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Ansam_00430 : CDS information

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Organism
StrainATCC 31565
Entry nameAnsamitocin
Contig
Start / Stop / Direction84,660 / 84,226 / - [in whole cluster]
1,914 / 1,480 / - [in contig]
Locationcomplement(84226..84660) [in whole cluster]
complement(1480..1914) [in contig]
TypeCDS
Length435 bp (144 aa)
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Category5.1 general function
Productputative anti-sigma factor
Product (GenBank)unknown
Geneasm39
Gene (GenBank)
EC number
Keyword
Note
Note (GenBank)
  • ORF2
Reference
ACC
PmId
[12060743] The biosynthetic gene cluster of the maytansinoid antitumor agent ansamitocin from Actinosynnema pretiosum. (Proc Natl Acad Sci U S A. , 2002)
[19609582] Constitutive overexpression of asm2 and asm39 increases AP-3 production in the actinomycete Actinosynnema pretiosum. (J Ind Microbiol Biotechnol. , 2009)
comment
[PMID:12060743](2002)
Actinosynnema pretiosum ssp. auranticum ATCC 31565のcosmid libraryから、ansamitocin生合成に必要な2つのgene clustersをクローニング。

cluster II を削除するとansamitocinsの産生がなくなるが、AHBAを補充すると産生は回復するので、cluster II はAHBA形成のみに必要な遺伝子を含む。

<cluster II>
Asm39(144aa) : Regulator(Function of homologue)

本文にコメントなし。

---
[PMID:19609582](2009)
putative transcriptional regulators asm2, asm29, and asm34と、putative regulatory protein asm39をsingle-site integrative vector pAP40 と multicopy replicative vector pREPにクローニング。
これをA. pretiosumへ戻して恒常的過剰産生させ、ansamitocin産生量への影響を見ている。

H. avellaneaへの感受性に基づいたansamitocin bioassayでの抑制指数は、replicative vectorでのasm39過剰発現で1.3倍の増加を示した。integrative vectorでは有意差なし。

さらにreplicative vectorでのasm39過剰発現株を振とう培養したところ、15日後に空vector株の2.5倍のansamitocin P-3を蓄積した。

Asm39はAbaAやanti-sigma factor RsfAに似ているが、Asm39 or AbaAもsigma factorsを通して抗生物質産生に影響するかを決定するにはさらなる調査が必要。

また、asm2 or asm39の過剰発現によるansamitocin P-3産生増加は、生合成gene clusterの外側にある多面的なregulatorsを介した間接的な結果であるかもしれない。
Family/Domain
FD
IPR003594
comment
[IPR003594] ATPase-like, ATP-binding domain (Domain)

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selected fasta
>putative anti-sigma factor [unknown]
MDEVDDPTTQPAPEPGTPAPATLDLTARPALAEVRRWTGALLADADEESADDVLLVVNEL
VANAYDHTTSPLALRVTTTPDHVRVEVEDGSPDPPRPDLTAGLRQIGTRGRGLLLIRQLT
DRWGSAPHPGGKTVWAELPNVPAP
selected fasta
>putative anti-sigma factor [unknown]
ATGGACGAGGTGGACGACCCGACCACCCAGCCCGCCCCCGAGCCCGGCACACCGGCACCG
GCCACGCTGGACCTCACGGCCCGCCCGGCCCTGGCCGAGGTGCGCCGCTGGACCGGCGCG
CTCCTGGCCGACGCGGACGAGGAGTCGGCGGACGACGTGCTGCTCGTGGTCAACGAGCTG
GTCGCCAACGCCTACGACCACACCACCTCCCCACTCGCCCTGCGCGTCACGACCACCCCG
GACCACGTGCGCGTGGAGGTCGAGGACGGCTCCCCCGACCCGCCGCGCCCGGACCTCACC
GCGGGCCTGCGCCAGATCGGCACGCGCGGGCGCGGCCTGCTGCTGATCCGCCAGCTGACC
GACCGCTGGGGCAGCGCGCCCCACCCCGGCGGCAAGACCGTGTGGGCGGAGCTGCCGAAC
GTCCCCGCGCCCTGA

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BLASTP
Database:UniProtKB:2011_09 		show BLAST table
InterPro
Database:interpro:38.0
IPR003594 ATPase-like, ATP-binding domain (Domain)
[48-142] 0.00400000081278151 SM00387
SM00387   HATPase_c
[50-139] 3.7e-09 PF02518
PF02518   HATPase_c
[50-143] 1e-08 SSF55874
SSF55874   ATP_bd_ATPase
[47-139] 7.5e-05 G3DSA:3.30.565.10
G3DSA:3.30.565.10   ATP_bd_ATPase
SignalP No significant hit
TMHMM No significant hit
Ansam_00420 Ansam_00420   Ansam_00440 Ansam_00440
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