Madu_00480 : CDS information

Location

Organism	Actinomadura madurae
Strain	ATCC 39144
Entry name	Maduropeptin
Contig	AY271660
Start / Stop / Direction	75,173 / 74,178 / - [in whole cluster] 75,173 / 74,178 / - [in contig]
Location	complement(74178..75173) [in whole cluster] complement(74178..75173) [in contig]
Type	CDS
Length	996 bp (331 aa)

Annotation

Category	5.4 hypothetical protein
Product	hypothetical protein
Product (GenBank)	unknown
Gene	mdpE2
Gene (GenBank)	mdpE2
EC number
Keyword
Note
Note (GenBank)
Reference	ACC B0BLQ0 PmId [17918933] Characterization of the maduropeptin biosynthetic gene cluster from Actinomadura madurae ATCC 39144 supporting a unifying paradigm for enediyne biosynthesis. (J Am Chem Soc. , 2007) [12536216] A genomics-guided approach for discovering and expressing cryptic metabolic pathways. (Nat Biotechnol. , 2003) comment [PMID:17918933] Maduropeptin生合成遺伝子クラスターの報告 mdpE2: Unknown Maduropeptin生合成遺伝子クラスターはmdpA1からmdpE2までとしている。遺伝子欠損による境界決定はしていない。
Related Reference	ACC Q6WS84 NITE Madu_00470 PmId [17918933] Characterization of the maduropeptin biosynthetic gene cluster from Actinomadura madurae ATCC 39144 supporting a unifying paradigm for enediyne biosynthesis. (J Am Chem Soc. , 2007) [12536216] A genomics-guided approach for discovering and expressing cryptic metabolic pathways. (Nat Biotechnol. , 2003) comment Actinomadura madurae Putative uncharacterized protein mdpE3_mdpE3 DoBISCUIT:hypothetical protein_mdpE3(unbL) [PMID:17918933] Maduropeptin生合成遺伝子クラスターの報告 mdpE3: Hypothetical このORFについて機能解析されていない。 [PMID:12536216] warhead cassette(UNBL-UNBV-UNBU-PKSE-TEBC)はactinomyceteにおいて全てのenediyne生合成遺伝子座で保存されているが、機能は未知のままである。enediyne warheadのformation, stabilization, or transport に関与しているのではないかと推測している。 MaduropeptinでもMadu_00430-Madu_00470で保存されている。
Related Reference	ACC Q84HJ1 NITE Dynm_00150 PmId [18328078] The biosynthetic genes encoding for the production of the dynemicin enediyne core in Micromonospora chersina ATCC53710. (FEMS Microbiol Lett. , 2008) comment Micromonospora chersina_dynU15 DynU15 Dynemicin生合成遺伝子 dynE8, orf8, dynU15, dynU14 and orf23の欠損株を作製し、培養液中の産物をHPLCにて検出。orf8はdynemicin Aが検出できたが、dynE8, dynU15, dynU14，orf23の欠損株はdynemicin Aが検出できなかった。ただし、orf23の欠損株はdynemicin Aの新規化合物が検出された。よって、dynE8, dynU15, dynU14 はdynemicin Aに必須であることを示した。 dynU15, U14, T3, E8, E7は、minimal enediyne cassetteとして知られている遺伝子。DynU15, U14, T3はconserved unknown proteins。

Sequence

>hypothetical protein [unknown]
MSTLLGTLRRTVLAPSLDEVTFARRGFPSGPAGPATRKLEAIPQSVVCGFEWGIEVRGLA
ELERRLEFVTPELRGFAYEGATMACTIRDAMRAGRGHRTRDLLRGPGRPHIFLSYIGIGF
AMARLPRILWKSVLPDLPGAAYYPAMTWLAVDGYGFDLAYFHTDRWVGRQEVPATYPWEG
APDYFPRAVDQGIGRALWFICGGRAPEVAAAVRRFAAHRHADLWSGVGLAAAFAGGGTAE
GLAVLRREAGEHRPELAQGVVFAVKARSYAGHVPAHTGTTVAALADVTVDGAVALADDAE
AGTGRARPVPAYELWRGNVRAHFARLERAAG

>hypothetical protein [unknown]
ATGTCCACTCTCCTCGGAACTCTGCGCAGGACCGTGCTCGCCCCGTCCCTGGACGAGGTG
ACGTTCGCGCGGCGCGGCTTCCCCTCCGGGCCCGCGGGCCCGGCGACGCGGAAGCTGGAG
GCCATCCCGCAGTCGGTGGTCTGCGGCTTCGAGTGGGGCATCGAGGTCCGCGGTCTGGCG
GAGCTGGAGCGGCGGCTGGAGTTCGTGACGCCGGAGCTGCGGGGGTTCGCCTACGAGGGC
GCGACGATGGCCTGCACGATCCGCGACGCGATGCGCGCCGGGCGGGGGCACCGCACCCGC
GACCTCCTGCGGGGGCCGGGCCGTCCGCACATCTTCCTCTCCTACATCGGCATCGGGTTC
GCCATGGCGCGGCTGCCGCGGATCCTGTGGAAGAGCGTGCTGCCGGACCTGCCCGGCGCG
GCCTACTACCCGGCGATGACCTGGCTGGCGGTCGACGGCTACGGCTTCGACCTGGCCTAC
TTCCACACCGACCGGTGGGTGGGACGGCAGGAGGTGCCCGCCACCTACCCGTGGGAGGGC
GCGCCCGACTACTTCCCGCGCGCCGTCGACCAGGGGATCGGCCGGGCCCTGTGGTTCATC
TGCGGCGGCCGCGCGCCCGAGGTCGCCGCCGCCGTCCGCCGCTTCGCCGCGCACCGGCAC
GCCGACCTGTGGAGCGGGGTCGGCCTGGCCGCCGCGTTCGCCGGGGGCGGGACGGCCGAG
GGCCTGGCGGTGCTGCGCCGCGAGGCGGGCGAGCACCGGCCCGAGCTCGCGCAGGGCGTC
GTGTTCGCCGTCAAGGCACGCTCGTACGCCGGGCACGTGCCCGCGCACACCGGGACCACG
GTCGCCGCGCTCGCGGACGTGACCGTCGACGGGGCGGTCGCGCTGGCCGACGACGCCGAG
GCCGGTACCGGACGCGCGCGTCCGGTACCGGCCTACGAGCTGTGGCGGGGGAACGTGCGC
GCCCACTTCGCCCGCCTGGAGCGGGCCGCCGGGTGA

Feature

BLASTP Database:UniProtKB:2011_09	show BLAST table
InterPro Database:interpro:38.0	IPR012964 Protein of unknown function DUF1702 (Family) PF08012 DUF1702
SignalP	No significant hit
TMHMM	No significant hit

Madu_00470 Madu_00490