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Ansam_00490 : CDS information

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Organism
StrainATCC 31565
Entry nameAnsamitocin
Contig
Start / Stop / Direction90,285 / 90,923 / + [in whole cluster]
7,539 / 8,177 / + [in contig]
Location90285..90923 [in whole cluster]
7539..8177 [in contig]
TypeCDS
Length639 bp (212 aa)
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Category2.2 modification addition of starter unit
Productputative hydrolase
Product (GenBank)phosphatase
Geneasm45
Gene (GenBank)
EC number
Keyword
  • AHBA
Note
Note (GenBank)
  • ORF8; similar to phosphoglycolate phosphatases and RifM in the rifamycin biosynthetic gene cluster
Reference
ACC
PmId
[12060743] The biosynthetic gene cluster of the maytansinoid antitumor agent ansamitocin from Actinosynnema pretiosum. (Proc Natl Acad Sci U S A. , 2002)
comment
Actinosynnema pretiosum ssp. auranticum ATCC 31565のcosmid libraryから、ansamitocin生合成に必要な2つのgene clustersをクローニング。

cluster II を削除するとansamitocinsの産生がなくなるが、AHBAを補充すると産生は回復するので、cluster II はAHBA形成のみに必要な遺伝子を含む。

<cluster II>
Asm45(212aa) : Phosphatase

asm43-47は明らかにひとつのオペロンで編成される。
RifMに似ていることから、PKS starter AHBAの生合成genesのひとつであるとされている。
Related Reference
ACC
O52553
NITE
Rifam_00330
PmId
[11278540] Mutational analysis and reconstituted expression of the biosynthetic genes involved in the formation of 3-amino-5-hydroxybenzoic acid, the starter unit of rifamycin biosynthesis in amycolatopsis Mediterranei S699. (J Biol Chem. , 2001)
[12207505] Characterization of the early stage aminoshikimate pathway in the formation of 3-amino-5-hydroxybenzoic acid: the RifN protein specifically converts kanosamine into kanosamine 6-phosphate. (J Am Chem Soc. , 2002)
comment
Blast 14th, id67%, 8e-66
Amycolatopsis mediterranei_rifM
RifM
[DoBISCUIT]putative hydrolase

---
[PMID: 11278540](2001)
rifamycinと関連ansamycinsのPKS starter 3-amino-5-hydroxybenzoic acid (AHBA)の生合成経路について調査。関連遺伝子の不活化、異種性発現、中間体を基質とした反応確認など。

RifM: phosphatase

rifMは、PKSのstarter unitであるAHBAの合成に必要十分な7genes(rifG, H, J, K, L, M, N)のひとつだが、rifH, G, Jと異なりshikimate pathway関連遺伝子には似ていない。

rifM mutantの実験から、AHBA生合成の早期段階で作用し、aminoDAHP形成か、それより前で関与することが示唆されている。

---
[PMID: 12207505](2002)
A.mediterraneiのrifN mutantは、rifLとrifMのmutant両方を相補してrifamycin B産生を回復することができたので、RifLとRifMは経路においてRifNより前で機能しなくてはいけない。

UDP-kanosamine→kanosamineへ触媒するのがRifMであるというschemaあるが、詳細な根拠なし。
ACC
P32662
PmId
comment
412th, id28%, 2e-10
E.coli_gph(yhfE)
Phosphoglycolate phosphatase(EC 3.1.3.18)

E.coli_pgh遺伝子のクローニング、recombinantタンパクの作製・精製、活性確認。
pgh deletion mutantも作製している。
PGPase活性は、Cl(-)かつMg(2+)の依存型。
Family/Domain
FD
IPR006439
comment
[IPR006439] HAD hydrolase, subfamily IA (Family)
Function : hydrolase activity

IPR006402, IPR005833のsignatureは現在 IPR006439 に統合されている。

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selected fasta
>putative hydrolase [phosphatase]
MLFDLDGVLVNSFAVMRQAFEIAYTEVVGDGPAPFEEYNRHLGRYFPDIMRIMGLPLEVE
GPFVRESYRLAGEVEVFEGAPELLADLRQHGFGTAVVTGKSGPRARSLLTTLGLAELFDH
VIGSDEVVNPKPAPDMLLLATGLLGVPADRVVMVGDALTDLASARAAGYPALAALWGETD
EAELLAANPDAAVRKPSQVLDWCLAHLADDRT
selected fasta
>putative hydrolase [phosphatase]
GTGCTGTTCGACCTCGACGGGGTGCTGGTCAACAGCTTCGCCGTCATGCGGCAGGCGTTC
GAGATCGCCTACACCGAGGTCGTCGGCGACGGGCCCGCGCCGTTCGAGGAGTACAACCGG
CACCTGGGGCGGTACTTCCCGGACATCATGCGGATCATGGGCCTGCCGCTGGAGGTGGAG
GGGCCGTTCGTCCGCGAGAGCTACCGGCTCGCGGGTGAGGTCGAGGTGTTCGAGGGCGCG
CCGGAGCTGCTGGCGGACCTGCGGCAGCACGGCTTCGGCACCGCCGTGGTCACCGGCAAG
AGCGGCCCGCGCGCCCGGTCGCTGCTGACCACCCTCGGCCTGGCGGAGCTGTTCGACCAC
GTCATCGGCTCCGACGAGGTCGTGAACCCCAAGCCCGCGCCGGACATGCTCCTGCTGGCC
ACCGGCCTGCTCGGCGTCCCGGCCGACCGGGTGGTGATGGTGGGCGACGCCCTGACCGAC
CTGGCGAGCGCCCGCGCCGCGGGCTACCCGGCGCTGGCCGCGCTGTGGGGCGAGACGGAC
GAGGCGGAGCTGCTGGCGGCGAACCCGGACGCGGCGGTCCGCAAGCCCTCGCAGGTGCTC
GACTGGTGCCTGGCCCACCTCGCCGACGACCGGACGTGA

close this sectionFeature

BLASTP
Database:UniProtKB:2011_09 		show BLAST table
InterPro
Database:interpro:38.0
IPR005833 Haloacid dehalogenase/epoxide hydrolase (Family)
[87-100] 7.60000011115813e-05 PR00413 [118-134] 7.60000011115813e-05 PR00413 [136-156] 7.60000011115813e-05 PR00413
PR00413   HADHALOGNASE
IPR006351 3-amino-5-hydroxybenzoic acid synthesis-related (Family)
[1-205] 1.69999999999998e-119 TIGR01454
TIGR01454   AHBA_synth_RP
IPR006402 HAD-superfamily hydrolase, subfamily IA, variant 3 (Family)
[79-169] 2.6e-09 TIGR01509
TIGR01509   HAD-SF-IA-v3
IPR006439 HAD-superfamily hydrolase, subfamily IA, variant 1 (Family)
[76-168] 3.7e-08 TIGR01549
TIGR01549   HAD-SF-IA-v1
IPR023214 HAD-like domain (Domain)
[1-203] 1.49999648196323e-46 SSF56784
SSF56784   HAD-like_dom
[2-16] 9.8e-40 G3DSA:3.40.50.1000 [69-202] 9.8e-40 G3DSA:3.40.50.1000
G3DSA:3.40.50.1000   HAD-like_dom
SignalP No significant hit
TMHMM No significant hit
Ansam_00480 Ansam_00480   Ansam_00500 Ansam_00500
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