Ansam_00480 : CDS information

Location

Organism	Actinosynnema pretiosum subsp. auranticum
Strain	ATCC 31565
Entry name	Ansamitocin
Contig	U33059
Start / Stop / Direction	88,846 / 90,009 / + [in whole cluster] 6,100 / 7,263 / + [in contig]
Location	88846..90009 [in whole cluster] 6100..7263 [in contig]
Type	CDS
Length	1,164 bp (387 aa)

Annotation

Category	2.2 modification addition of starter unit
Product	putative UDP-glucose C-3 dehydrogenase
Product (GenBank)	oxidoreductase
Gene	asm44
Gene (GenBank)
EC number
Keyword	AHBA
Note
Note (GenBank)	ORF7; similar to RifL in the rifamycin biosynthetic gene cluster
Reference	ACC O69208 PmId [12060743] The biosynthetic gene cluster of the maytansinoid antitumor agent ansamitocin from Actinosynnema pretiosum. (Proc Natl Acad Sci U S A. , 2002) comment Actinosynnema pretiosum ssp. auranticum ATCC 31565のcosmid libraryから、ansamitocin生合成に必要な2つのgene clustersをクローニング。 cluster II を削除するとansamitocinsの産生がなくなるが、AHBAを補充すると産生は回復するので、cluster II はAHBA形成のみに必要な遺伝子を含む。 <cluster II> Asm44(387aa) : Oxidoreductase asm43-47は明らかにひとつのオペロンで編成される。 RifLに似ていることから、PKS starter AHBAの生合成genesのひとつであるとされている。
Related Reference	ACC Q7BUE1 NITE Rifam_00320 PmId [11278540] Mutational analysis and reconstituted expression of the biosynthetic genes involved in the formation of 3-amino-5-hydroxybenzoic acid, the starter unit of rifamycin biosynthesis in amycolatopsis Mediterranei S699. (J Biol Chem. , 2001) [12207504] Kanosamine biosynthesis: a likely source of the aminoshikimate pathway's nitrogen atom. (J Am Chem Soc. , 2002) [12207505] Characterization of the early stage aminoshikimate pathway in the formation of 3-amino-5-hydroxybenzoic acid: the RifN protein specifically converts kanosamine into kanosamine 6-phosphate. (J Am Chem Soc. , 2002) [21081954] The biosynthesis of 3-amino-5-hydroxybenzoic acid (AHBA), the precursor of mC7N units in ansamycin and mitomycin antibiotics: a review. (J Antibiot (Tokyo). , 2011) comment Blast 16th, id54%, 1e-88 Amycolatopsis mediterranei _rifL RifL [DoBISCUIT]UDP-glucose C-3 dehydrogenase --- [PMID: 11278540](2001) rifamycinと関連ansamycinsのPKS starter 3-amino-5-hydroxybenzoic acid (AHBA)の生合成経路について調査。関連遺伝子の不活化、異種性発現、中間体を基質とした反応確認など。 RifL: oxidoreductase rifLは、PKSのstarter unitであるAHBAの合成に必要十分な7genes(rifG, H, J, K, L, M, N)のひとつだが、rifH, G, Jと異なりshikimate pathway関連遺伝子には似ていない。 rifL mutantの実験から、aminoDAHP形成への関与やAHBA synthaseの酵素活性に影響を及ぼすことが示唆されている。 --- [PMID: 12207504](2002) UDP-6,6-[2H2]-glucose, NAD, glutamine; A.mediterranei cell-free extractでのincubateで、6,6-[2H2]-kanosamineが生成された。 --- [PMID: 12207505](2002) A.mediterraneiのrifN mutantは、rifLとrifMのmutant両方を相補してrifamycin B産生を回復することができたので、RifLとRifMは経路においてRifNより前で機能しなくてはいけない。 E.coliで一緒に発現されたとき、RifKとRifLはcomplexを形成し、UDP-glu依存的にNAD+→NADH形成を触媒するとの記載があるが、この論文そのものではなく非公開データや[PMID: 12207504]からのコメント。schemaあり。 --- [PMID: 21081954](2011) AHBA生合成に関するreview. A. mediterraneiにおけるAHBA形成のcomplete pathwayが示されている(Fig. 9)。発現、精製したoxidoreductase候補RifLに活性が見られないことから、RifLが不安定であり、2つめの機能として酸化されたUDP-glucoseにNを動員するとされるRifKとcomplexを形成して安定化すると考えられる。 rifKLの同時発現で得られたタンパクは、UDP-glucoseでNAD+→NADHする活性が見られたが、dTDP-glucoseでは見られない。この反応にglutamineを加えると活性は拡大する。よってglutamineがN源である。 RifL: UDP-D-glucose + NAD+ → UDP-3-keto-D-glucose + NADH RifK: UDP-3-keto-D-glucose + glutamine → UDP-kanosamine

Sequence

>putative UDP-glucose C-3 dehydrogenase [oxidoreductase]
MSAGSGGVRGGPVRVAVVGLGWVAREVWLPRLLGGAAYRVVAVVEPSARARAAVLGDLTG
VAALERAEDLRRDEVDLAVVAVPNHLHAPVASGLLRRGVPVFLEKPLCLGSAEAAALTAA
ERAGGAVLLGGSAARHRADVRALREVAASLGALRHVDVSWVRSRGIPDRGGWFTDRTRSG
GGALVDLGWHLLDTARVLLRGATGDPEGAELEHVTGAVSADFVDDHAFRAAWRGDGAQAD
PVVGDVEDTARGFLVTRSGISIGVRAAWASHQALDTTVVRVEGSGGTAELRCTFGFSPNR
EGPSRLLLTTDGRTTPVELPAEPVGAEYDAQLASLPARLADPAARGEAASGARWIAGAIE
RVYRAADAVRCAERRHAPVDLAPTGAP

>putative UDP-glucose C-3 dehydrogenase [oxidoreductase]
GTGAGCGCCGGGAGCGGTGGCGTGCGCGGTGGACCGGTGCGGGTGGCGGTGGTCGGGCTC
GGGTGGGTGGCGCGGGAGGTGTGGCTGCCCCGGTTGCTGGGCGGCGCCGCCTACCGGGTG
GTCGCCGTGGTCGAGCCGTCCGCGCGGGCCCGCGCCGCCGTGCTCGGCGACCTCACCGGG
GTCGCCGCGCTGGAGCGGGCGGAGGACCTGCGCCGCGACGAGGTCGACCTGGCGGTGGTC
GCCGTGCCGAACCACCTGCACGCGCCGGTCGCGTCCGGTCTGCTGCGGCGGGGCGTCCCG
GTGTTCCTGGAGAAGCCGCTGTGCCTGGGGTCCGCCGAGGCCGCCGCGCTCACCGCCGCC
GAGCGGGCCGGTGGCGCGGTGCTGCTGGGCGGGAGCGCCGCGCGGCACCGGGCCGACGTG
CGGGCGCTGCGGGAGGTGGCCGCGTCGCTGGGCGCGCTGCGGCACGTCGACGTGTCCTGG
GTGCGGTCCAGGGGCATCCCGGACCGGGGCGGCTGGTTCACCGACCGCACCCGCTCCGGC
GGCGGCGCGCTGGTCGACCTCGGCTGGCACCTGCTCGACACCGCCCGCGTGCTGCTGCGC
GGCGCCACCGGTGACCCGGAGGGCGCGGAGCTGGAGCACGTCACCGGCGCGGTGTCCGCG
GACTTCGTCGACGACCACGCGTTCCGCGCCGCCTGGCGCGGCGACGGGGCGCAGGCGGAC
CCGGTGGTCGGCGACGTGGAGGACACCGCCAGGGGATTCCTCGTCACCCGGTCGGGGATC
TCGATCGGGGTGCGCGCGGCCTGGGCCTCGCACCAGGCGCTGGACACCACCGTCGTGCGC
GTGGAGGGCAGCGGCGGCACGGCCGAGCTGCGCTGCACCTTCGGCTTCAGCCCGAACCGC
GAGGGCCCGTCGCGGCTCCTGCTCACCACCGACGGCCGCACCACCCCGGTCGAGCTGCCC
GCCGAGCCGGTGGGCGCCGAGTACGACGCCCAGCTCGCGAGCCTGCCCGCCCGCCTGGCC
GACCCCGCCGCGCGCGGCGAGGCCGCGTCCGGGGCGCGCTGGATCGCGGGCGCGATCGAA
CGGGTCTACCGCGCCGCCGACGCCGTGCGGTGCGCCGAACGACGACACGCGCCGGTCGAC
CTCGCCCCGACGGGAGCCCCGTGA

Feature

BLASTP Database:UniProtKB:2011_09	show BLAST table
InterPro Database:interpro:38.0	IPR000683 Oxidoreductase, N-terminal (Domain) PF01408 GFO_IDH_MocA IPR004104 Oxidoreductase, C-terminal (Domain) PF02894 GFO_IDH_MocA_C IPR016040 NAD(P)-binding domain (Domain) G3DSA:3.40.50.720 NAD(P)-bd
SignalP	No significant hit
TMHMM	No significant hit

Ansam_00470 Ansam_00490