S-OzmBをもたらすことを質量分析で確認。・OzmBのglycerate付着部位はC(266)-R-V-V(270). ・tautomycin生合成gene cluster由来TtmDのholo-ACP変換型とglyceryl-S-OzmBからglyceryl-S-TtmDをもたらすので、glyceryl-S-OzmBはACPの4'-Ppant部分の-SH基へglycerylを移動できる。・脱リン酸化に重要であるaspartateを変異したOzmB(D14V)はD-3-phosphoglyceryl-S-OzmBをもたらし、phosphatase活性が廃止されている。

Sequence

>putative glyceroyl-ACP biosynthesis protein [unknown]
MLDERVRAAIVELDARGVLQSVASRNDPEPALAALEALGVAEYFVLPEIGWGVKSAAVAR
IADRLGFAHRAIAFVDDRPAERAEVAFHLPEVRCYPAERVLELCSLPEFSPAVVTEDARN
RRALYRAGFARGAEQAAFTGPDEEFLRSLGLVLRIDRARPEDLHRVEELTARTSQMNATG
VHYPHGQLRALLDDPAHEVLVAGLTDRFGPHGAIGIVLLERHTAAWHLKLLATSCRVVPY
GVGSVLLDWLCGQALEAGAHLVADFRRTDRNRMMEIAYRFAGYDDADCACRAELAAVGGG
PEHLAAAGAPGAGAPGIGASGAGASGAGAPAGGAPAGGAPGTGAAETRAAEPRAAESRVA
EPRAAESRVAEPRAAESRVAEPRTAEPRAADVPVAEVPEARASGNPVRRLHLRPAPRPAP
RAVTVEAPSLLEVPTRG

>putative glyceroyl-ACP biosynthesis protein [unknown]
GTGCTGGACGAGCGGGTCCGCGCCGCGATCGTCGAGCTGGACGCGCGCGGCGTGCTCCAG
TCGGTGGCCAGCCGCAACGACCCCGAGCCCGCCCTCGCCGCGCTGGAGGCGCTGGGCGTC
GCCGAGTACTTCGTGCTGCCCGAGATCGGCTGGGGCGTCAAGTCCGCCGCCGTCGCCCGC
ATCGCCGACCGGCTGGGCTTCGCGCACCGCGCCATCGCGTTCGTCGACGACCGGCCCGCC
GAGCGCGCCGAGGTCGCCTTCCACCTGCCCGAGGTCCGCTGCTACCCGGCCGAGCGCGTG
CTGGAGCTGTGCTCGCTGCCCGAGTTCAGCCCCGCCGTCGTCACCGAGGACGCCCGCAAC
CGCCGCGCCCTCTACCGGGCCGGGTTCGCGCGCGGCGCCGAGCAGGCCGCGTTCACCGGG
CCCGACGAGGAGTTCCTGCGCTCGCTGGGACTGGTGCTGCGGATCGACCGGGCCAGGCCC
GAGGACCTGCACCGGGTCGAGGAGCTGACCGCGCGCACCAGCCAGATGAACGCGACCGGC
GTGCACTACCCGCACGGGCAGTTGCGCGCCCTGCTGGACGACCCGGCGCACGAGGTGCTG
GTGGCGGGCCTGACCGACCGGTTCGGGCCGCACGGCGCGATCGGCATCGTGCTGCTGGAG
CGGCACACCGCCGCGTGGCACCTGAAGCTGCTGGCGACCTCGTGCCGGGTGGTGCCCTAC
GGCGTGGGCAGCGTGCTGCTGGACTGGCTGTGCGGGCAGGCGCTGGAGGCGGGCGCGCAC
CTGGTGGCCGACTTCCGGCGCACCGACCGCAACCGCATGATGGAGATCGCCTACCGGTTC
GCCGGGTACGACGACGCCGACTGCGCCTGCCGCGCCGAGCTGGCGGCGGTGGGCGGCGGC
CCCGAACACCTCGCTGCGGCAGGCGCCCCAGGCGCGGGCGCTCCGGGGATCGGCGCCTCG
GGAGCCGGTGCTTCAGGAGCCGGTGCTCCCGCGGGCGGTGCTCCCGCGGGCGGTGCTCCA
GGAACCGGTGCTGCCGAGACTCGCGCTGCCGAGCCTCGCGCTGCCGAGTCTCGCGTGGCT
GAGCCCCGCGCTGCCGAGTCTCGCGTGGCTGAGCCCCGCGCTGCCGAGTCTCGCGTGGCT
GAGCCCCGGACCGCCGAGCCCCGCGCCGCTGATGTCCCCGTCGCCGAGGTTCCCGAGGCG
CGTGCCAGCGGGAACCCGGTGCGGCGGCTGCACCTGCGCCCCGCGCCCCGACCCGCCCCG
CGCGCGGTCACCGTCGAAGCCCCGTCGCTGCTGGAGGTGCCCACCCGTGGGTGA

Feature

BLASTP Database:UniProtKB:2011_09	show BLAST table
InterPro Database:interpro:38.0	IPR010037 FkbH domain (Domain) TIGR01686 FkbH IPR016181 Acyl-CoA N-acyltransferase (Domain) G3DSA:3.40.630.30 Acyl_CoA_acyltransferase SSF55729 Acyl_CoA_acyltransferase IPR023214 HAD-like domain (Domain) G3DSA:3.40.50.1000 HAD-like_dom
SignalP	Bacteria, Gram-positive Eukaryota
TMHMM	No significant hit

Ansam_00170 Ansam_00190