Oxtet_00110 : CDS information

Location

Organism	Streptomyces rimosus
Strain	ATCC 10970 (=NBRC 12907)
Entry name	Oxytetracycline
Contig	DQ143963
Start / Stop / Direction	11,443 / 12,396 / + [in whole cluster] 11,443 / 12,396 / + [in contig]
Location	11443..12396 [in whole cluster] 11443..12396 [in contig]
Type	CDS
Length	954 bp (317 aa)

Annotation

Category	3.4 other modification
Product	cyclase/dehydratase
Product (GenBank)	OxyK
Gene	oxyK otcD1
Gene (GenBank)	oxyK
EC number
Keyword	1st ring
Note
Note (GenBank)	putative aromatase; similar to OtcD1 of GenBank Accession Number AAD10031
Reference	ACC Q3S8Q5 PmId [16597959] Engineered biosynthesis of a novel amidated polyketide, using the malonamyl-specific initiation module from the oxytetracycline polyketide synthase. (Appl Environ Microbiol. , 2006) [17125237] Heterologous biosynthesis of amidated polyketides with novel cyclization regioselectivity from oxytetracycline polyketide synthase. (J Nat Prod. , 2006) [17631493] Investigation of early tailoring reactions in the oxytetracycline biosynthetic pathway. (J Biol Chem. , 2007) comment [PMID:16597959](2006) oxytetracycline gene clusterのシークエンス、配列解析。 resistance genes otrAとotrBの間に全21genesを同定。わかりやすくするため、gene namesがotc → oxyに変更され、振り直されている。 oxyK (otcD1): Aromatase OtcD1配列を訂正して、C末を60bp延長している。 --- [PMID:17125237](2006) S. coelicolor strain CH999でのoxyABCDKの発現は、C-7/C-12環化産物を産出しなかったので、bifunctional aromatase/cyclase OxyKはC-9還元骨格を必要とする。 OxyJの同時発現で、OxyKは還元polyketideのC-7/C-12環化を方向づけた。(unpublished data） --- [PMID:17631493](2007) 異種性に6-methylpretetramidを産出するために要求されるoxytetracycline生合成経路由来酵素の最小セットを同定している。 CH999株でamidated decaketide tetracycline骨格を産生するにはOxyABCDJで必要十分であることがわかっている。これに2つのcyclase genes (oxyK and oxyN)を追加したplasmidにすると4環化合物が蓄積された。よって、tetracyclineの4環すべての環化に必要なのはOxyK and OxyNのみ。
Related Reference	ACC Q9ZG83 PmId [10551844] ( , ) comment Blast 2nd, id100%, 1e-168 Streptomyces rimosus_otcD1 Cyclase/aromatase OtcD1は317aaと予測され、didomain構造を持つ。配列解析から、otcD1の遺伝子産物はpolyketide骨格の閉環に関連するbifunctional cyclase/aromataseとして機能すると推測。 otcD1破壊mutantは、oxytetracyclineに典型的なcarboxamido基を含むがoxytetracyclineより鎖長が短い4つの新規polyketidesを蓄積。これはcarboxamido基がoxytetracycline生合成のスタートで存在しているということ、OtcD1はpolyketide複合体の四次構造の全体的な完全性で強い役割を果たすことを意味する。
Related Reference	ACC Q54221 NITE Griseu_00050 PmId [8169211] Cloning, sequencing, and analysis of the griseusin polyketide synthase gene cluster from Streptomyces griseus. (J Bacteriol. , 1994) [9195917] Domain analysis of the molecular recognition features of aromatic polyketide synthase subunits. (J Biol Chem. , 1997) [10467128] Heterologous expression, purification, reconstitution and kinetic analysis of an extended type II polyketide synthase. (Chem Biol. , 1999) comment Blast 16th, id50%, 2e-77 Streptomyces griseus Putative cyclase/dehydrase --- [PMID: 8169211](1994) griseusin PKS gene clusterの報告。 ORF4 for a cyclase-dehydrase actVII領域との比較によりcyclaseと推定される。 act PKS genesに対応しているORF1-ORF4までの5ORFsを2回組み換えしてermEにすると、griseucinA, Bを産生しない。 -- [PMID: 9195917](1997) TcmN-N末monodomain ARO/CYCとdidomain ARO/CYCsとの組み合わせで産物解析。 monodomain ARO/CYCsは配列はとても似ているのに、didomain ARO/CYCsのN末domainの代わりをできない。 didomain actinorhodin or griseusin ARO/CYCは、N末domainもC末domainも、それぞれ単独発現ではaromatase活性がない。 gris ARO/CYCのC末domainはaromtase活性がない状況で発現されたときtetracenomycin (tcm) minimal PKSの鎖長特異性を変調し、予想された20C産物に加えて、新規の18C産物の形成を導いた。 -- [PMID: 10467128](1999) abstract act minimal PKS + act KR + gris ARO/CYCで構成された拡張PKSが、act minimal PKS + act KR または act minimal PKSのみより高い代謝回転数を持つことが明らかになった。

Sequence

>cyclase/dehydratase [OxyK]
MPAPTSHRAVHRTEIDAPADRVYALIRDAAEWPRHFTPTVHVERAELDARSERLRIWATA
NGEVKHWTSHRALDPEGQSVRFRQEVCSPPVAAMSGEWVLRDLPGGRCELTLHHTFAAVD
DRPEDVEWITTATDRNSRTELANIKALAEAAGSDAELLFSFEDSETVHAPAEAVYAFLAE
AGKWPDRLPHVSRLDLTEPSDGVQVMTMVTRANDGSEHTTESVRVCFPDELRIVYKQIGT
PPLMTLHTGEWSIRDTGDGLLVTSQHTIRINESAIPEILGADATAADARARVRAAVGGNS
AATLALAKRFAEAPHAA

>cyclase/dehydratase [OxyK]
ATGCCCGCACCCACATCCCACCGCGCCGTGCACCGCACGGAGATCGACGCCCCGGCCGAC
CGGGTGTACGCCCTGATCAGGGACGCCGCCGAGTGGCCCCGGCACTTCACCCCGACCGTC
CACGTCGAGCGCGCGGAGCTCGACGCCCGCAGCGAGCGGCTGCGGATCTGGGCCACCGCC
AACGGCGAGGTCAAGCACTGGACGTCGCACCGCGCCCTGGACCCCGAAGGGCAGAGCGTC
CGGTTCCGGCAGGAGGTGTGTTCGCCTCCGGTGGCCGCGATGAGCGGTGAATGGGTCCTC
CGGGACCTTCCGGGCGGGCGGTGCGAGCTGACGCTGCACCACACGTTCGCCGCGGTGGAC
GACCGCCCGGAGGACGTGGAGTGGATCACCACCGCGACCGACCGCAACAGCCGTACCGAG
CTGGCGAACATCAAGGCGCTGGCCGAGGCCGCGGGGTCCGACGCGGAGCTGCTGTTCTCG
TTCGAGGACTCCGAGACGGTGCACGCCCCGGCCGAGGCGGTGTACGCGTTCCTCGCGGAG
GCCGGGAAGTGGCCCGACCGGCTGCCGCACGTCTCCCGGCTCGACCTCACCGAGCCGTCC
GACGGCGTGCAGGTGATGACCATGGTCACCCGGGCCAACGACGGCTCGGAGCACACGACG
GAGTCGGTGCGGGTCTGCTTCCCCGACGAACTGCGCATCGTCTACAAGCAGATCGGCACC
CCGCCGCTGATGACCCTGCACACCGGTGAGTGGTCGATACGGGACACCGGGGACGGGCTG
CTCGTCACCTCCCAGCACACCATCCGGATCAACGAATCCGCCATCCCGGAGATCCTCGGC
GCGGACGCCACGGCGGCCGACGCGCGGGCCCGGGTGCGCGCGGCGGTCGGCGGCAACAGC
GCGGCCACCCTGGCCCTCGCCAAGCGCTTCGCGGAGGCCCCGCATGCCGCCTGA

Feature

BLASTP Database:UniProtKB:2011_09	show BLAST table
InterPro Database:interpro:38.0	IPR019587 Polyketide cyclase/dehydrase (Family) PF10604 Polyketide_cyc2 IPR023393 START-like domain (Domain) G3DSA:3.30.530.20 G3DSA:3.30.530.20
SignalP	No significant hit
TMHMM	No significant hit

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