Mith_00230 : CDS information

Location

Organism	Streptomyces argillaceus
Strain	ATCC 12956
Entry name	Mithramycin
Contig	X89899
Start / Stop / Direction	26,918 / 25,458 / - [in whole cluster] 26,918 / 25,458 / - [in contig]
Location	complement(25458..26918) [in whole cluster] complement(25458..26918) [in contig]
Type	CDS
Length	1,461 bp (486 aa)

Annotation

Category	2.3 modification addition of sugar moiety
Product	putative dTDP-4-keto-6-deoxy-D-glucose 2,3-dehydratase
Product (GenBank)	D-olivose, D-oliose and D-mycarose 2,3-dehydratase
Gene
Gene (GenBank)	mtmV
EC number
Keyword	D-olivose D-oliose D-mycarose
Note
Note (GenBank)
Reference	ACC Q194Q2 PmId [11254130] The mtmVUC genes of the mithramycin gene cluster in Streptomyces argillaceus are involved in the biosynthesis of the sugar moieties. (Mol Gen Genet. , 2001) comment Streptornyces argillaceus ATCC 12956 cosmid clone cosAR3から3852bpのDNA領域をシークエンスしたところ、mtmV, mtmU, mtmCの3ORFsが見つかった。 mtmVの推定産物 (1461nt, 486aa, Mr53684)は、配列解析からdTDP-4-keto-6-deoxy-2,3-dehydraseであると推定された。これを確認するためにmtmVのほとんどを削除・置換したmutantを作成。このmutantはmithramycin非産生で、糖鎖付加のない中間体premithramycinoneを蓄積。mtmVで相補するとmithramycin産生は回復。したがって、mtmVはmithramycinに含まれる3つの糖(D-olivose, D-oliose and D-mycarose)の生合成に共通するステップを触媒する2,3-dehydrataseをコードすることが提案される。
Related Reference	ACC B3TMP2 PmId [17985890] Elucidation of the kijanimicin gene cluster: insights into the biosynthesis of spirotetronate antibiotics and nitrosugars. (J Am Chem Soc. , 2007) comment Blast 5th, id52%, 1e-136 Actinomadura kijaniata_KijB1 Sugar 2,3-dehydratase 2,3-dehydratase活性を確認するため、KijB1とdTDP-4-keto-6-deoxy-D-glucoseを反応させると、予測されたdTDP-3,4-diketo-2,6-dideoxy-D-glucoseは観察されなかったが、その分解産物であるmaltolが検出された。この結果は2,3-dehydrataseとしてのKijB1の役割の証拠となった。 KijB1より容易に産生されるTylX3を代わりに用いて、dTDP-4-keto-6-deoxy-D-glucoseをTylX3, KijD10, and NADPHで2steps連続反応させるとdTDP-4-keto-2,6-dideoxy-D-glucoseが形成された。よってKijD10は3-ketoreductaseである。
Related Reference	ACC Q9ALN6 NITE Spino_00070 PmId [18345667] In vitro characterization of the enzymes involved in TDP-D-forosamine biosynthesis in the spinosyn pathway of Saccharopolyspora spinosa. (J Am Chem Soc. , 2008) comment Blast 40th, id50%, 1e-119 Saccharopolyspora spinosa_spnO Probable NDP-hexose-2,3-dehydratase Forosamine合成の初期段階で NDP-4-keto-6-deoxy-glucoseの2,3位の脱水反応を行う。 dTDP-4-keto-6-deoxy-D-glucose 2,3-dehydratase_SpnO dTDP-D-glucose, RfbB(dTDP-D-glucose→dTDP-4-keto-6-deoxy-D-glucose), and either NADH or NADPHと一緒にSpnO and SpnNをインキュベートし、NAD(P)Hの消費量をフォローしてtandem reactionを測定。SpnO or SpnNのどちらかを欠いた場合、消費が見られなかった。 dTDP-3,4-diketo-2,6-dideoxy-D-glucoseは不安定で急速にdTDP and maltolに分解してしまうため、SpnOのみの触媒効率は定量できていない。 -- SpnNはdTDP-3,4-diketo-2,6-dideoxy-D-glucose 3-ketoreductaseであることが他で報告されている。

Sequence

>putative dTDP-4-keto-6-deoxy-D-glucose 2,3-dehydratase [D-olivose, D-oliose and D-mycarose 2,3-dehydratase]
MTQAIMSRKHPAVPPDGLDAPDLRRIAESAAADSGLLSLGGVHDWFEERRKAIRMDVRRI
PFAELQRWGFHPVTGNLAHDSGRFFTVEGLRARSEGPDPVSWSQPIMHQPEVGFLGILVK
EFDGVLHCLMQAKAEPGNAEGLQLSPTVQATRSNYTGVHEGSAVRYLEYFTDPGKGRPLV
DVLQSEHGSWFFRKRNRNLVVEAVGDVPEHEDYRWLTLGQVRRLLGVPDLVNMDTRTVLA
CLPVAPPDGSLEGVTTDGSRGAAVAALTASLSAQAPAAHTLPELLRWFNGLRARSEVAAQ
LVPLTSVDGWVRDTDEIRHTSGRHFAIVAVSVEAGNREVKGWTQPLLSPRGTGVVAFLAK
RIDGVLHVLARAHPEPGYVDLIELAPTVQCVPDDHAHLPPEQRPRFLDQVLAARPEQILY
DAVQSEEGGRFYRALSRYLVVETDEDPVVPDDYRWMTVAQLVALLQHSNYCNIQARSLIA
CLQSVW

>putative dTDP-4-keto-6-deoxy-D-glucose 2,3-dehydratase [D-olivose, D-oliose and D-mycarose 2,3-dehydratase]
ATGACTCAAGCGATCATGAGCAGAAAGCATCCAGCGGTCCCCCCGGACGGCCTCGACGCG
CCGGATCTGAGGCGCATCGCCGAATCGGCGGCGGCCGACAGCGGACTGCTGTCCCTGGGT
GGTGTCCACGACTGGTTCGAGGAGCGCCGCAAGGCCATCCGGATGGACGTGAGGCGCATC
CCCTTCGCCGAGCTCCAGCGCTGGGGCTTCCACCCGGTCACCGGGAATCTGGCGCACGAC
AGCGGCCGCTTCTTCACCGTCGAAGGGCTGCGGGCTCGCTCCGAGGGCCCGGACCCCGTC
TCCTGGTCCCAGCCGATCATGCACCAGCCGGAAGTGGGTTTCCTCGGCATCCTGGTCAAG
GAGTTCGACGGTGTCCTGCACTGCCTGATGCAGGCGAAGGCCGAGCCCGGCAACGCCGAG
GGACTCCAGTTGTCGCCCACGGTGCAGGCCACCCGCAGCAACTACACGGGCGTGCACGAG
GGCAGCGCCGTGCGGTACCTGGAGTACTTCACGGACCCCGGCAAGGGCCGGCCGCTGGTC
GACGTGCTCCAGTCCGAGCACGGTTCCTGGTTCTTCCGCAAACGCAACCGCAATCTCGTC
GTCGAGGCCGTCGGCGACGTGCCCGAGCACGAGGACTACCGCTGGCTGACCCTCGGTCAG
GTCCGCCGGCTGCTCGGCGTCCCGGACCTGGTCAACATGGACACTCGGACGGTCCTGGCC
TGCCTCCCCGTCGCCCCGCCGGACGGTTCCCTCGAGGGAGTCACGACCGACGGTTCCCGC
GGGGCGGCCGTGGCCGCCCTGACCGCCTCCCTGTCCGCGCAGGCCCCCGCCGCGCACACC
CTGCCCGAGCTGCTGCGCTGGTTCAACGGGCTCAGGGCGCGCAGCGAGGTCGCCGCGCAG
CTCGTCCCGCTGACCTCCGTGGACGGCTGGGTCCGCGACACGGACGAGATACGCCACACC
AGTGGACGGCACTTCGCGATCGTCGCCGTGTCTGTGGAGGCCGGCAACCGCGAAGTCAAG
GGGTGGACCCAGCCGCTGCTCAGCCCGCGCGGCACCGGGGTGGTGGCGTTCCTGGCCAAG
CGGATCGACGGCGTCCTCCACGTCCTGGCGCGCGCCCACCCGGAACCGGGCTACGTCGAC
CTCATCGAGCTGGCCCCGACCGTCCAGTGCGTCCCCGACGACCACGCTCATCTCCCCCCC
GAACAGCGGCCCAGGTTCCTGGACCAGGTGCTCGCGGCCCGGCCGGAGCAGATCCTCTAC
GACGCCGTGCAGTCCGAGGAGGGCGGCCGTTTCTACCGGGCGCTGAGCCGCTACCTGGTG
GTCGAGACGGACGAGGATCCCGTCGTGCCCGACGACTACCGCTGGATGACGGTGGCGCAG
CTGGTCGCCCTGCTCCAGCACAGCAACTACTGCAACATCCAGGCCCGCAGCCTCATCGCC
TGTCTGCAGTCCGTCTGGTGA

Feature

BLASTP Database:UniProtKB:2011_09	show BLAST table
InterPro Database:interpro:38.0	IPR005212 NDP-hexose 2,3-dehydratase (Domain) PF03559 Hexose_dehydrat
SignalP	No significant hit
TMHMM	No significant hit

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