Oxtet_00050 : CDS information

Location

Organism	Streptomyces rimosus
Strain	ATCC 10970 (=NBRC 12907)
Entry name	Oxytetracycline
Contig	DQ143963
Start / Stop / Direction	3,686 / 5,524 / + [in whole cluster] 3,686 / 5,524 / + [in contig]
Location	3686..5524 [in whole cluster] 3686..5524 [in contig]
Type	CDS
Length	1,839 bp (612 aa)

Annotation

Category	2.2 modification addition of starter unit
Product	amide synthetase
Product (GenBank)	OxyD
Gene	oxyD otcY1-4
Gene (GenBank)	oxyD
EC number
Keyword
Note
Note (GenBank)	amidotransferase involved in malonamyl starter unit biosynthesis
Reference	ACC Q3S8R1 PmId [16597959] Engineered biosynthesis of a novel amidated polyketide, using the malonamyl-specific initiation module from the oxytetracycline polyketide synthase. (Appl Environ Microbiol. , 2006) [17125237] Heterologous biosynthesis of amidated polyketides with novel cyclization regioselectivity from oxytetracycline polyketide synthase. (J Nat Prod. , 2006) [17631493] Investigation of early tailoring reactions in the oxytetracycline biosynthetic pathway. (J Biol Chem. , 2007) [21622525] Genetic characterization of enzymes involved in the priming steps of oxytetracycline biosynthesis in Streptomyces rimosus. (Microbiology. , 2011) comment [PMID:16597959](2006) oxytetracycline gene clusterのシークエンス、配列解析。 resistance genes otrAとotrBの間に全21genesを同定。わかりやすくするため、gene namesがotc → oxyに変更され、振り直されている。 oxyD (otcY1-4): Asparagine synthetase tetracyclines生合成はユニークなmalonamate starter unitでprimeされる。 amidated polykeidesの生合成にはoxy minimal PKS + oxyDで必要十分であることを異種性発現で確認。 OxyDはmalonyl-CoA or malonyl-ACPをamidateしてmalonamyl-CoA or malonamyl-ACPを得て、それから鎖伸長のためのoxy KS-CLFをprimeすると考えられている。 --- [PMID:17125237](2006) minimal oxytetracycline PKSとamidotransferase OxyDをS. coelicolor strain CH999で異種性発現し、産物解析。これらの構造から、amide starter unitの存在がpolyketide骨格の環化位置選択性と反応性への重大な影響を持つと示唆される。 --- [PMID:17631493](2007) 環化におけるstarterの影響を見るため、plasmidを構築してCH999で異種性発現、産物解析。oxyDが含まれないと4環化合物は検出されないので、OxyDによって設置される末端amide unitは最後の環化ステップのために重要である。 --- [PMID:21622525](2011) malonamate-primed oxytetracycline (OTC)の代わりにacetate-primed 2-acetyl-2-decarboxyamido-oxytetracycline (ADOTC)を産生するStreptomyces rimosus ATCC 13224の配列解析と相補から、amide starter unitの合成にはOxyDが必須で、その活性には特にD268Nが関連することを明らかにしている。
Related Reference	ACC Q2MGB4 NITE Fred_00250 PmId [20926388] Characterization of FdmV as an amide synthetase for fredericamycin A biosynthesis in Streptomyces griseus ATCC 43944. (J Biol Chem. , 2010) comment Blast 80th, id50%, 1e-150 Streptomyces griseus Asparagine synthetase(EC 6.3.5.4) [DoBISCUIT]amide synthetase_fdmV fdmV不活化mutantはFredericamycin(FDM) A and E産生せず、amide結合を欠いたFDM Cを蓄積。 vitroでFdmVは、FDM C→FDM Bへの変換を触媒する。 K(m) = 162 ± 67 μM and k(cat) = 0.11 ± 0.02 min(-1) また、FDM Cの構造的analogであるFDM M-3のamidationも触媒してamide FDM M-6を産生するが効率は低い。 FdmVは、nitrogen donorとしてclass II glutamine amidotransferasesに共通のL-Gln と遊離amineに加えてL-Asnも利用できる。 FDM A生合成におけるamide結合形成は、carbaspirocycle形成の前で、C-8 hydroxylationの後に起こると提唱される。

Sequence

>amide synthetase [OxyD]
MCGIAGWIDFERNLAQERATAWAMTDTMACRGPDDAGLWTGGHAALGHRRLAVIDPAHGR
QPMHSTLPDGTSHVITFSGEIYNFRELRVELESQGHRFRTHCDTEVVLHGYTRWGRELVD
RLNGMYAFAVWDEARQELLLVRDRMGVKPLYYHPTATGVLFGSEPKAVLAHPSLRRRVTA
EGLCEVLDMVKTPGRTVFSGMREVLPGEMVTVGRSGVARRRYWTLQAREHTDDLETTIAT
VRGLLTDRVRRQLVSDVPLCTLLSGGLDSSAVTALAARAGDGPVRTFSVDFSGAGTRFQP
DAVRGNTDAPYVQEMVRHVAADHTEVVLDSADLAAPEVRAAVLGATDLPPAFWGDMWPSL
YLFFRQVRQHCTVALSGEAADELFGGYRWFHRTAAIDAGTFPWLTAGSARYFGGRGLFDR
KLLDKLDLPGYQRDRYAEARKEVPVLPGEDAREAELRRVTYLNLTRFVQTLLDRKDRMSM
ATGLEVRVPFCDHRLVDYVFNVPWAMKSFDGREKSLLRAAVRDLLPESVVTRVKTPYPAT
QDPVYERLLRDELAALLADSQAPVRELLDLGRARDLLRRPVGAVSQPYDRGSLELVLWMN
TWLAEYGVSLEL

>amide synthetase [OxyD]
ATGTGCGGAATCGCCGGCTGGATCGATTTCGAACGCAATCTGGCGCAGGAGCGGGCGACG
GCCTGGGCCATGACGGACACCATGGCCTGCCGGGGCCCGGACGACGCGGGCCTGTGGACC
GGTGGCCACGCGGCGCTCGGCCACCGCAGGCTGGCCGTCATCGACCCGGCGCACGGGCGG
CAGCCGATGCACAGCACGCTGCCGGACGGCACGAGCCACGTCATCACGTTCAGCGGGGAG
ATCTACAACTTCCGTGAACTGCGGGTCGAGCTGGAGTCCCAGGGGCACCGCTTCCGTACC
CACTGCGACACGGAGGTGGTGCTGCACGGCTACACCCGGTGGGGCCGGGAGCTGGTGGAC
CGGCTCAACGGCATGTACGCGTTCGCCGTGTGGGACGAGGCCCGGCAGGAACTGCTGCTG
GTCCGCGACCGGATGGGGGTCAAGCCGCTCTACTACCACCCCACCGCCACCGGTGTGCTG
TTCGGCTCCGAGCCGAAGGCCGTGCTCGCGCACCCCTCGCTGCGGCGGCGGGTGACGGCC
GAGGGCCTGTGCGAGGTGCTGGACATGGTCAAGACCCCCGGCCGGACCGTCTTCTCCGGT
ATGCGCGAGGTGCTGCCGGGCGAGATGGTCACCGTCGGGCGCTCCGGTGTGGCCCGCAGG
CGGTACTGGACGCTCCAGGCGCGGGAGCACACCGACGATCTGGAGACCACCATCGCCACG
GTGCGCGGCCTGCTGACGGACAGGGTGCGCCGGCAGCTGGTCTCCGATGTGCCGCTGTGC
ACCCTGCTCTCCGGCGGGCTGGACTCGTCGGCGGTGACGGCGCTGGCGGCGCGGGCGGGC
GACGGGCCGGTCCGTACGTTCTCGGTGGACTTCTCCGGCGCGGGCACCCGGTTCCAGCCG
GACGCCGTACGGGGCAACACGGACGCGCCGTACGTCCAGGAGATGGTGCGGCACGTGGCG
GCGGACCATACGGAAGTCGTGCTGGACAGCGCCGATCTCGCGGCACCCGAGGTGCGTGCC
GCCGTCCTGGGGGCCACCGACCTGCCCCCGGCGTTCTGGGGCGACATGTGGCCCTCGCTG
TACCTGTTCTTCCGGCAGGTGCGGCAGCACTGCACGGTGGCCCTGTCGGGCGAGGCGGCG
GACGAACTCTTCGGCGGTTACCGGTGGTTCCACCGGACGGCGGCCATCGACGCCGGTACG
TTCCCCTGGCTGACCGCCGGCTCGGCCCGGTACTTCGGCGGCCGGGGCCTGTTCGACCGC
AAGCTGCTGGACAAGCTCGACCTGCCGGGCTACCAGCGCGACCGGTACGCCGAGGCCCGT
AAGGAAGTCCCCGTCCTGCCCGGCGAGGACGCGCGGGAGGCGGAGCTGCGCCGGGTGACC
TACCTCAACCTCACCCGCTTCGTGCAGACCCTGCTGGACCGCAAGGACCGGATGAGCATG
GCGACCGGCCTGGAGGTGCGGGTGCCGTTCTGCGACCACCGGCTGGTCGACTACGTCTTC
AACGTGCCGTGGGCCATGAAGTCCTTCGACGGCAGGGAGAAGAGCCTGCTGCGGGCCGCG
GTGCGCGACCTGCTGCCGGAGTCGGTGGTCACCCGGGTCAAGACGCCCTACCCCGCCACA
CAGGACCCGGTCTACGAGCGGCTGTTGCGCGACGAACTGGCCGCGCTGCTGGCCGACAGC
CAGGCGCCGGTCCGCGAACTGCTCGACCTGGGTCGGGCGCGCGACCTGCTGCGGCGGCCG
GTCGGCGCCGTCAGCCAACCGTACGACCGCGGCAGTCTGGAGCTGGTCCTGTGGATGAAC
ACCTGGCTGGCGGAGTACGGCGTCAGCCTGGAGCTATGA

Feature

BLASTP Database:UniProtKB:2011_09	show BLAST table
InterPro Database:interpro:38.0	IPR000583 Class II glutamine amidotransferase domain (Domain) PF13537 GATase_7 IPR001962 Asparagine synthase (Domain) PF00733 Asn_synthase IPR006426 Asparagine synthase, glutamine-hydrolyzing (Family) PIRSF001589 Asn_synthetase_glu-h TIGR01536 Asn_synth_AEB IPR014729 Rossmann-like alpha/beta/alpha sandwich fold (Domain) G3DSA:3.40.50.620 Rossmann-like_a/b/a_fold IPR017932 Glutamine amidotransferase type 2 domain (Domain) PS51278 GATASE_TYPE_2
SignalP	No significant hit
TMHMM	No significant hit

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