Oxtet_00070 : CDS information

Location

Organism	Streptomyces rimosus
Strain	ATCC 10970 (=NBRC 12907)
Entry name	Oxytetracycline
Contig	DQ143963
Start / Stop / Direction	7,846 / 6,809 / - [in whole cluster] 7,846 / 6,809 / - [in contig]
Location	complement(6809..7846) [in whole cluster] complement(6809..7846) [in contig]
Type	CDS
Length	1,038 bp (345 aa)

Annotation

Category	3.2 modification methylation
Product	C-6 C-methyltransferase
Product (GenBank)	OxyF
Gene	oxyF otcY2-5
Gene (GenBank)	oxyF
EC number	2.1.1.-
Keyword
Note
Note (GenBank)	putative C6-methyltransferase
Reference	ACC Q3S8Q9 PmId [16597959] Engineered biosynthesis of a novel amidated polyketide, using the malonamyl-specific initiation module from the oxytetracycline polyketide synthase. (Appl Environ Microbiol. , 2006) [17631493] Investigation of early tailoring reactions in the oxytetracycline biosynthetic pathway. (J Biol Chem. , 2007) comment [PMID:16597959](2006) oxytetracycline gene clusterのシークエンス、配列解析。 resistance genes otrAとotrBの間に全21genesを同定。わかりやすくするため、gene namesがotc → oxyに変更され、振り直されている。 oxyF (otcY2-5): Methyltransferase oxy clusterにはSAM-dependent-methyltransferaseが2つ(OxyF and OxyT)コードされる。 OxyFは、pretetramid → 6-methyl-pretetramid へのC-6 メチル化が推定的に割り当てられている。機能確認はされていない。 --- [PMID:17631493](2007) 異種性に6-methylpretetramidを産出するために要求されるoxytetracycline生合成経路由来酵素の最小セットを同定している。 OxyF and OxyTのうちどちらがC-6 メチル化を担うのかを同定するため、pWJ83(oxyABCDJKN)にoxyT or oxyFを加えたplasmidを構築し、CH999で異種性発現、産物解析。この結果から、OxyFがC-6 メチル化を担うことが示された（実際に検出しているのは精製過程で酸化されたと考えられる物質で、6-methylpretetramidではない）。また、3環化合物の収量が変わらないことから、この反応は4環骨格で発生し、3環骨格ではできない。他の芳香族PKSsとoxyFの組み合わせでは新規代謝産物は得られず、自然基質pretetramidに対して高い特異性を持つ。

Sequence

>C-6 C-methyltransferase [OxyF]
MTSTSPTALPPAVMRLRELALSAACAAAVRAAASLGVADALGDEPADAGTLAKAVRADAD
ALERLLRALAAYDVFSELPDGRFEHTDASRLLREDAPRGLRYSALWATEPWTWALWPHLA
DAVRTGREEFTALYGTEFFDWLHTAEARESAEVFDKAMTQSSVLSAKAIAEVLDLDGVGA
MVDIAGGQGMVLATLLEKYPALRGTLFDLPKVVADADPRLREGGALAGRAQLVGGDCRQS
VPEGADLYLLKNILEWDDESTVRTLRNVAKSAPAGARVVVVENLVDGSPETRFTTAMDLM
LLLNVGGKKHTKAGLSALVEQAGLQLEEVRAVNSYLHMFVSTVPA

>C-6 C-methyltransferase [OxyF]
GTGACCAGCACCTCTCCCACGGCGCTTCCCCCCGCCGTCATGCGGCTGCGCGAACTCGCC
CTGAGCGCCGCCTGTGCCGCCGCCGTCCGCGCCGCGGCGAGCCTGGGCGTCGCGGACGCC
CTCGGGGACGAACCCGCGGACGCCGGCACCCTCGCGAAGGCGGTGCGGGCCGACGCGGAC
GCGCTGGAGCGCCTGCTGCGCGCCCTCGCCGCGTACGACGTCTTCAGCGAACTCCCCGAC
GGCCGCTTCGAGCACACCGACGCCTCCCGGCTGCTGCGCGAGGACGCCCCGCGCGGCCTG
CGCTACTCGGCGCTGTGGGCGACCGAGCCGTGGACCTGGGCGCTGTGGCCGCACCTGGCG
GACGCCGTGCGCACCGGCCGGGAGGAGTTCACCGCGCTGTACGGCACCGAGTTCTTCGAC
TGGCTGCACACCGCCGAGGCCCGCGAGTCGGCCGAGGTGTTCGACAAGGCCATGACCCAG
TCCAGCGTGCTGTCGGCGAAGGCCATCGCCGAGGTGCTCGACCTGGACGGCGTCGGCGCC
ATGGTGGACATCGCCGGGGGCCAGGGCATGGTGCTCGCCACCCTGCTGGAGAAGTACCCG
GCGCTGCGCGGCACCCTCTTCGACCTGCCGAAGGTCGTCGCCGACGCCGACCCGCGGCTG
CGCGAGGGCGGCGCGCTCGCCGGGCGCGCGCAGCTGGTGGGCGGTGACTGCCGGCAGTCG
GTGCCGGAGGGTGCCGACCTGTATCTGCTGAAGAACATCCTGGAGTGGGACGACGAGAGC
ACGGTGCGCACCCTGCGCAACGTCGCCAAGTCGGCCCCCGCCGGGGCGCGCGTCGTGGTG
GTGGAGAACCTGGTCGACGGCAGTCCCGAGACCCGGTTCACCACCGCCATGGACCTGATG
CTGCTGCTCAACGTCGGCGGCAAGAAGCACACCAAGGCGGGGCTGAGCGCGCTGGTGGAG
CAGGCGGGGCTCCAGCTGGAGGAGGTACGCGCGGTCAACTCCTACCTGCACATGTTCGTG
AGCACGGTGCCCGCGTAG

Feature

BLASTP Database:UniProtKB:2011_09	show BLAST table
InterPro Database:interpro:38.0	IPR001077 O-methyltransferase, family 2 (Domain) PF00891 Methyltransf_2 IPR011991 Winged helix-turn-helix transcription repressor DNA-binding (Domain) G3DSA:1.10.10.10 Wing_hlx_DNA_bd IPR016461 O-methyltransferase, caffeic acid-type (Family) PIRSF005739 O-mtase
SignalP	Bacteria, Gram-positive
TMHMM	No significant hit

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