Oxtet_00210 : CDS information

Location

Organism	Streptomyces rimosus
Strain	ATCC 10970 (=NBRC 12907)
Entry name	Oxytetracycline
Contig	DQ143963
Start / Stop / Direction	22,257 / 24,248 / + [in whole cluster] 22,257 / 24,248 / + [in contig]
Location	22257..24248 [in whole cluster] 22257..24248 [in contig]
Type	CDS
Length	1,992 bp (663 aa)

Annotation

Category	4.4 resistance
Product	putative oxytetracycline resistance protein
Product (GenBank)
Gene	otrA
Gene (GenBank)
EC number
Keyword
Note
Note (GenBank)
Reference	PmId [16597959] Engineered biosynthesis of a novel amidated polyketide, using the malonamyl-specific initiation module from the oxytetracycline polyketide synthase. (Appl Environ Microbiol. , 2006) comment oxytetracycline gene clusterのシークエンス、配列解析。 resistance genes otrAとotrBの間に全21genesを同定。わかりやすくするため、gene namesがotc → oxyに変更され、振り直されている。 otrAについては[PMID:1809836]を引用しているだけ。
Related Reference	ACC Q55002 PmId [2710100] ( , ) [1809836] ( , ) comment [PMID:2710100](1989) 使用されたS. rimosusの株はoxytetracycline(OTC)の商業的産生に使用される原栄養株M4018にすべて由来している。 OTCに感受性の自然発症S. rimosus mutantに耐性を与えるDNA断片から、OTC耐性決定因子otrAをクローニングしている。 --- [PMID:1809836](1991) 上記論文と同じS. rimosus株を使用している。 OTC産生細菌S. rimosusにおけるOTC-resistance gene, otrAのcoding and regulatory regionsの配列を測定。配列解析から、GTPの結合と加水分解がタンパクの機能に重要であると考えられる。 otrAに特有な唯一のpromoter otrAp1は両方向へのpromoter活性があり、OtrAがあると反対向きの転写発現は抑えられる。この論文より前に、OTC gene clusterを挟むように2つのOTC-resistance genes (otrA, otrB)が同定されており、これらが独立してS. lividans and S. albusでOTC耐性を与えることがわかっている。OtrAは非共有結合性修飾によりホストのリボソームに抵抗性を与えることも報告されている。

Sequence

>putative oxytetracycline resistance protein
MNKLNLGILAHVDAGKTSLTERLLHRTGVIDEVGSVDAGTTTTDSMELERQRGITIRSAV
ATFVLDDLKVNLIDTPGHSDFISEVERALGVLDGAVLVVSAVEGVQPQTRILMRTLRRLG
IPTLVFVNKIDRGGARPDGVLREIRDRLTPAAVALSAVADAGTPRARAIALGPDTDPDFA
VRVGELLADHDDAFLTAYLDEEHVLTEKEYAEELAAQTARGLVHPVYFGSALTGEGLDHL
VHGIRELLPSVHASQDAPLRATVFKVDRGARGEAVAYLRLVSGTLGTRDSVTLHRVDHTG
RVTEHAGRITALRVFEHGSATSETRATAGDIAQAWGLKDVRVGDRAGHLDGPPPRNFFAP
PSLETVIRPERPEEAGRLHAALRMLDEQDPSIDLRQDEENAAGAVVRLYGEVQKEILGST
LAESFGVRVRFDPTRTVCIEKPVGTGEALIELDTRTHNYFWGAPWVCASDRPSPARAITF
RLAVELGSLPLAFHKAIEETVHTTLRHGLYGWQVTDCAVTLTRTGVRSPVSAADDFRKAN
ARLVLMDALGRAGTEVHEPVSSFELEVPAARLSPVLAKLAELGATPGVPTAEGDVFRLEG
TMPTSLVHDFNQRVPGLTQGEGVFLAEHRGYRPAVGQPPVRPRPEGPNPLNRDEYILHVL
KRV

>putative oxytetracycline resistance protein
ATGAACAAGCTGAATCTGGGCATCCTGGCCCACGTTGACGCCGGCAAGACCAGCCTCACC
GAGCGCCTGCTGCACCGCACCGGTGTGATCGACGAGGTCGGCAGCGTGGACGCCGGCACC
ACGACGACCGACTCGATGGAGCTGGAGCGGCAGCGCGGCATCACCATCCGGTCCGCCGTG
GCCACGTTCGTCCTGGACGATCTCAAGGTCAACCTCATCGACACCCCGGGCCACTCCGAC
TTCATCTCCGAGGTCGAGCGGGCGCTCGGGGTGCTCGACGGCGCGGTCCTGGTGGTCTCG
GCCGTCGAGGGCGTCCAGCCGCAGACCCGCATCCTGATGCGGACCCTGCGCAGGCTGGGC
ATTCCCACGCTGGTCTTCGTCAACAAGATCGACCGGGGCGGCGCGCGTCCCGACGGTGTG
CTGCGGGAGATCCGCGACCGGCTCACCCCCGCCGCGGTGGCACTGTCCGCCGTGGCGGAC
GCCGGCACGCCGCGGGCCCGCGCGATCGCGCTCGGCCCGGACACCGACCCGGACTTCGCC
GTCCGGGTCGGTGAGCTGCTGGCCGACCACGACGACGCGTTCCTCACCGCCTACCTGGAC
GAGGAACACGTACTGACCGAGAAGGAGTACGCGGAGGAACTGGCCGCGCAGACCGCGCGC
GGTCTGGTGCACCCGGTGTACTTCGGGTCCGCGCTGACCGGCGAGGGCCTGGACCATCTG
GTGCACGGCATCCGGGAGTTGCTGCCGTCCGTGCACGCGTCGCAGGACGCGCCGCTGCGG
GCCACCGTGTTCAAGGTGGACCGTGGCGCGCGCGGCGAGGCCGTCGCGTACCTGCGGCTG
GTCTCCGGCACGCTGGGCACCCGCGATTCGGTGACGCTGCACCGCGTCGACCACACCGGC
CGGGTCACCGAGCACGCCGGACGCATCACCGCGCTGCGGGTCTTCGAGCACGGGTCGGCC
ACCAGCGAGACCCGGGCGACCGCCGGGGACATCGCGCAGGCGTGGGGCCTGAAGGACGTA
CGGGTCGGTGACCGGGCCGGGCACCTCGACGGTCCCCCGCCGCGCAACTTCTTCGCGCCG
CCCAGCCTGGAGACCGTGATCAGGCCGGAGCGCCCGGAGGAAGCGGGACGGCTGCACGCC
GCGCTGCGCATGCTGGACGAGCAGGACCCCTCGATCGACCTGCGGCAGGACGAGGAGAAC
GCGGCCGGCGCGGTGGTCCGCCTCTACGGGGAGGTGCAGAAGGAGATCCTCGGCAGCACG
CTCGCGGAGTCCTTCGGCGTACGGGTGCGCTTCGACCCGACCCGTACGGTCTGCATCGAA
AAGCCCGTGGGGACCGGCGAGGCGCTGATCGAGCTGGACACGCGGACGCACAACTACTTC
TGGGGCGCACCGTGGGTCTGCGCGTCGGACCGGCCGAGCCCGGCGCGGGCGATCACGTTC
CGTTTGGCGGTGGAACTGGGCTCGCTCCCCCTGGCCTTCCACAAGGCCATCGAGGAGACG
GTGCACACCACCCTGCGGCACGGTCTGTACGGCTGGCAGGTCACCGACTGCGCCGTCACC
CTGACCCGTACCGGCGTTCGCAGTCCGGTCAGCGCGGCCGACGACTTCCGCAAGGCCAAC
GCGCGCTTGGTCCTGATGGACGCGCTCGGCAGGGCCGGTACGGAGGTGCACGAGCCGGTC
AGCTCCTTCGAACTGGAGGTGCCCGCCGCCCGGCTCAGCCCGGTACTTGCGAAACTCGCG
GAACTGGGCGCGACGCCCGGTGTGCCCACGGCCGAGGGGGACGTCTTCCGCCTGGAGGGC
ACGATGCCGACCAGCCTCGTGCACGACTTCAACCAGCGGGTTCCCGGACTGACCCAGGGC
GAGGGCGTGTTCCTGGCCGAGCACCGGGGCTACCGGCCCGCCGTCGGACAGCCGCCCGTG
CGGCCGCGGCCCGAGGGGCCCAACCCGCTCAACCGCGACGAGTACATCCTGCACGTGCTC
AAGCGCGTGTGA

Feature

BLASTP Database:UniProtKB:2011_09	show BLAST table
InterPro Database:interpro:38.0	IPR000640 Translation elongation factor EFG/EF2, C-terminal (Domain) G3DSA:3.30.70.240 Transl_elong_EFG/EF2_C PF00679 EFG_C IPR000795 Protein synthesis factor, GTP-binding (Domain) PR00315 ELONGATNFCT PS00301 EFACTOR_GTP PF00009 GTP_EFTU IPR002127 Tetracycline resistance protein, TetO/TetQ/TetM (Family) PR01037 TCRTETOQM IPR004161 Translation elongation factor EFTu/EF1A, domain 2 (Domain) PF03144 GTP_EFTU_D2 IPR005225 Small GTP-binding protein domain (Domain) TIGR00231 Small_GTP IPR005517 Translation elongation factor EFG/EF2, domain IV (Domain) PF03764 EFG_IV IPR009000 Translation elongation/initiation factor/Ribosomal, beta-barrel (Domain) SSF50447 Translat_factor IPR009022 Elongation factor G/III/V (Domain) SSF54980 EFG_III_V IPR014721 Ribosomal protein S5 domain 2-type fold, subgroup (Domain) G3DSA:3.30.230.10 Ribosomal_S5_D2-type_fold IPR020568 Ribosomal protein S5 domain 2-type fold (Domain) SSF54211 Ribosomal_S5_D2-typ_fold
SignalP	No significant hit
TMHMM	No significant hit

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