C1027_00210 : CDS information

Location

Organism	Streptomyces globisporus
Strain	C-1027
Entry name	C-1027
Contig	AY048670
Start / Stop / Direction	25,559 / 24,981 / - [in whole cluster] 25,559 / 24,981 / - [in contig]
Location	complement(24981..25559) [in whole cluster] complement(24981..25559) [in contig]
Type	CDS
Length	579 bp (192 aa)

Annotation

Category	2.3 modification addition of sugar moiety
Product	putative NDP-hexose epimerase
Product (GenBank)	dNTP-4-keto-6-deoxyglucose epimerase
Gene	sgcA2
Gene (GenBank)
EC number	5.1.3.-
Keyword	deoxy aminosugar
Note
Note (GenBank)	ORF12
Reference	ACC Q8GMH0 PmId [12183628] Biosynthesis of the enediyne antitumor antibiotic C-1027. (Science. , 2002) comment C-1027の生合成遺伝子クラスターの報告 sgcA to sgcA6, encoding deoxy aminosugar biosynthesis dTDP-4-keto-6-deoxyglucose epimeraseであるとしている。このORFの機能解析はしていない。
Related Reference	ACC Q331R1 PmId [15049360] Cloning, expression, and biological function of a dTDP-deoxyglucose epimerase (gerF) gene from Streptomyces sp. GERI-155. (Biotechnol Lett. , 2004) [17053005] Biosynthesis of dTDP-6-deoxy-beta-D-allose, biochemical characterization of dTDP-4-keto-6-deoxyglucose reductase (GerKI) from Streptomyces sp. KCTC 0041BP. (Glycobiology. , 2007) comment Streptomyces sp. KCTC 0041BP_gerF NDP-hexose-3-epimerase [PMID: 15049360] Streptomyces sp. GERI-155 = Streptomyces sp. KCTC 0041BP dTDP-deoxyglucose epimerase geneをコードすると思われるgerFをE.coliで発現、精製、機能確認。精製された酵素はdTDP-4-keto-6-deoxyglucoseからmaltolを産生し、よって発現されたタンパクがdTDP-4-keto-6-deoxyglucoseのC-3 and C-5 or C-3の異性化を触媒するdTDP-deoxyglucose epimeraseであることが確認された。 --- [PMID: 17053005] gerK1をクローニング、E.coliで過剰発現、機能確認。 GerK1はC-3でaxialなOH基を持つときのみ、dTDP-4-keto-6-deoxy-D-alloseの4-keto基で特異的な還元効果を示す。 GerFの存在下で、GerK1はdTDP-4-keto-6-deoxyglucose → dTDP-6-deoxy-beta-D-alloseへの変換を触媒した。このdTDP-6-deoxy-D-alloseの分離成功は、GerFがmycinose生合成経路において3,5-epimeraseではなく、3-epimeraseとして機能することを確認するのに十分な証拠を供給する。
Related Reference	ACC Q5SFD1 NITE Chalc_00130 PmId [23116432] Structural and functional studies on a 3'-epimerase involved in the biosynthesis of dTDP-6-deoxy-D-allose. (Biochemistry. , 2012) comment Streptomyces bikiniensis_chmJ Putative 3-epimerase in D-allose pathway Chalcomycin生合成遺伝子 abstract: ChmJのcombined structural and functional study. ChmJがこれまで報告されていたようにdTDP-4-keto-6-deoxyglucose → dTDP-4-keto-6-deoxyalloseへの変換をする3'-epimeraseとして機能することを1H NMRを使って実証している。 dTDP-quinovoseと複合体を形成したChmJとapoenzymeの構造解析も実施。

Sequence

>putative NDP-hexose epimerase [dNTP-4-keto-6-deoxyglucose epimerase]
MKPIGISGAWTEEKQVFRDERGSFREWFQGEPFRRTVGHSFDLRQANCAISSHGVLRGIH
FAGGVPGQAKYFSCLRGSVFGAVVDIRVGSPTFGGWRTVELGEENGRALYVSAGLGFGFL
TLSDEAVIVYLCSAAYDPRLEHGLNPLDPEVGIAWPPEITPILSERDSSAPGLAEAGRRG
WLPSHSGRNKSS

>putative NDP-hexose epimerase [dNTP-4-keto-6-deoxyglucose epimerase]
ATGAAGCCGATCGGGATCTCGGGAGCGTGGACGGAGGAGAAGCAGGTCTTCCGTGACGAA
CGGGGCTCGTTTCGCGAGTGGTTCCAGGGCGAGCCCTTCCGCCGCACCGTAGGCCACTCC
TTCGACCTGCGGCAGGCGAACTGCGCGATCTCCTCCCACGGGGTGCTGCGGGGCATCCAC
TTCGCCGGGGGCGTACCCGGCCAGGCCAAGTACTTCAGCTGCCTGCGCGGCAGCGTGTTC
GGCGCCGTGGTCGACATCCGGGTGGGGTCGCCCACCTTCGGCGGCTGGCGGACCGTGGAG
CTCGGCGAGGAGAACGGACGGGCGCTGTACGTCTCCGCGGGGCTGGGCTTCGGATTCCTC
ACGCTGAGCGACGAGGCGGTGATCGTCTACCTGTGCTCGGCGGCCTACGACCCCCGGCTC
GAACATGGCTTGAATCCGCTGGATCCGGAGGTGGGCATCGCCTGGCCGCCGGAGATCACT
CCGATCCTCTCGGAACGGGACTCCTCGGCCCCCGGTCTGGCCGAGGCGGGGCGGCGGGGG
TGGCTGCCTTCCCACTCAGGCCGAAACAAGTCGTCCTGA

Feature

BLASTP Database:UniProtKB:2011_09	show BLAST table
InterPro Database:interpro:38.0	IPR000888 dTDP-4-dehydrorhamnose 3,5-epimerase-related (Family) PD001462 dTDP_sugar_isom PF00908 dTDP_sugar_isom IPR011051 RmlC-like cupin domain (Domain) SSF51182 RmlC_like_cupin IPR014710 RmlC-like jelly roll fold (Domain) G3DSA:2.60.120.10 RmlC-like_jellyroll
SignalP	No significant hit
TMHMM	No significant hit

C1027_00200 C1027_00220